Knowledgebase MCP

🚀 BioContextAI - Knowledgebase MCP

BioContextAI Knowledgebase MCPは、生物医学研究用のModel Context Protocol (MCP)サーバーです。人工知能システムと生物医学リソースの間に標準化された接続層を提供します。ドキュメントと使用ガイドはこちらで確認できます：https://biocontext.ai

🚀 クイックスタート

BioContextAI Knowledgebase MCPは、一般的な生物医学リソース向けのMCPサーバー実装です。エージェント型の大規模言語モデル(LLM)が検証済みの情報を取得し、特定ドメインのタスクを実行できるようにします。以前のアプローチでは各リソースに対してカスタム統合が必要でしたが、BioContextAI KB MCPはModel Context Protocolを通じて統一的なアクセス層を提供し、AIシステムと特定ドメインのデータソース間の相互運用性を可能にします。

Knowledgebase MCPは以下の2つの形で利用できます：

• ローカルホスティング用のオープンソースソフトウェアパッケージ（セルフホスティングを参照）
• セットアップ不要で統合できるリモートサーバー（https://mcp.biocontext.ai/mcp/ 、公正利用の範囲内）

⚠️ 重要提示

可能であれば、BioContextAI Knowledgebase MCPをローカルで実行することをおすすめします。これにより、レート制限を回避し、リモートホスティングに依存するアプリケーションのサービス可用性を確保できます。

Knowledgebase MCPは、より広範なBioContextAIプロジェクトの一部です。BioContextAI Registryは、生物医学データベースと分析ツールを公開するコミュニティサーバーをカタログ化し、コミュニティにツールの発見と配布のためのリソースを提供します。レジストリインデックスはこちらで確認できます：https://biocontext.ai/registry 。

✨ 主な機能

引用

当研究があなたの研究に役立った場合は、以下のように引用してください。

TBA.

実装されたツール

BioContextAI Knowledgebase MCPは、いくつかの外部生物医学APIを公開しています。BioContextAIを、LLM用のブラウザーと考えることができ、これを通じてこれらの知識ベース全体で関連情報を見つけることができます。BioContextAI Knowledgebase MCPを使用する際は、それぞれのサービスの使用制限（例：レート制限）に準拠するようにしてください。

あなたの研究でこれらのサービスからのデータを使用する場合は、BioContextAIとそれぞれのデータソース/ツールの両方を引用するようにしてください。

⚠️ 重要提示

これらのAPIを通じてアクセスされるデータは、BioContextAI Knowledgebase MCPのライセンスの対象外です。あなたは、データの使用が許可された慣行に沿っていることを保証する責任があります。

ツール

• Antibody Registry - 遺伝子ID変換
• bioRxiv/medRxiv - 最近のプレプリント検索とメタデータアクセス
• Ensembl - 遺伝子ID変換
• EuropePMC - 文献検索と全文アクセス
• Google Scholar - 学術出版物と著者検索（レート制限のためローカル使用のみ可能）
• InterPro - タンパク質ファミリー、ドメイン、および機能部位の分類
• KEGG - 経路、遺伝子、および薬物-薬物相互作用データベース（ライセンス制限のためローカル使用のみ可能）
• OpenTargets - 標的-疾患関連性
• PanglaoDB - 単一細胞RNAシーケンシングの細胞型マーカー
• PRIDE - 質量分析データのプロテオミクスデータリポジトリ
• Protein Atlas - タンパク質発現データ
• Reactome - 経路データベース
• STRING - タンパク質-タンパク質相互作用ネットワーク
• AlphaFold DB - 三次元タンパク質構造予測

ライセンス概要

上記のデータは保証なしで提供され、不正確または最新でない可能性があります。あなたの使用ケースが許可されていることを確認してください。

OpenAPI MCPサーバー

FastMCPは、OpenAPI仕様に準拠したRESTエンドポイントを簡単にMCPサーバーに変換できます。設定ファイルを通じて提供されるスキーマに基づいて、このようなサーバーを自動的に作成するコードを追加しています。これにより、BioContextAIの独自バージョンをデプロイするユーザーは、利用可能なツールのリストを簡単に拡張できます。設定ファイルはsrc/biocontext_kb/openapi/config.yamlにあります。デフォルトではOpenAPIサーバーは含まれていませんが、設定ファイルを編集してサービスを追加できます。

📦 インストール

セルフホスティング

このリポジトリの最新バージョンをクローンします：

git clone https://github.com/biocontext-ai/core-mcp-server.git
cd core-mcp-server

次に、以下のいずれかを実行します：

1. Dockerセットアップ（複数のuvicornワーカーを持つgunicorn）：

# Dockerコンテナをビルド
docker build -t biocontext_kb:latest .
docker run -p 127.0.0.1:8000:8000 biocontext_kb:latest

これにより、あなたのMCPサーバーが以下のURLで公開されます：http://127.0.0.1:8000/mcp/

⚠️ 重要提示

パブリックデプロイの場合は、不要なポートを無効にし、リバースプロキシ（例：NginxまたはCaddy）を通じてMCPサーバーにアクセスする必要があります。実行ユーザーとディレクトリに制限された権限を持たせ、ルートレス設定でDockerまたはpodmanを使用し、Cloudflareまたはfail2banによるDDOS保護などの追加のセキュリティ対策を講じることもできます。

2. uvを使用したローカルセットアップ（ストリーミング可能なHTTPとuvicorn）：

uv build
export MCP_ENVIRONMENT=PRODUCTION
export PORT=8000
biocontext_kb

3. uvを使用したローカルセットアップ（stdioトランスポート）：

uv build
export MCP_ENVIRONMENT=DEVELOPMENT
biocontext_kb

4. Claude Desktop (claude_desktop_config.json)を使用したローカルセットアップ：

{
  "mcpServers": {
    "biocontext_kb": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "biocontext_kb@latest"
      ],
      "env": {
        "UV_PYTHON": "3.12"
      }
    }
  }
}

変更を適用するには、Claudeを再起動することを忘れないでください。

5. VS Code (.vscode/mcp.json)、Cursor (.cursor/mcp.json)、またはWindSurf (.codeium/windsurf/mcp_config.json)でのコーディングエージェントを使用したローカルセットアップ：

{
  // VS Code: "servers"
  "mcpServers": {
    "biocontext_kb": {
      // 動作しない場合は、`which uvx`のパスに置き換える（macOSではHomebrewを通じたインストールを推奨）
      "command": "uvx",
      "args": [
        "biocontext_kb@latest"
      ],
    }
  }
}

WindowsとWSL2を使用する場合は、上記の設定を以下のように適応させる必要があります：

{
  // VS Code: "servers"
  "mcpServers": {
    "biocontext_kb": {
      "command": "wsl",
      "args": [
        "~/.local/bin/uvx", // あなたの`uvx`のパスに設定
        "biocontext_kb"
      ]
    }
  }
}

6. 独自のMCPクライアントを使用したローカルセットアップ：

• PydanticAIのセットアップガイドに従う
• FastMCPのセットアップガイドに従う
• mcp-useのセットアップガイドに従う

📚 ドキュメント

• プロジェクトドキュメント: https://biocontext.ai
• APIドキュメント: https://docs.kb.biocontext.ai/
• BioContextAI Registry: https://github.com/biocontext-ai/registry
• チャットインターフェイス: https://biocontext.ai/chat

📄 ライセンス

このプロジェクトはApache License 2.0の下でライセンスされています - 詳細についてはLICENSEファイルを参照してください。

⚠️ 重要提示

Apache 2.0ライセンスは、このリポジトリに提供されているコードにのみ適用されます。個々に統合されたAPIの使用制限とライセンスについては、ユーザーはそれぞれのAPIプロバイダーに直接問い合わせる必要があります。以下に概要を示します。

データソースとライセンス

免責事項

ユーザーは、このMCPサーバーを通じてデータにアクセスする際、すべての適用可能なライセンスの条件と規制に準拠する責任があります。 上記にリストされたライセンスと条件は変更される可能性があり、特定のデータセットまたは出版物には追加の引用要件が適用される場合があります。商用目的、再配布、または公開のためにいずれかのデータを使用する前に、各データソースから直接現在のライセンス条件を確認してください。一部のデータソースには、この概要に完全には反映されていない追加の制限がある場合があります。

特にKEGGデータに関しては、学術利用は許可されていますが、KEGGデータを使用した商用サービスの提供またはリモートホスティングは、その独自のライセンス条件により許可されていません。