STRING Db MCP Server

🚀 非公式STRING MCPサーバー

STRINGタンパク質相互作用データベースにアクセスするための包括的なモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバーです。このサーバーは、STRING APIを通じて、タンパク質ネットワーク分析、機能的エンリッチメント、比較ゲノミクスのための強力なツールを提供します。

✨ 主な機能

ツール（6つの包括的なツール）

• get_protein_interactions：特定のタンパク質の直接の相互作用パートナーを、信頼度スコアと証拠の種類とともに取得します。
• get_interaction_network：複数のタンパク質に対するタンパク質相互作用ネットワークを構築し、分析します。
• get_functional_enrichment：GO用語、KEGG経路、その他の注釈を使用して、機能的エンリッチメント分析を実行します。
• get_protein_annotations：詳細なタンパク質注釈と機能情報を取得します。
• find_homologs：比較分析のために、異なる種をまたがって相同タンパク質を検索します。
• search_proteins：複数の種にわたって、名前または識別子でタンパク質を検索します。

リソース（6つのリソーステンプレート）

• string://network/{protein_ids}：指定されたタンパク質のタンパク質相互作用ネットワークデータ。
• string://enrichment/{protein_ids}：タンパク質セットの機能的エンリッチメント分析結果。
• string://interactions/{protein_id}：特定のタンパク質の直接の相互作用パートナー。
• string://homologs/{protein_id}：異なる種をまたがった相同タンパク質。
• string://annotations/{protein_id}：詳細なタンパク質注釈と機能情報。
• string://species/{taxon_id}：種特異的なデータとタンパク質数。

📦 インストール

npm install
npm run build

💻 使用例

Claude Desktopでの使用

claude_desktop_config.jsonに以下を追加します。

{
  "mcpServers": {
    "string-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/string-server/build/index.js"]
    }
  }
}

クエリ例

1. タンパク質相互作用の検索

   Get interaction partners for insulin (INS) using get_protein_interactions
   

2. タンパク質ネットワークの構築

   Build an interaction network for insulin signaling proteins: INS, INSR, IRS1, AKT1 using get_interaction_network
   

3. 機能的エンリッチメント分析

   Perform functional enrichment analysis on these diabetes-related proteins: INS, INSR, IRS1, GLUT4, AKT1
   

4. タンパク質相同体の検索

   Find homologs of human insulin (INS) in mouse and rat using find_homologs
   

5. タンパク質の検索

   Search for insulin-related proteins using search_proteins with query "insulin"
   

6. タンパク質注釈の取得

   Get detailed annotations for insulin receptor pathway proteins using get_protein_annotations
   

7. リソースへの直接アクセス

   Show me the resource string://network/INS,INSR,IRS1
   

📚 ドキュメント

このサーバーは、STRING Database API（https://string-db.org/）と統合されています。

• STRING REST API：タンパク質相互作用データ、注釈、相同性情報の取得に使用します。
• 複数種のサポート：5000以上の生物種がサポートされています。
• 証拠の種類：近接性、融合、共起性、共発現、実験的証拠、データベース、テキストマイニングなど。
• 信頼度スコア：各相互作用には0 - 1000の信頼度スコアが関連付けられています。

タンパク質相互作用分析

• 直接相互作用：直接の相互作用パートナーを見つけます。
• ネットワーク構築：包括的な相互作用ネットワークを構築します。
• 証拠分類：7種類の相互作用証拠があります。
• 信頼度スコア：相互作用の信頼度を定量的に評価します。

機能分析

• GOエンリッチメント：Gene Ontology用語のエンリッチメント分析を行います。
• KEGG経路：代謝およびシグナル伝達経路の分析を行います。
• カスタムバックグラウンド：カスタムタンパク質セットをバックグラウンドとして使用できます。
• 統計的有意性：P値とFDR補正を使用します。

比較ゲノミクス

• 種間分析：生物種をまたがって相同体を見つけます。
• 進化的関係：タンパク質の進化を分析します。
• 種フィルタリング：特定の分類群に焦点を当てることができます。
• 直向ホモログ識別：直向ホモログと並列ホモログを区別します。

ネットワーク特性

• トポロジー分析：ネットワークの密度、クラスタリング、接続性を分析します。
• ハブ識別：高接続性のタンパク質を見つけます。
• モジュール検出：タンパク質複合体とモジュールを識別します。
• 経路分析：タンパク質間の最短経路を見つけます。

補完的なサーバー

このSTRINGサーバーは、以下のサーバーと良好に連携します。

• UniProt MCPサーバー：タンパク質配列と詳細な機能注釈を提供します。
• PDB MCPサーバー：タンパク質構造と構造分析を提供します。
• AlphaFold MCPサーバー：予測されたタンパク質構造を提供します。

これらを合わせることで、包括的なタンパク質分析が可能になります：配列 → 構造 → 相互作用 → 機能

データ品質と検証

• 精選データ：STRINGは精選されたデータベースと計算予測を組み合わせています。
• 証拠統合：確率的フレームワークを使用して、複数の証拠の種類を統合します。
• 定期的な更新：新しい実験データに基づいて、データベースが定期的に更新されます。
• 品質スコア：各相互作用には関連する信頼度スコアがあります。

エラー処理

サーバーには、以下のエラーを適切に処理する機能が備わっています。

• 無効なタンパク質識別子
• ネットワーク接続問題
• APIのレート制限
• 種の検証
• パラメータの検証
• 不正なリクエスト

開発

# 依存関係のインストール
npm install

# サーバーのビルド
npm run build

# 開発モードで実行
npm run dev

著作権表示

このプロジェクトは Augmented Natureによって開発されています。 🌐 ウェブサイト: augmentednature.ai

STRINGデータベースについて：STRINGは、既知のおよび予測されたタンパク質 - タンパク質相互作用のデータベースです。相互作用には、直接（物理的）および間接（機能的）な関連が含まれ、計算予測、生物間の知識転送、および他の（一次）データベースから集約された相互作用に由来します。

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、以下のように引用してください。

@misc{stringdbmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {STRING DB MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/STRING-db-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}