Opengenes MCP

STDIOモード（STDIOを必要とするMCPクライアント用。ファイルを保存したい場合に便利）

# または明示的にSTDIOモードを指定
uvx opengenes - mcp stdio

HTTPモード（Webサーバー）

# デフォルトポート（3001）でストリーミング可能なHTTPモードでサーバーを実行
uvx opengenes - mcp server

# 特定のポートで実行
uvx opengenes - mcp server --port 8000

SSEモード（Server - Sent Events）

# SSEモードでサーバーを実行
uvx opengenes - mcp sse

uvxを使用したSTDIOモードの場合：

npx @modelcontextprotocol/inspector --config mcp - config - stdio.json --server opengenes - mcp

HTTPモードの場合（サーバーが最初に実行されていることを確認）：

npx @modelcontextprotocol/inspector --config mcp - config.json --server opengenes - mcp

ローカル開発の場合：

npx @modelcontextprotocol/inspector --config mcp - config - stdio - debug.json --server opengenes - mcp

インスペクターを手動で実行し、インターフェースを介して設定することもできます。

npx @modelcontextprotocol/inspector

その後、MCPインスペクターを使用して、http://127.0.0.1:6274 でツールとリソースを探索できます（複数回インスペクターを実行するとポートが変更される場合があります）。

主要なテーブル

• lifespan_change（47列）：モデル生物を対象とした介入詳細を含む実験的な寿命データ
• gene_criteria（2列）：老化基準による遺伝子分類（12種類のカテゴリ）
• gene_hallmarks（2列）：遺伝子の老化の特徴のマッピング
• longevity_associations（11列）：ヒト研究から得られた集団遺伝学的な寿命データ

主要なフィールド

• HGNC：遺伝子シンボル（すべてのテーブルでの主要識別子）
• model_organism：研究生物（マウス、線虫、ハエなど）
• effect_on_lifespan：寿命変化の方向（増加/減少/変化なし）
• intervention_method：遺伝子介入の方法（ノックアウト、過剰発現など）
• criteria：老化関連遺伝子の分類（12種類のカテゴリ）
• hallmarks of aging：遺伝子に関連する生物学的な老化プロセス

-- マウスの寿命を延ばす遺伝子を検索 SELECT DISTINCT HGNC, effect_on_lifespan FROM lifespan_change WHERE model_organism = 'mouse' AND effect_on_lifespan = 'increases lifespan' AND HGNC IS NOT NULL;

-- 遺伝子に関連する老化の特徴を取得 SELECT HGNC, "hallmarks of aging" FROM gene_hallmarks WHERE "hallmarks of aging" LIKE '%mitochondrial%';

-- 民族別の寿命関連を検索 SELECT HGNC, "polymorphism type", "nucleotide substitution", ethnicity FROM longevity_associations WHERE ethnicity LIKE '%Italian%';

-- 寿命への影響と寿命関連の両方を持つ遺伝子を検索 SELECT DISTINCT lc.HGNC FROM lifespan_change lc INNER JOIN longevity_associations la ON lc.HGNC = la.HGNC WHERE lc.HGNC IS NOT NULL;

</details>

### MCPが回答を支援するサンプル質問
<details>
<summary>このMCPサーバーを使用して探索できる研究質問</summary>
* どの遺伝子への介入がマウスの寿命を最も延ばしたか？
* モデル動物で最も寿命を延ばしたノックダウンはどれか？
* GHRノックアウトマウスではどのプロセスが改善されているか？
* ハエの寿命を最も延ばした遺伝子介入はどれか？
* VEGFAを過剰発現させたマウスの寿命はどの程度延びたか？
* マウスの寿命を延ばす肝臓特異的な介入はあるか？
* 最も多くの研究で確認された遺伝子と寿命の関連はどれか？
* FOXO3のどの多型がヒトの寿命と関連しているか？
* APOE遺伝子と寿命の関連がどの民族グループで示されているか？
* INS遺伝子の多型は寿命と関連しているか？
* 転写変化と関連する遺伝子はどれか？
* KL遺伝子に関連する老化の特徴はどれか？
* ヒトの寿命と関連する遺伝子はいくつあるか？
* IGF1R遺伝子に関してどのようなタイプの研究が行われているか？
* PTENと老化の関連について知っている証拠は何か？
* ヒトの老化と寿命の両方に関連する遺伝子はどれか？
* ヒトでACE2遺伝子の発現は老化とともに変化するか？
* ワームの寿命を延ばすためにどの遺伝子をダウンレギュレートする必要があるか？
</details>

## 🔧 技術詳細
### 安全機能
- **読み取り専用アクセス**：SELECTクエリのみが許可されます。
- **入力検証**：INSERT、UPDATE、DELETE、DROP、CREATE、ALTER、TRUNCATE操作はブロックされます。
- **エラーハンドリング**：包括的なエラーハンドリングと有益なメッセージが提供されます。

### テストと検証
MCPサーバーには、複雑なクエリに対する応答の品質を評価するLLM - as - a - judgeテストを含む包括的なテストが用意されています。ただし、コスト削減のため、CIではLLMベースのテストはデフォルトで無効になっています。

#### LLMエージェントテストの環境設定
Geminiモデルを使用したLLMエージェントテストを実行する場合は、Gemini APIキーを含む`.env`ファイルを設定する必要があります。
```bash
# プロジェクトルートに.envファイルを作成
echo "GEMINI_API_KEY=your - gemini - api - key - here" > .env

注意：.envファイルとGemini APIキーは、LLMエージェントテストを実行する場合にのみ必要です。他のすべてのテストと基本的なMCPサーバー機能は、APIキーなしで動作します。

テストの実行

MCPサーバーのテストを実行します。

uv run pytest -vvv -s

手動テストも実行できます。

uv run python test/manual_test_questions.py

ローカルで構築したMCPサーバーでも、uvxと同じようにMCPインスペクターを使用できます。

注意：MCPインスペクターの使用はオプションです。ほとんどのMCPクライアント（Cursor、Windsurfなど）は、設定後にこのサーバーから利用可能なツールを自動的に表示します。ただし、インスペクターは詳細なテストや探索に役立ちます。

npxを介してインスペクターを使用する場合は、Node.jsとnpmがインストールされていることを確認してください。Node.jsのバージョン管理には[nvm](https://github.com/nvm - sh/nvm)（Node Version Manager）の使用が推奨されます。

🤝 コントリビュート

コミュニティからのコントリビューションを歓迎します！🎉 老化と寿命に関する研究に興味のある研究者、開発者、愛好者の方々には、多くの参加方法があります。

特に、私たちのMCPサーバーを試して、フィードバックを共有することをお勧めします！ サーバーを使用した経験、遭遇した問題、改善提案は、このツールをすべての研究コミュニティにとってより良いものにするために非常に貴重です。

コントリビュートの方法

• 🐛 バグ報告：問題を見つけた場合は、詳細な情報を含むGitHubのIssueを作成してください。
• 💡 機能要求：新しい機能に関するアイデアがある場合は、お知らせいただけると幸いです！
• 📝 ドキュメント：ドキュメント、サンプル、チュートリアルの改善にご協力ください。
• 🧪 テスト：テストケースを追加してください。特にエッジケースや新しいクエリパターンに対するテストを追加すると良いです。
• 🔍 データ品質：データの不整合を特定して報告したり、改善提案を行ってください。
• 🚀 パフォーマンス：クエリを最適化し、キャッシュを改善し、サーバーのパフォーマンスを向上させてください。
• 🌐 統合：新しいMCPクライアントやAIシステムのサンプルを作成してください。
• 🎥 チュートリアルとビデオ：MCPサーバーの使用方法を示すチュートリアル、ビデオガイド、教育コンテンツを作成してください。
• 📖 ユーザーストーリー：私たちのMCPサーバーを使用した研究ワークフローや成功事例を共有してください。
• 🤝 コミュニティアウトリーチ：バイオインフォマティクスコミュニティでMCPの採用を促進するお手伝いをしてください。

チュートリアル、ビデオ、ユーザーストーリーは私たちにとって特に貴重です！ 私たちはバイオインフォマティクスコミュニティのAI採用を推進するために取り組んでおり、研究者が私たちのMCPサーバー（このサーバーや他に開発しているもの）をどのように使用するかの実際の例は、実用的なメリットを示し、幅広い採用を促進するのに役立ちます。

始めるには

1. リポジトリをフォークします。
2. 機能ブランチを作成します（git checkout -b feature/amazing - feature）。
3. 変更を加え、テストを追加します。
4. テストスイートを実行します（uv run pytest）。
5. 変更をコミットします（git commit -m 'Add amazing feature'）。
6. ブランチにプッシュします（git push origin feature/amazing - feature）。
7. プルリクエストを作成します。

開発ガイドライン

• 既存のコードスタイルに従ってください（フォーマットにはblackを使用しています）。
• 新しい機能に対してテストを追加してください。
• 必要に応じてドキュメントを更新してください。
• コミットを集中的に行い、明確なコミットメッセージを書いてください。

質問やアイデアは？

議論のためにIssueを作成することを躊躇しないでください！私たちは友好的で、新しい方が始めるのをいつでも喜んで手助けします。あなたのコントリビューションは、すべての人のためにオープンサイエンスと寿命研究を前進させる手助けになります。🧬✨

既知の問題

データベースのカバレッジ

現在、このMCPサーバーは完全なOpenGenesデータベースの一部のみを使用しています。完全なOpenGenesデータベースには、まだMCP実装に含まれていない追加のテーブルとデータが含まれています。完全なデータベースのサポートを拡張するためのコントリビューターが必要です！ データベースのカバレッジを拡張する手助けに興味がある場合は、コントリビュートセクションを参照してください。

テストのカバレッジ

包括的なテスト（LLM - as - a - judge評価を含む）を提供していますが、すべてのテストケースが実際のOpenGenesウェブインターフェースに対して手動で検証されているわけではありません。一部の自動テスト結果は、精度を確保するために手動で検証する必要がある場合があります。テストのカバレッジと検証の改善に対するコントリビューションを歓迎します。

📄 ライセンス

このプロジェクトはMITライセンスの下でライセンスされています。

謝辞

• [OpenGenes Database](https://open - genes.com/) 提供の包括的な老化研究データ
  • Rafikova E, Nemirovich - Danchenko N, Ogmen A, Parfenenkova A, Velikanova A, Tikhonov S, Peshkin L, Rafikov K, Spiridonova O, Belova Y, Glinin T, Egorova A, Batin M. Open Genes - a new comprehensive database of human genes associated with aging and longevity. Nucleic Acids Res. 2024 Jan 5;52(D1):D950 - D962. doi: 10.1093/nar/gkad712. PMID: 37665017; PMCID: PMC10768108.
• Model Context Protocol 提供のプロトコル仕様
• FastMCP 提供のMCPサーバーフレームワーク

このプロジェクトは、健康、遺伝学、寿命研究のためのオープンソースAIアシスタントやライブラリを開発する [Longevity Genie](https://github.com/longevity - genie) 組織の一部です。

Longevity Genieによる他のMCPサーバー

バイオメディカル研究用の他の専用MCPサーバーも開発しています。

• [biothings - mcp](https://github.com/longevity - genie/biothings - mcp) - BioThings.io API用のMCPサーバー。遺伝子注釈（mygene.info）、変異注釈（myvariant.info）、化学化合物データ（mychem.info）へのアクセスを提供します。

以下の団体から支援を受けています。  HEALES - Healthy Life Extension Society

および [](https://ibima.med.uni - rostock.de/) [IBIMA - Institute for Biostatistics and Informatics in Medicine and Ageing Research](https://ibima.med.uni - rostock.de/)