Opentargets MCP Server

🚀 非公式Open Targets MCPサーバー 🧬

遺伝子-薬物-疾患の関連性研究のためにOpen Targetsプラットフォームのデータにアクセスするための非公式のモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバーです。

Augmented Natureによって開発されました。

✨ 主な機能

Open Targets APIのライブデータで動作する6つのツールすべて:

• 🎯 ターゲット検索 - 遺伝子シンボル、名称、説明（BRCA1、TP53など）
• 🦠 疾患検索 - 名称、同義語、説明（がん、糖尿病など）
• 🔗 ターゲット-疾患関連性 - 20以上のデータベースからのエビデンススコア
• 📊 疾患ターゲット概要 - 優先順位付けされた治療ターゲット
• 🧬 ターゲット詳細 - 包括的な遺伝子/タンパク質情報
• 🎭 疾患詳細 - オントロジーを含む完全な疾患プロファイル

🚀 クイックスタート

# インストールとビルド
npm install
npm run build

# サーバーを起動
node build/index.js

📦 インストール

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "opentargets-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/opentargets-server/build/index.js"]
    }
  }
}

その他のMCPクライアント

node /path/to/opentargets-server/build/index.js

💻 使用例

🎯 search_targets

遺伝子シンボル、名称、または説明で治療ターゲットを検索

{
  "name": "search_targets",
  "arguments": {
    "query": "BRCA1", // 遺伝子シンボル、名称、または説明
    "size": 10 // オプション: 1-500件の結果 (デフォルト: 25)
  }
}

結果の例:

• BRCA1 (ENSG00000012048) - BRCA1 DNA repair associated
• BRCA2 (ENSG00000139618) - BRCA2 DNA repair associated
• BRIP1 (ENSG00000136492) - BRCA1 interacting DNA helicase 1

🦠 search_diseases

名称、同義語、または説明で疾患を検索

{
  "name": "search_diseases",
  "arguments": {
    "query": "breast cancer", // 疾患名称、同義語、または説明
    "size": 10 // オプション: 1-500件の結果 (デフォルト: 25)
  }
}

🔗 get_target_disease_associations

エビデンススコア付きのターゲット-疾患関連性を取得

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "targetId": "ENSG00000012048", // ターゲットのEnsembl ID
    "size": 10 // オプション: 1-500件の結果
  }
}

または

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // 疾患のEFO ID
    "size": 10 // オプション: 1-500件の結果
  }
}

📊 get_disease_targets_summary

疾患に関連する優先順位付けされたターゲットを取得

{
  "name": "get_disease_targets_summary",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // 疾患のEFO ID (必須)
    "size": 20 // オプション: 1-500件のターゲット (デフォルト: 50)
  }
}

🧬 get_target_details

包括的なターゲット情報を取得

{
  "name": "get_target_details",
  "arguments": {
    "id": "ENSG00000012048" // ターゲットのEnsembl遺伝子ID
  }
}

🎭 get_disease_details

包括的な疾患情報を取得

{
  "name": "get_disease_details",
  "arguments": {
    "id": "EFO_0000305" // 疾患のEFO ID
  }
}

📚 ドキュメント

標準化されたURIを通じてOpen Targetsのデータにアクセスできます:

• opentargets://target/{ensemblId} - 完全なターゲット情報
• opentargets://disease/{efoId} - 完全な疾患情報
• opentargets://drug/{chemblId} - 薬物情報
• opentargets://association/{targetId}/{diseaseId} - 関連性のエビデンス
• opentargets://search/{query} - 検索結果

🧪 実世界の使用例

がん研究ワークフロー

# 1. がん関連のターゲットを検索
{"name": "search_targets", "arguments": {"query": "oncogene", "size": 10}}

# 2. 特定のターゲットの詳細情報を取得
{"name": "get_target_details", "arguments": {"id": "ENSG00000012048"}}

# 3. BRCA1に関連するすべての疾患を見つける
{"name": "get_target_disease_associations", "arguments": {"targetId": "ENSG00000012048"}}

# 4. 乳がんのトップターゲットを取得
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000305", "size": 20}}

創薬パイプライン

# 1. アルツハイマー病を検索
{"name": "search_diseases", "arguments": {"query": "Alzheimer", "size": 5}}

# 2. 疾患の詳細情報を取得
{"name": "get_disease_details", "arguments": {"id": "EFO_0000249"}}

# 3. 優先順位付けされた治療ターゲットを見つける
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000249", "size": 30}}

🔧 技術詳細

Open Targetsは20以上のデータベースを統合しています:

• ChEMBL - 薬物と化合物のデータ
• Ensembl - 遺伝子とタンパク質の注釈
• EFO - 実験因子オントロジー
• ClinVar - 臨床変異データ
• GWAS Catalog - ゲノムワイド関連解析研究
• UniProt - タンパク質配列と機能
• Reactome - 生物学的経路
• その他多数...

標準化された識別子:

• ターゲット: Ensembl遺伝子ID（例: ENSG00000012048）
• 疾患: EFO ID（例: EFO_0000305）
• 薬物: ChEMBL ID（例: CHEMBL1234）

アーキテクチャ

• TypeScript で実装され、堅牢な型安全性を備えています
• GraphQL クエリを使用して効率的なデータ取得を行います
• MCPプロトコル に準拠したJSON-RPC通信を行います
• エラーハンドリング が充実し、包括的な検証を行います
• 本番環境対応 で、30秒のタイムアウトと適切なロギングが設定されています

API情報

• ベースURL: https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql
• バージョン: Open Targets v25.0.1
• レート制限: 研究用途には寛容です
• 認証: 不要
• 形式: GraphQLクエリ、JSONレスポンス

🤝 コントリビューション

このサーバーは Augmented Nature によって開発およびメンテナンスされています。機能強化のためには:

1. リポジトリをフォークします
2. 変更を加えます
3. プルリクエストを送信します

サポート

以下の問題に関しては:

• MCPサーバー: サーバーのログとエラー出力を確認してください
• Open Targets API: platform.opentargets.org を訪問してください
• GraphQLクエリ: Open Targets GraphQLブラウザ を使用してください

📄 ライセンス

もしあなたがこのプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、次のように引用してください。

@misc{opentargetsmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {OpenTargets MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/OpenTargets-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}