Opentargets MCP Server

🚀 非官方Open Targets MCP服務器 🧬

這是一個非官方的模型上下文協議（MCP）服務器，用於訪問Open Targets平臺數據，以開展基因 - 藥物 - 疾病關聯研究。

由 增強自然 開發

✨ 主要特性

所有6個工具均可使用即時的Open Targets API數據：

• 🎯 靶點搜索 - 基因符號、名稱、描述（如BRCA1、TP53等）
• 🦠 疾病搜索 - 名稱、同義詞、描述（如癌症、糖尿病等）
• 🔗 靶點 - 疾病關聯 - 來自20多個數據庫的證據評分
• 📊 疾病靶點總結 - 優先排序的治療靶點
• 🧬 靶點詳情 - 全面的基因/蛋白質信息
• 🎭 疾病詳情 - 包含本體論的完整疾病概況

🚀 快速開始

# 安裝並構建
npm install
npm run build

# 運行服務器
node build/index.js

📦 安裝指南

Claude桌面版配置

{
  "mcpServers": {
    "opentargets-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/opentargets-server/build/index.js"]
    }
  }
}

其他MCP客戶端

node /path/to/opentargets-server/build/index.js

💻 使用示例

基礎用法

可用工具示例

🎯 search_targets

按基因符號、名稱或描述搜索治療靶點

{
  "name": "search_targets",
  "arguments": {
    "query": "BRCA1", // 基因符號、名稱或描述
    "size": 10 // 可選：1 - 500條結果（默認：25）
  }
}

示例結果：

• BRCA1 (ENSG00000012048) - BRCA1 DNA修復相關
• BRCA2 (ENSG00000139618) - BRCA2 DNA修復相關
• BRIP1 (ENSG00000136492) - BRCA1相互作用DNA解旋酶1

🦠 search_diseases

按名稱、同義詞或描述搜索疾病

{
  "name": "search_diseases",
  "arguments": {
    "query": "breast cancer", // 疾病名稱、同義詞或描述
    "size": 10 // 可選：1 - 500條結果（默認：25）
  }
}

🔗 get_target_disease_associations

獲取靶點 - 疾病關聯及證據評分

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "targetId": "ENSG00000012048", // 靶點Ensembl ID
    "size": 10 // 可選：1 - 500條結果
  }
}

或者

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // 疾病EFO ID
    "size": 10 // 可選：1 - 500條結果
  }
}

📊 get_disease_targets_summary

獲取與疾病相關的優先排序靶點

{
  "name": "get_disease_targets_summary",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // 疾病EFO ID（必需）
    "size": 20 // 可選：1 - 500個靶點（默認：50）
  }
}

🧬 get_target_details

獲取全面的靶點信息

{
  "name": "get_target_details",
  "arguments": {
    "id": "ENSG00000012048" // 靶點Ensembl基因ID
  }
}

🎭 get_disease_details

獲取全面的疾病信息

{
  "name": "get_disease_details",
  "arguments": {
    "id": "EFO_0000305" // 疾病EFO ID
  }
}

高級用法

實際應用示例

癌症研究工作流

# 1. 搜索與癌症相關的靶點
{"name": "search_targets", "arguments": {"query": "oncogene", "size": 10}}

# 2. 獲取特定靶點的詳細信息
{"name": "get_target_details", "arguments": {"id": "ENSG00000012048"}}

# 3. 查找與BRCA1相關的所有疾病
{"name": "get_target_disease_associations", "arguments": {"targetId": "ENSG00000012048"}}

# 4. 獲取乳腺癌的頂級靶點
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000305", "size": 20}}

藥物發現流程

# 1. 搜索阿爾茨海默病
{"name": "search_diseases", "arguments": {"query": "Alzheimer", "size": 5}}

# 2. 獲取疾病詳情
{"name": "get_disease_details", "arguments": {"id": "EFO_0000249"}}

# 3. 查找優先排序的治療靶點
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000249", "size": 30}}

📚 詳細文檔

資源模板

通過標準化的URI訪問Open Targets數據：

• opentargets://target/{ensemblId} - 完整的靶點信息
• opentargets://disease/{efoId} - 完整的疾病信息
• opentargets://drug/{chemblId} - 藥物信息
• opentargets://association/{targetId}/{diseaseId} - 關聯證據
• opentargets://search/{query} - 搜索結果

🔧 技術細節

數據源與標準

Open Targets整合了20多個數據庫：

• ChEMBL - 藥物與化合物數據
• Ensembl - 基因與蛋白質註釋
• EFO - 實驗因素本體論
• ClinVar - 臨床變異數據
• GWAS Catalog - 全基因組關聯研究
• UniProt - 蛋白質序列與功能
• Reactome - 生物途徑
• 還有更多...

標準化標識符：

• 靶點：Ensembl基因ID（如ENSG00000012048）
• 疾病：EFO ID（如EFO_0000305）
• 藥物：ChEMBL ID（如CHEMBL1234）

架構

• 使用TypeScript實現，具備強大的類型安全性
• 使用GraphQL查詢，實現高效的數據檢索
• 符合MCP協議的JSON - RPC通信
• 具備全面驗證的錯誤處理機制
• 具備生產就緒能力，有30秒超時設置和適當的日誌記錄

📄 許可證

API信息

• 基礎URL：https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql
• 版本：Open Targets v25.0.1
• 速率限制：研究使用限制寬鬆
• 認證：無需認證
• 格式：GraphQL查詢，JSON響應

🤝 貢獻說明

本服務器由 增強自然 開發和維護。若要進行功能增強：

1. 分叉倉庫
2. 進行更改
3. 提交拉取請求

支持

若遇到以下問題：

• MCP服務器：檢查服務器日誌和錯誤輸出
• Open Targets API：訪問 platform.opentargets.org
• GraphQL查詢：使用 Open Targets GraphQL瀏覽器

引用

如果您在研究或出版物中使用了本項目，請按以下方式引用：

@misc{opentargetsmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {OpenTargets MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/OpenTargets-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}