Reactome MCP Server

🚀 非公式Reactome MCPサーバー 🧬

Reactomeの経路とシステム生物学データにアクセスするためのModel Context Protocolサーバーです。このサーバーを使用することで、生物学的な経路や反応、タンパク質の相互作用などのデータを効率的に取得できます。

Augmented Natureによって開発されました - 科学的発見のためのAIを進化させる

✨ 主な機能

すべての8つのツールが、実際のReactome APIデータと連携して動作します:

• 🔍 経路検索 - 名前、プロセス、キーワードで生物学的経路を検索します。
• 📊 経路詳細 - 包括的な経路情報と構成要素を提供します。
• 🧬 遺伝子から経路へ - 特定の遺伝子/タンパク質を含む経路を見つけます。
• 🦠 疾患経路 - 疾患に関連する生物学的メカニズムを明らかにします。
• 🌲 経路階層 - 親/子関係と経路構造を表示します。
• 🧪 経路関与分子 - 経路に関与するすべての分子を列挙します。
• ⚗️ 生化学反応 - 詳細な反応情報を提供します。
• 🔗 タンパク質相互作用 - 経路内の分子間相互作用を示します。

🚀 クイックスタート

# インストールとビルド
npm install
npm run build

# サーバーを起動
node build/index.js

📦 インストール

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "reactome-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/reactome-server/build/index.js"]
    }
  }
}

その他のMCPクライアント

node /path/to/reactome-server/build/index.js

💻 使用例

🔍 search_pathways

名前、説明、またはキーワードで生物学的経路を検索します

{
  "name": "search_pathways",
  "arguments": {
    "query": "cell cycle", // 経路名、プロセス、またはキーワード
    "type": "pathway", // オプション: pathway, reaction, protein, complex, disease
    "size": 20 // オプション: 1-100件の結果 (デフォルト: 20)
  }
}

結果の例:

• Cell Cycle (R-HSA-1640170) - 細胞周期の進行と調節
• Cell Cycle Checkpoints (R-HSA-69620) - 品質管理メカニズム
• Mitotic G1-G1/S phases (R-HSA-453279) - G1期の進行

📊 get_pathway_details

特定の経路に関する包括的な情報を取得します

{
  "name": "get_pathway_details",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome経路の安定識別子
  }
}

🧬 find_pathways_by_gene

特定の遺伝子またはタンパク質を含むすべての経路を見つけます

{
  "name": "find_pathways_by_gene",
  "arguments": {
    "gene": "BRCA1", // 遺伝子シンボルまたはUniProt ID
    "species": "Homo sapiens" // オプション: 種 (デフォルト: Homo sapiens)
  }
}

🦠 find_pathways_by_disease

疾患に関連する経路とメカニズムを見つけます

{
  "name": "find_pathways_by_disease",
  "arguments": {
    "disease": "cancer", // 疾患名またはDOID識別子
    "size": 25 // オプション: 1-100件の経路 (デフォルト: 25)
  }
}

🌲 get_pathway_hierarchy

階層構造と親/子関係を取得します

{
  "name": "get_pathway_hierarchy",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome経路の安定識別子
  }
}

🧪 get_pathway_participants

経路内のすべての分子（タンパク質、遺伝子、化合物）を取得します

{
  "name": "get_pathway_participants",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome経路の安定識別子
  }
}

⚗️ get_pathway_reactions

経路内のすべての生化学反応を取得します

{
  "name": "get_pathway_reactions",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome経路の安定識別子
  }
}

🔗 get_protein_interactions

経路内のタンパク質-タンパク質相互作用を取得します

{
  "name": "get_protein_interactions",
  "arguments": {
    "pathwayId": "R-HSA-1640170", // Reactome経路の安定識別子
    "interactionType": "all" // オプション: protein-protein, regulatory, catalysis, all
  }
}

📚 ドキュメント

リソーステンプレート

標準化されたURIを通じてReactomeデータにアクセスできます:

• reactome://pathway/{id} - 完全な経路情報
• reactome://reaction/{id} - 詳細な反応情報
• reactome://protein/{id} - タンパク質の詳細と関連情報
• reactome://disease/{id} - 疾患に関連する経路
• reactome://search/{query} - 検索結果

実世界の例

システム生物学ワークフロー

# 1. DNA修復経路を検索
{"name": "search_pathways", "arguments": {"query": "DNA repair", "size": 10}}

# 2. 詳細な経路情報を取得
{"name": "get_pathway_details", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

# 3. BRCA1を含むすべての経路を見つける
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "BRCA1"}}

# 4. 経路関与分子を取得
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

疾患メカニズム研究

# 1. 癌関連経路を検索
{"name": "find_pathways_by_disease", "arguments": {"disease": "cancer", "size": 15}}

# 2. がん原性シグナル伝達の経路階層を取得
{"name": "get_pathway_hierarchy", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

# 3. 生化学反応を分析
{"name": "get_pathway_reactions", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

創薬パイプライン

# 1. 薬剤標的の経路を見つける
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "EGFR"}}

# 2. 経路内のタンパク質相互作用を取得
{"name": "get_protein_interactions", "arguments": {"pathwayId": "R-HSA-177929"}}

# 3. 経路関与分子を分析
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-177929"}}

🔧 技術詳細

データカバレッジ

Reactomeは以下のための精選されたデータを提供します:

• 25,000以上の反応 - すべての主要な生物学的プロセスにわたる
• 14,000以上のタンパク質 - 詳細な機能注釈付き
• 2,500以上の経路 - 細胞および分子プロセスをカバー
• 20以上の種 - ヒト、マウス、ラット、およびモデル生物を含む
• 相互参照 - UniProt、ChEMBL、Ensembl、およびその他のデータベースへの参照

主要な生物学的分野:

• シグナル伝達経路
• 代謝プロセスとネットワーク
• 遺伝子調節と発現
• 細胞周期とDNA修復
• 免疫系応答
• 疾患メカニズムと薬剤作用
• 発生生物学プロセス

アーキテクチャ

• TypeScript 実装 - 堅牢な型安全性を備える
• Reactome Content Service API - 効率的なデータ取得
• MCP Protocol 準拠のJSON-RPC通信
• エラーハンドリング - 包括的な検証付き
• 本番環境対応 - 30秒のタイムアウトと適切なロギング

📄 ライセンス

API情報

• ベースURL: https://reactome.org/ContentService
• バージョン: Reactome v79 (最新版)
• レート制限: 研究用途には寛容
• 認証: 不要
• 形式: JSONレスポンスのREST API

貢献方法

1. リポジトリをフォークします。
2. 変更を加えます。
3. プルリクエストを送信します。

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、次のように引用してください:

@misc{reactomemcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {Reactome MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/Reactome-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}