Reactome MCP Server

🚀 非官方 Reactome MCP 服務器 🧬

這是一個用於訪問 Reactome 通路和系統生物學數據的模型上下文協議（MCP）服務器。它藉助 Reactome 的 API 數據，提供了一系列工具來探索生物通路和相關信息。

由 增強自然 開發 - 推動人工智能助力科學發現

✨ 主要特性

已驗證的功能

所有 8 個工具均可使用即時的 Reactome API 數據：

• 🔍 通路搜索 - 按名稱、過程、關鍵詞搜索生物通路
• 📊 通路詳情 - 提供全面的通路信息和組成部分
• 🧬 基因到通路 - 查找包含特定基因/蛋白質的通路
• 🦠 疾病通路 - 與疾病相關的生物機制
• 🌲 通路層次結構 - 顯示父/子關係和通路結構
• 🧪 通路參與者 - 列出參與通路的所有分子
• ⚗️ 生化反應 - 提供詳細的反應信息
• 🔗 蛋白質相互作用 - 展示通路內的分子相互作用

🚀 快速開始

# 安裝並構建
npm install
npm run build

# 運行服務器
node build/index.js

📦 安裝指南

Claude 桌面端配置

{
  "mcpServers": {
    "reactome-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/reactome-server/build/index.js"]
    }
  }
}

其他 MCP 客戶端

node /path/to/reactome-server/build/index.js

💻 使用示例

基礎用法

🔍 search_pathways

按名稱、描述或關鍵詞搜索生物通路

{
  "name": "search_pathways",
  "arguments": {
    "query": "cell cycle", // 通路名稱、過程或關鍵詞
    "type": "pathway", // 可選: pathway, reaction, protein, complex, disease
    "size": 20 // 可選: 1 - 100 個結果 (默認: 20)
  }
}

示例結果：

• Cell Cycle (R-HSA-1640170) - 細胞週期進展和調控
• Cell Cycle Checkpoints (R-HSA-69620) - 質量控制機制
• Mitotic G1-G1/S phases (R-HSA-453279) - G1 期進展

高級用法

系統生物學工作流示例

# 1. 搜索 DNA 修復通路
{"name": "search_pathways", "arguments": {"query": "DNA repair", "size": 10}}

# 2. 獲取詳細的通路信息
{"name": "get_pathway_details", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

# 3. 查找包含 BRCA1 的所有通路
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "BRCA1"}}

# 4. 獲取通路參與者
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

疾病機制研究示例

# 1. 搜索與癌症相關的通路
{"name": "find_pathways_by_disease", "arguments": {"disease": "cancer", "size": 15}}

# 2. 獲取致癌信號通路的層次結構
{"name": "get_pathway_hierarchy", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

# 3. 分析生化反應
{"name": "get_pathway_reactions", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

藥物發現流程示例

# 1. 查找藥物靶點的通路
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "EGFR"}}

# 2. 獲取通路中的蛋白質相互作用
{"name": "get_protein_interactions", "arguments": {"pathwayId": "R-HSA-177929"}}

# 3. 分析通路參與者
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-177929"}}

📚 詳細文檔

資源模板

可通過標準化的 URI 訪問 Reactome 數據：

• reactome://pathway/{id} - 完整的通路信息
• reactome://reaction/{id} - 詳細的反應信息
• reactome://protein/{id} - 蛋白質詳情和關聯信息
• reactome://disease/{id} - 與疾病相關的通路
• reactome://search/{query} - 搜索結果

🔧 技術細節

數據覆蓋範圍

Reactome 提供以下方面的精心策劃數據：

• 25,000 + 個反應，涵蓋所有主要的生物過程
• 14,000 + 種蛋白質，帶有詳細的功能註釋
• 2,500 + 條通路，覆蓋細胞和分子過程
• 20 + 個物種，包括人類、小鼠、大鼠和模式生物
• 交叉引用，涉及 UniProt、ChEMBL、Ensembl 等數據庫

關鍵生物領域

• 信號轉導通路
• 代謝過程和網絡
• 基因調控和表達
• 細胞週期和 DNA 修復
• 免疫系統反應
• 疾病機制和藥物作用
• 發育生物學過程

架構

• TypeScript 實現，具有強大的類型安全性
• Reactome 內容服務 API，用於高效的數據檢索
• MCP 協議 兼容的 JSON - RPC 通信
• 錯誤處理，具備全面的驗證機制
• 生產就緒，有 30 秒超時設置和適當的日誌記錄

📄 API 文檔

• 基礎 URL：https://reactome.org/ContentService
• 版本：Reactome v79（最新）
• 速率限制：對研究使用較為寬鬆
• 認證：無需認證
• 格式：REST API，返回 JSON 響應

🤝 貢獻指南

1. 分叉倉庫
2. 進行更改
3. 提交拉取請求

📄 許可證

引用說明

如果您在研究或出版物中使用此項目，請按以下方式引用：

@misc{reactomemcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {Reactome MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/Reactome-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}