Chatspatial

🚀 ChatSpatial

自然言語による空間転写体解析用のMCPサーバー

import scanpy as sc
import squidpy as sq
adata = sc.read_h5ad("data.h5ad")
sc.pp.filter_cells(adata, min_genes=200)
sc.pp.normalize_total(adata)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata)
sc.tl.pca(adata)
sc.pp.neighbors(adata)
# ... 40 more lines

"Load my Visium data and identify
 spatial domains"

Loaded 3,456 spots, 18,078 genes
Identified 7 spatial domains
Generated visualization

🚀 クイックスタート

Claude Code / Codex / OpenCodeを使用していますか？ これを貼り付けるだけです。

https://github.com/cafferychen777/ChatSpatial/blob/main/INSTALLATION.mdに従ってChatSpatialをインストールします。

# uvをインストールする（推奨 - 複雑な依存関係を処理します）
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

# 環境を作成してインストールする
python3 -m venv venv && source venv/bin/activate
uv pip install chatspatial

# 設定する（venvのPythonパスを使用します）
claude mcp add chatspatial /path/to/venv/bin/python -- -m chatspatial server

MCP互換のクライアントであればどれでも動作します — Claudeだけでなく、OpenCode、Codex、またはModel Context Protocolをサポートする任意のクライアントで使用できます。好みのLLM（Qwen、DeepSeek、Doubaoなど）をバックエンドとして設定します。

仮想環境やすべてのMCPクライアントを含む詳細なセットアップについては、インストールガイドを参照してください。

💻 使用例

Load /path/to/spatial_data.h5ad and show me the tissue structure

Identify spatial domains using SpaGCN

Find spatially variable genes and create a heatmap

✨ 主な機能

15のカテゴリにわたる60以上の方法があります。10x Visium、Xenium、Slide-seq v2、MERFISH、seqFISHをサポートしています。

📚 ドキュメント

📄 ライセンス

このプロジェクトはMITライセンスの下で公開されています。

📚 引用

もしあなたの研究でChatSpatialを使用した場合は、以下を引用してください。

@article{Yang2026.02.26.708361,
  author = {Yang, Chen and Zhang, Xianyang and Chen, Jun},
  title = {ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics},
  elocation-id = {2026.02.26.708361},
  year = {2026},
  doi = {10.64898/2026.02.26.708361},
  publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory},
  URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2026/03/01/2026.02.26.708361},
  journal = {bioRxiv}
}