🚀 🧪 labmate-mcp
あなたのAIラボコンパニオン — 文献検索から実験作業、論文投稿まで。
81のツール · 25以上の科学API · 202の有名反応 · 設定不要
• 何ができる? • 81の全ツール • 設定 • 使用例
labmate-mcpは、Claudeを科学データベース、計算化学ツール、実験室の参考文献、および執筆ユーティリティに接続するMCPサーバーです。一度のインストールで研究のワークフロー全体をカバーします。
| カテゴリ |
ツール数 |
内容 |
| 📚 文献 |
15 |
論文検索、引用グラフ、著者プロファイル、プレプリント、オープンアクセスPDF |
| ⚗️ 合成 |
11 |
逆合成、前方予測、原子マッピング、pKa / ADMET、NMR予測 |
| 🧪 実験室 |
30 |
有名反応、試薬計算機、保護基、溶媒参照、反応開発チェックリスト |
| 📊 分析 |
15 |
同位体パターン、質量スペクトル、結合データ、結晶構造、安全データ |
| ✍️ 論文投稿 |
10 |
引用フォーマット、参考文献作成、実験テンプレート、ジャーナルガイド、SIチェックリスト |
🚀 クイックスタート
pip install labmate-mcp
次に、Claudeの設定に以下を追加します。
Claude Desktop → claude_desktop_config.json
macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
{
"mcpServers": {
"labmate": {
"command": "labmate-mcp"
}
}
}
Claude Code → .mcp.json プロジェクトルートに
{
"mcpServers": {
"labmate": {
"command": "labmate-mcp"
}
}
}
Docker
docker build -t labmate-mcp .
docker run -it labmate-mcp
Claudeを再起動します。81のツールのうち61はデフォルトで動作します — APIキーは必要ありません。
💡 使用アドバイス
逆合成、pKa予測、またはNMRシフトが必要な場合は、labmate-mcp --setup を実行して無料のAPIキーを追加してください。
💬 これで何ができる?
Claudeに自然に話しかけるだけです。
| 質問内容 |
結果 |
| 「過去5年間の銅触媒によるC–H活性化に関する最も多く引用された論文を見つけて」 |
複数のデータベースを検索し、引用数でランク付けし、要約とAI生成の概要を提供します。 |
| 「鈴木カップリング、150 mgのアリールブロミド (MW 261)、5 mol%のPd(PPh₃)₄、1.3当量のボロン酸、2.5当量のK₂CO₃ — それぞれの量は?」 |
基質を制限試薬として、各試薬の正確な質量を計算します。 |
| 「新しい反応を開発しています。何を考えるべきですか?」 |
反応開発チェックリスト を通じて、初期の反応機構仮説から範囲探索、スケールアップまでをサポートします。 |
| 「一級アミンを保護する必要があります — 酸に安定で、水素化によって切断可能なもの」 |
保護基を安定性マトリックスと比較し、最適なものを提案します(ここではCbz)。 |
| 「これらのDOIをACS形式の参考文献にフォーマットし、次にBuchwald–Hartwig反応の実験テンプレートをください」 |
番号付きの参考文献リストと、提案された後処理と安全注意事項を含む空白入力式の手順を生成します。 |
他にできる質問
| 質問内容 |
結果 |
| 「DMSO-d₆のNMR溶媒ピークは何ですか?」 |
残留¹H: 2.50 ppm (五重線), ¹³C: 39.52 ppm, 水: 3.33 ppm |
| 「いくつかのD-アミノ酸を含む20の環状ペンタペプチドを生成して」 |
各ペプチドのSMILES、MW、logP、およびTPSAを返します。 |
| 「JACSに投稿したい — 何を知っておく必要がありますか?」 |
単語制限、要約の長さ、引用形式、グラフィカルアブストラクトの仕様 |
| 「イブプロフェンの逆合成を教えて」 |
市販の出発物質までの多段階ルート |
| 「4-ニトロフェノールのpKaは?」 |
Rowan Scienceを介した量子化学的予測 |
| 「−42 °Cの冷却浴は?」 |
MeCN / ドライアイス、またはクロロベンゼン / ドライアイス |
🔧 ツールリファレンス
📚 文献と発見 — 15のツール
複数のデータベースを横断して論文を検索し、引用グラフを探索し、オープンアクセスのPDFを見つけ、研究トレンドを追跡します。
15の全ツールを表示
| ツール |
ソース |
機能 |
search_papers |
Crossref + OpenAlex + S2 |
メタデータ融合による多ソースの論文検索 |
get_paper_details |
Crossref + OpenAlex + S2 |
完全なメタデータ: 要約、著者、引用、参考文献 |
find_similar_papers |
Semantic Scholar |
内容ベースの論文推薦 |
get_paper_citations |
Semantic Scholar |
前方引用グラフ + コンテキストスニペット |
get_paper_references |
Semantic Scholar |
後方引用グラフ (参考文献) |
get_author_profile |
OpenAlex + S2 |
h指数、出版物、共著者、トピック |
analyze_research_topic |
OpenAlex |
時間経過に伴う出版物の量のトレンド |
find_open_access_pdf |
Unpaywall |
合法的なオープンアクセスのPDF URL |
search_chemrxiv |
Crossref + OpenAlex |
化学のプレプリント検索 |
get_chemrxiv_categories |
— |
ChemRxivの主題カテゴリのリスト |
search_web_of_science |
Web of Science |
WoS検索 (APIキーが必要) |
generate_bibtex |
Crossref |
DOI → BibTeX (単一またはバッチ) |
get_journal_metrics |
OpenAlex |
影響力指標、オープンアクセス率、ポリシー |
search_protein_structures |
RCSB PDB |
キーワード、生物種、方法によるPDB検索 |
get_protein_structure |
RCSB PDB |
完全なPDBエントリ: 分解能、リガンド、配列 |
🔬 化合物データと安全性 — 12のツール
名前、SMILES、または化学式で任意の化合物を検索します。安全データ、結合親和性、結晶構造などを取得します。
12の全ツールを表示
| ツール |
ソース |
機能 |
search_compound |
PubChem |
名前/SMILES/化学式 → 化合物データ |
get_compound_properties |
PubChem |
MW、SMILES、InChI、化学式、XLogP、TPSA |
profile_compound |
複数 |
いくつかのデータベースを組み合わせた包括的なプロファイル |
get_safety_data |
PubChem GHS |
GHSピクトグラム、H文、P文 |
translate_compound_ids |
UniChem |
PubChem ↔ ChEMBL ↔ DrugBank ↔ ChEBIの変換 |
search_crystal_structures |
COD |
結晶学オープンデータベースの検索 |
search_materials_project |
Materials Project |
バンドギャップ、生成エネルギー (キーが必要) |
search_nist_webbook |
NIST |
ΔHf、Cp、相転移、IRスペクトル |
search_mass_spectra |
MassBank |
正確な質量または名前による質量スペクトル検索 |
search_binding_data |
BindingDB |
IC₅₀、Ki、Kdの結合親和性 |
search_toxicity |
EPA CompTox |
毒性エンドポイント (キーが必要) |
classify_natural_product |
GNPS |
天然物のスーパークラス / クラス / 経路の分類 |
⚗️ 計算化学 — 11のツール
AIによる逆合成、前方反応予測、pKa、溶解性、ADMET、およびNMRシフト予測。
11の全ツールを表示
| ツール |
ソース |
機能 |
predict_retrosynthesis |
IBM RXN |
多段階の逆合成分析 |
plan_synthesis |
IBM RXN |
前方合成ルートの計画 |
predict_product |
IBM RXN |
反応物と試薬から生成物を予測 |
predict_atom_mapping |
IBM RXN |
反応機構の原子ごとのマッピング |
text_to_procedure |
IBM RXN |
自然言語 → 構造化された手順 |
predict_pka |
Rowan Science |
pKa値 (任意の官能基、水溶液中) |
predict_solubility |
Rowan Science |
水溶性の予測 |
predict_admet |
Rowan Science |
吸収、代謝、毒性の予測 |
search_tautomers |
Rowan Science |
互変異性体の列挙 |
compute_descriptors |
Rowan Science |
SMILESからの分子記述子の計算 |
predict_nmr |
Rowan Science |
¹Hおよび¹³Cの化学シフト予測 |
IBM RXNおよびRowanのツールには無料のAPIキーが必要です。設定 を参照してください。
🧬 ペプチド化学 — 10のツール
450以上のアミノ酸を含む配列からSMILESへの変換、環化、ライブラリ生成、等電点計算、およびMS/MS解釈。
10の全ツールを表示
| ツール |
ソース |
機能 |
peptide_to_smiles |
p2smi |
配列 → SMILES (450以上のアミノ酸、5種類の環化タイプ) |
peptide_cyclization_options |
p2smi |
配列がサポートする環化方法 |
generate_peptide_library |
p2smi |
非天然アミノ酸、D-立体配置を含むランダムなペプチド生成 |
peptide_properties |
p2smi + RDKit |
MW、logP、TPSA、HBD/HBA、リピンスキー則 |
check_peptide_synthesis |
p2smi |
SPPSの実行可能性: 困難なモチーフ、凝集 |
modify_peptide |
p2smi |
N-メチル化、PEG化の適用 |
calculate_peptide_pi |
pichemist |
等電点 (8つのpKa参照セット) |
calculate_peptide_extinction |
pep-calc.com |
ε₂₈₀ (Trp/Tyr/Cysの寄与) |
get_peptide_ion_series |
pep-calc.com |
MS/MSのb/y/a/c/zイオンラダー |
assign_peptide_ms_peaks |
pep-calc.com |
m/z値をフラグメントにマッチさせる |
🧪 実験室化学 — 18のツール
日常の実験室計算機と、有名反応、保護基、溶媒、後処理プロトコルなどをカバーする参照ライブラリ。
5つの計算機を表示
| ツール |
機能 |
calculate_molarity |
質量、モル数、体積、またはMWなどの未知の値を解く |
calculate_dilution |
C₁V₁ = C₂V₂の自動単位処理 |
calculate_reaction_mass |
当量からの多試薬の質量計算 |
calculate_yield |
実際の収率と理論収率からのパーセント収率 |
calculate_concentration |
M ↔ mM ↔ mg/mL ↔ %w/v ↔ ppm ↔ ppbの変換 |
13の参照ツールを表示
| ツール |
対象範囲 |
lookup_named_reaction |
202の有名反応 — 条件、反応機構、適用範囲、制限 |
lookup_rxn_dev_checklist |
反応開発の構造化されたチェックリスト — Kerr et al., Chem. Soc. Rev. 2025 |
lookup_protecting_group |
30の保護基 (OH、NH、C=O、COOH)の安定性 / 脱離性マトリックス |
lookup_workup_procedure |
段階的なプロトコル: LAHクエンチ、水抽出など |
lookup_solvent_properties |
32の溶媒 — 沸点、密度、極性指数、誘電率、混和性 |
lookup_cooling_bath |
24のレシピ −196 °C (lN₂) から +100 °Cまで |
lookup_tlc_stain |
13の染色剤 官能基選択性で整理 |
lookup_column_chromatography |
溶媒選択、Rf規則、ローディング、トラブルシューティング |
lookup_buffer_recipe |
20以上の緩衝液 — PBS、Tris、HEPES、TAE、TBE、RIPA、クエン酸塩など |
lookup_amino_acid_properties |
20の標準アミノ酸 — MW、pKa、pI、疎水性 |
lookup_nmr_solvent |
12の溶媒 — 残留¹H/¹³Cシフト、水ピーク、多重度 |
lookup_lab_tips |
35の実用的なヒント 9つのカテゴリにわたる |
lookup_safety_card |
9の安全カード 危険な試薬 (n-BuLi、NaH、LAHなど) |
🔧 化学ユーティリティ — 5のツール
5つの全ツールを表示
| ツール |
機能 |
calculate_isotope_pattern |
化学式/SMILESからの同位体分布 (Cl、Br、Sのパターン) |
validate_cas_number |
CAS登録番号のチェックディジットの検証 |
convert_units |
質量、体積、エネルギー、圧力、温度、長さ、量の単位変換 |
lookup_periodic_table |
Z、質量、電子配置、電気陰性度、半径、族 |
calculate_buffer_ph |
ヘンダーソン・ハッセルバルヒ方程式のソルバーと組み込みのpKaデータベース |
✍️ 執筆と論文投稿 — 10のツール
Claude内で引用のフォーマット、参考文献の作成、実験セクションのテンプレート生成、ジャーナルの要件チェック、およびSIの準備をすべて行えます。
10の全ツールを表示
| ツール |
ソース |
機能 |
format_citation |
Crossref |
DOI → 20以上のスタイル (ACS、RSC、Nature、Angew、APAなど) のフォーマットされた参考文献 |
build_bibliography |
Crossref |
バッチのDOI → 番号付き、スタイル付きの参考文献リスト |
lookup_iupac_name |
PubChem |
SMILES → IUPACの系統名 |
name_to_smiles |
PubChem |
一般名 → SMILES + InChI + InChIKey + MW |
format_molecular_formula |
ローカル |
C6H12O6 → C₆H₁₂O₆ (Unicode) / \ce{C6H12O6} (LaTeX) / <sub> (HTML) |
lookup_experimental_template |
ローカル |
18の反応テンプレート 空白入力式で安全注意事項付き |
lookup_journal_guide |
ローカル |
12の主要な化学ジャーナル の投稿要件 |
generate_si_checklist |
ローカル |
化合物の種類に合わせたSIチェックリスト |
lookup_abbreviation |
ローカル |
193の標準略語 (溶媒、試薬、分光法) |
get_thesis_guide |
ローカル |
セクションごとの執筆ガイド: 要約 → SI |
📖 使用例
文献ワークフロー
あなた: "2020–2024年の光酸化還元触媒に関する最も多く引用された5つの論文を見つけて"
Claude: [引用数でランク付けされた論文を要約とTLDR付きで返す]
あなた: "論文#2を引用したのは誰ですか?彼らはどのトピックに焦点を当てていましたか?"
Claude: [コンテキストスニペット付きの前方引用グラフを表示]
あなた: "論文#3に無料のPDFはありますか?"
Claude: [Unpaywallを介して合法的なオープンアクセスのリンクを見つける]
あなた: "すべての5つの論文のBibTeXを生成して"
Claude: [フォーマットされたBibTeXエントリを出力]
合成計画
あなた: "4-ブロモアニソールから4-メトキシビフェニルを合成したい"
Claude: [鈴木カップリングを提案し、条件と文献先例を提供]
あなた: "200 mgスケール、5 mol%の触媒での量を計算して"
Claude: [すべての試薬の正確なmgと溶媒の体積を返す]
あなた: "良い後処理方法は何ですか?"
Claude: [溶媒、乾燥剤、およびカラム条件を含む水処理プロトコル]
反応開発
あなた: "新しいC–H活性化反応があります — 反応機構をどうやって解明すればいいですか?"
Claude: [KIE、ラジカルクロック、ハメット則、スターン・ボルマー法、および計算アプローチを提案]
あなた: "最適化の手順を教えて"
Claude: [DoEと一変数ずつのアプローチ、グリーンメトリクス、溶媒スクリーニングをカバー]
あなた: "これが触媒反応であることをどうやって証明すればいいですか?"
Claude: [水銀滴試験、ホットフィルトレーション、TONベンチマーク、非線形効果]
論文執筆
あなた: "これらの12のDOIをACS形式の参考文献にフォーマットして"
Claude: [ACSスタイルの番号付き参考文献リスト]
あなた: "Sonogashira反応の実験テンプレートをください"
Claude: [安全注意事項付きの空白入力式の手順]
あなた: "小分子論文のSIは何が必要ですか?"
Claude: [¹H/¹³C NMR、HRMS、融点、HPLC、フォーマットのヒントを含むチェックリスト]
あなた: "Angewに投稿しています — 要件は何ですか?"
Claude: [単語制限、要約形式、引用スタイル、グラフィカルアブストラクトの仕様]
⚙️ 設定
APIキーを追加する最も簡単な方法は次の通りです。
labmate-mcp --setup
これにより、各キーの入力が案内され、~/.labmate-mcp.env に保存されます。labmateを使用するたびに自動的に読み込まれます。
すべてのキーはオプションです。 81のツールのうち61は設定なしで動作します。
利用可能なAPIキー
エイリアス: S2_API_KEY、MP_API_KEY、RXN4CHEMISTRY_API_KEY も使用できます。
手動設定
キーを手動で設定する場合は、Claudeの設定に追加します。
{
"mcpServers": {
"labmate": {
"command": "labmate-mcp",
"env": {
"RXN_API_KEY": "your-rxn-key",
"ROWAN_API_KEY": "your-rowan-key",
"UNPAYWALL_EMAIL": "you@university.edu"
}
}
}
}
または、直接 ~/.labmate-mcp.env を作成します。
RXN_API_KEY=your-rxn-key
ROWAN_API_KEY=your-rowan-key
🗄️ 組み込みデータベース
以下のすべてがlabmateに含まれており、API呼び出しやインターネット接続は必要ありません。
| カテゴリ |
データベース |
エントリ数 |
内容 |
| ⚗️ |
有名反応 |
202 |
条件、反応機構の種類、適用範囲、制限 |
| 📋 |
反応開発チェックリスト |
30 の質問 |
反応速度論、反応機構、DoE、触媒、適用範囲、スケールアップ |
| 🛡️ |
保護基 |
30 |
OH / NH / C=O / COOH、安定性マトリックス |
| 🧴 |
溶媒 |
32 |
沸点、密度、極性指数、誘電率、混和性 |
| ❄️ |
冷却浴 |
24 |
−196 °Cから +100 °Cまでのレシピ |
| 🎨 |
TLC染色剤 |
13 |
官能基選択性、レシピ、手順 |
| 🧫 |
緩衝液レシピ |
20以上 |
特定のpHでの調製、温度補正 |
| 🧬 |
アミノ酸 |
20 |
pKa、pI、MW、疎水性、特別な注意事項 |
| 📻 |
NMR溶媒 |
12 |
残留¹H、¹³C、水ピーク、多重度 |
| 📝 |
実験テンプレート |
18 |
一般的な反応タイプの空白入力式 |
| 📰 |
ジャーナルガイド |
12 |
JACS、Angew、Nature Chem、JOC、Org Lettなど |
| 🔤 |
略語 |
193 |
7つのカテゴリにわたる標準略語 |
| 💡 |
実験室のヒント |
35 |
9つのカテゴリの実用的なヒント |
| ☣️ |
安全カード |
9 |
危険な試薬のプロトコル |
| 📄 |
SI要件 |
18 |
技術ごとのフォーマットと一般的なミス |
| 🎓 |
学位論文執筆 |
6 |
セクションごとのガイド |
202の全有名反応
Alder-Ene · Aldol · Appel · Arbuzov · Arndt-Eistert · Baeyer-Villiger · Balz-Schiemann · Bamford-Stevens · Barton Decarboxylation · Barton-McCombie · Baylis-Hillman · Beckmann · Biginelli · Birch · Bischler-Napieralski · Blanc Chloromethylation · Bouveault-Blanc · Brown Hydroboration · Buchner Ring Expansion · Buchwald-Hartwig (C–N) · Buchwald-Hartwig (C–O) · Burgess Dehydration · Cadiot-Chodkiewicz · Cannizzaro · Carroll · Catellani · CBS · Chan-Lam · Chichibabin · Claisen Condensation · Claisen Rearrangement · Clemmensen · Click (CuAAC) · Comins · Cope Elimination · Cope Rearrangement · Corey-Bakshi-Shibata · Corey-Chaykovsky · Corey-Fuchs · Corey-Kim · Corey-Nicolaou · Corey-Winter · Cross-Metathesis · Curtius · Dakin · Darzens · Dess-Martin · Dieckmann · Diels-Alder · Doering-LaFlamme · Enders SAMP/RAMP · Eschenmoser-Claisen · Eschenmoser-Tanabe Fragmentation · Eschweiler-Clarke · Evans Aldol · Favorskii · Ferrier · Finkelstein · Fischer Esterification · Fischer Indole · Fleming-Tamao · Friedel-Crafts Acylation · Friedel-Crafts Alkylation · Fries · Fukuyama · Gabriel · Gewald · Glaser · Grignard · Grubbs Metathesis · Hantzsch Pyridine · Heck · Henry · Hiyama · Hiyama-Denmark · Hofmann · Horner · Horner-Wadsworth-Emmons · IBX · Ireland-Claisen · Jacobsen Epoxidation · Jones · Julia-Lythgoe · Kharasch · Knoevenagel · Knorr Pyrrole · Koenigs-Knorr · Kolbe · Kulinkovich · Kumada · Lawesson · Lemieux-Johnson · Ley · Liebeskind-Srogl · Lossen · Luche · Malaprade · Mander Methylenation · Mannich · Matteson · Meerwein Arylation · Meerwein Reduction · Meerwein-Ponndorf-Verley · Meinwald · Michael · Midland · Minisci · Mitsunobu · Modified Julia · Mukaiyama Aldol · Myers · Negishi · Noyori · Nozaki-Hiyama-Kishi · Ohira-Bestmann · Olefin Metathesis · Oppenauer · Oppolzer Sultam · Overman · Oxy-Cope · Ozonolysis · Paal-Knorr · Parikh-Doering · Passerini · Paternò-Büchi · Pauson-Khand · Petasis · Peterson · Pfitzner-Moffatt · Piancatelli · Pictet-Spengler · Pinner · Pinnick · Polonovski · Prevost · Prins · Ramberg-Bäcklund · Reductive Amination · Reformatsky · Rieche · Riley · Ring-Closing Metathesis · Ritter · Robinson Annulation · Roskamp · Roush · Rubottom · Saegusa-Ito · Sakurai-Hosomi · Sandmeyer · Schmidt · Shapiro · Sharpless AD · Sharpless AE · Shi Epoxidation · Shiina · Simmons-Smith · Skraup · Sonogashira · Staudinger Ligation · Staudinger Reduction · Steglich · Stetter · Still-Gennari · Stille · Stork Enamine · Strecker · Suzuki · Suzuki-Miyaura · Swern · Takai · Tebbe · TEMPO · Tiffeneau-Demjanov · Transfer Hydrogenation · Trost AAA · Tsuji-Trost · Ugi · Ullmann · Upjohn · Van Leusen · Vilsmeier-Haack · Wacker · Weinreb Amide · Wharton · Williamson · Wittig · Wittig Rearrangement · Wohl-Ziegler · Wolff · Wolff-Kishner · Yamaguchi · Zincke Aldehyde
反応開発チェックリスト — 7つのセクション
Kerr, Jenkinson, Sheridan & Sparr, "Reaction Development: A Student's Checklist", Chem. Soc. Rev. 2025, DOI: 10.1039/D4CS01046A に基づいています。各セクションには、ガイディング質問、実行する具体的なチェック、および実用的なヒントが含まれています。
| セクション |
質問数 |
| 🔍 状況把握 |
5 |
| 📈 反応速度論と熱力学 |
6 |
| ⚙️ 反応機構 |
4 |
| 📊 最適化 |
3 |
| 🔄 触媒 |
4 |
| 🎯 適用範囲 |
3 |
| 🚀 応用 |
5 |
| 合計 |
30 |
🏗️ アーキテクチャ
labmate_mcp/
├── server.py 5,248 lines 81のMCPツール定義 + 応答フォーマット
├── bench.py 4,714 lines 計算機 + 参照データベース
├── apis.py 1,744 lines 25以上の科学APIのHTTPクライアント
├── writing.py 1,488 lines 引用、テンプレート、ジャーナルガイド、SI、学位論文
├── chemistry.py 572 lines 同位体パターン、CAS、単位、周期表、pH
├── peptide.py 384 lines p2smi + pichemist + pep-calc.comの統合
└── __init__.py 4 lines バージョン
──────────────
14,154 lines
🤝 コントリビューション
コントリビューションは歓迎されます!詳細については CONTRIBUTING.md を参照してください。
影響力の高い領域: より多くの有名反応、より多くの実験テンプレート、より多くのジャーナルガイド、テスト、およびバグレポート。
📄 ライセンス
MIT — 学術界と産業界で自由に使用できます。
📚 引用
もしlabmate-mcpがあなたの研究に役立った場合は、以下のツールを引用してください。
- 反応開発チェックリスト — Kerr, M. A.; Jenkinson, M. A.; Sheridan, H.; Sparr, C. Chem. Soc. Rev. 2025. doi:10.1039/D4CS01046A
- p2smi — Feller, A. JOSS 2025, 10, 8319. doi:10.21105/joss.08319
- pichemist — Trastoy, B. et al. J. Chem. Inf. Model. 2023. AstraZeneca/peptide-tools
- OpenAlex — Priem, J.; Piwowar, H.; Orr, R. arXiv:2205.01833 (2022)
Made with 🧪 for chemists who'd rather be in the lab than Googling.