Biomart MCP

🚀 Biomart MCP サーバー

モデルコンテキストプロトコル (MCP) は、アプリケーションが Anthropic の大規模言語モデル (LLM) にコンテキストを提供する方法を標準化するためのオープンプロトコルです。私たちは MCP Python ツールキット を使用して、pybiomart パッケージを介して Biomart とやり取りする MCP サーバーを作成しました。

Claude Desktop での MCP サーバーの実際の操作を示すデモビデオがあります。

🚀 クイックスタート

📦 インストール

リポジトリのクローン

git clone https://github.com/jzinno/biomart-mcp.git
cd biomart-mcp

Claude Desktop での実行

uv run --with mcp[cli] mcp install --with pybiomart biomart-mcp.py

Cursor での使用

Cursor の代理モードを通じて、OpenAI や DeepSeek などの他のモデルも MCP サーバーを利用できます。Cursor の設定で歯車アイコンをクリックし、MCP に移動してから、グローバル設定またはプロジェクト範囲で MCP サーバーを追加します。例えば、プロジェクトディレクトリに .cursor/mcp.json ファイルを作成します。

{
    "mcpServers": {
        "Biomart": {
            "command": "uv",
            "args": [
                "run",
                "--with",
                "mcp[cli]",
                "--with",
                "pybiomart",
                "mcp",
                "run",
                "/your/path/to/biomart-mcp.py"
            ]
        }
    }
}

Glama での使用

開発

# 仮想環境の作成
uv venv

# MacOS/Linux
source .venv/bin/activate

# Windows
.venv\Scripts\activate

uv sync # または uv add mcp[cli] pybiomart

# 開発モードでサーバーを実行
mcp dev biomart-mcp.py

✨ 主な機能

Biomart-MCP は、Biomart データベースとやり取りするためのさまざまなツールを提供します。

• データベースとサービスの発見：利用可能な Mart とデータセットをリストし、Biomart データベースの構造を探索します。
• 属性とフィルターの探索：特定のデータセットの一般的またはすべての利用可能な属性とフィルターを表示します。
• データの検索：特定の属性とフィルターを使用して Biomart から生物学的データを取得します。
• 識別子の変換：異なる生物学的識別子間で変換を行います（例えば、遺伝子シンボルを Ensembl ID に変換）。

🔧 開発に関する注意事項

プルリクエストは大歓迎です！開発に関するいくつかの注意点を以下に示します。

• ここでは @mcp.tool() のみを使用しています。これは、ドキュメントに記載されているように、MCP をサポートするクライアントとの互換性を最大化するためです。
• @lru_cache を使用して、計算量が多いまたは外部 API を呼び出す関数の結果をキャッシュしています。
• モデルのコンテキストウィンドウのサイズを超えないように注意する必要があります。例えば、コードブロックで適切な形式と簡潔さを維持します。

🚀 将来的な機能予定

• 属性サポートの拡張：より多くの生物医学関連属性のサポートを追加します。
• 高度なフィルター機能：高度なユーザーのニーズに対応するため、より複雑なクエリロジックを開発します。
• 結果の可視化：ユーザーが分析結果をよりよく理解できるように、データ可視化ツールを統合します。