Biomart MCP

🚀 Biomart MCP 服務器

模型上下文協議 (MCP) 是一個開放協議，它致力於標準化應用程序為 Anthropic 的大語言模型（LLM）提供上下文的方式。本項目藉助 MCP Python 工具包 搭建了一個 MCP 服務器，並通過 pybiomart 包實現與 Biomart 的交互。

這裡有一個簡短的演示視頻，能讓你直觀看到該 MCP 服務器在 Claude Desktop 中的實際操作。

🚀 快速開始

✨ 主要特性

Biomart-MCP 提供了多種工具與 Biomart 數據庫交互：

• 數據庫和服務發現：列出可用的 Mart 和數據集，探索 Biomart 數據庫結構。
• 屬性和過濾器探索：查看特定數據集的通用或所有可用屬性和過濾器。
• 數據檢索：使用特定屬性和過濾器查詢 Biomart 獲取生物數據。
• 標識符轉換：在不同生物標識符之間進行轉換（例如，將基因符號轉換為 Ensembl ID）。

📦 安裝指南

克隆倉庫

git clone https://github.com/jzinno/biomart-mcp.git
cd biomart-mcp

在 Claude Desktop 上運行

uv run --with mcp[cli] mcp install --with pybiomart biomart-mcp.py

在 Cursor 中使用

通過 Cursor 的代理模式，其他模型也可以利用 MCP 服務器，例如來自 OpenAI 或 DeepSeek。點擊 Cursor 設置中的齒輪圖標，導航到 MCP，然後在全局配置或項目範圍中添加 MCP 服務器。例如，在項目目錄下創建 .cursor/mcp.json 文件：

{
    "mcpServers": {
        "Biomart": {
            "command": "uv",
            "args": [
                "run",
                "--with",
                "mcp[cli]",
                "--with",
                "pybiomart",
                "mcp",
                "run",
                "/your/path/to/biomart-mcp.py"
            ]
        }
    }
}

在 Glama 中使用

開發

# 創建虛擬環境
uv venv

# MacOS/Linux
source .venv/bin/activate

# Windows
.venv\Scripts\activate

uv sync # 或 uv add mcp[cli] pybiomart

# 以開發模式運行服務器
mcp dev biomart-mcp.py

🔧 技術細節

貢獻

歡迎提交拉取請求！關於開發的一些注意事項：

• 我們僅在此處使用 @mcp.tool()，這是為了與支持 MCP 的客戶端最大化兼容，如 文檔 中所述。
• 我們使用 @lru_cache 來緩存那些計算量大或調用外部 API 的函數結果。
• 需要注意不要超出模型上下文窗口的大小，例如在代碼塊中保持適當的格式和簡潔。

未來可能的功能

• 擴展屬性支持：增加對更多生物醫學相關屬性的支持。
• 高級過濾功能：開發更復雜的查詢邏輯以滿足高級用戶需求。
• 結果可視化：集成數據可視化工具幫助用戶更好地理解分析結果。