Uniprot MCP Server

🚀 UniProt MCP サーバー

UniProtのタンパク質情報を提供するモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバーです。このサーバーを使用すると、AIアシスタントが直接UniProtからタンパク質の機能や配列情報を取得できます。

✨ 主な機能

• UniProtのアクセッション番号を使ってタンパク質情報を取得します。
• 複数のタンパク質情報を一括で検索できます。
• パフォーマンス向上のため、24時間の有効期限付きのキャッシュを備えています。
• エラー処理とログ記録機能があります。
• 以下の情報を含みます：
  • タンパク質名
  • 機能の説明
  • 完全配列
  • 配列長
  • 生物種

🚀 クイックスタート

1. Python 3.10以上がインストールされていることを確認してください。
2. このリポジトリをクローンします：

   git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

3. 依存関係をインストールします：

   # uvを使用する場合（推奨）
   uv pip install -r requirements.txt
   
   # またはpipを使用する場合
   pip install -r requirements.txt
   

📚 ドキュメント

設定

Claude Desktopの設定ファイルに追加します：

• Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Linux: ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
    }
  }
}

💻 使用例

基本的な使用法

Claude Desktopにサーバーを設定した後、以下のような質問をすることができます：

UniProtのアクセッション番号P98160のタンパク質情報を取得できますか？

高度な使用法

一括クエリの場合：

P04637とP02747の2つのUniProtアクセッション番号に対応するタンパク質情報を取得して比較できますか？

📚 ドキュメント

API リファレンス

ツール

1. get_protein_info
   • 単一のタンパク質情報を取得します。
   • 必須パラメータ：accession（UniProtアクセッション番号）
   • 応答例：

     {
       "accession": "P12345",
       "name": "タンパク質名",
       "function": "タンパク質の機能説明",
       "sequence": "MKTMDVLLMVLTALAVLYQRL...",
       "length": 1024,
       "species": "Homo sapiens"
     }
     

2. get_batch_proteins
   • 複数のタンパク質情報を一括で取得します。
   • 必須パラメータ：accessions（複数のアクセッション番号を含むリスト）
   • オプションパラメータ：include_sequence（配列を含むかどうか、デフォルトはtrue）

開発情報

リポジトリのクローン

git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
cd uniprot-mcp-server

依存関係のインストール

pip install -r requirements.txt

サーバーの起動

python server.py

🔧 技術詳細

• HTTPリクエストにhttpxを使用しています。
• OrderedDictに基づくキャッシュを実装しています。
• 並行リクエストを処理するためのマルチスレッドをサポートしています。
• 組み込みのエラー処理メカニズムがあります。

📚 ドキュメント

エラー処理

考えられるエラー

1. 無効なアクセッション番号
   • 400 Bad Requestを返します。
   • 応答例：

     {
       "error": "Invalid accession number"
     }
     

2. ネットワークエラー
   • 503 Service Unavailableを返します。
   • 応答例：

     {
       "error": "Network error occurred while fetching data"
     }
     

📚 ドキュメント

コントリビューションガイド

コントリビュートの方法

1. リポジトリをフォークします：git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
2. 機能ブランチを作成します：git checkout -b feature/your-feature-name
3. 変更をコミットします：git commit -m "あなたのコミットメッセージ"
4. リモートリポジトリにプッシュします：git push origin feature/your-feature-name
5. プルリクエストを送信します。

コード規約

• PEP8コーディング規約に従ってください。
• 意味のある変数名を使用してください。
• 詳細なコメントを追加してください。
• コードの読みやすさを確保してください。

📄 ライセンス

このプロジェクトはMITライセンスの下でライセンスされています。詳細については LICENSE ファイルをご覧ください。

👏 謝辞

• UniProtはタンパク質データAPIを提供してくれました。
• Anthropicはモデルコンテキストプロトコルの仕様を提供してくれました。
• このプロジェクトを改善するために貢献してくれたすべての人に感謝します。