Uniprot MCP Server

🚀 UniProt MCP 服務器

UniProt MCP 服務器是一個基於模型上下文協議（MCP）的工具，它允許 AI 助手直接從 UniProt 獲取蛋白質的功能和序列信息，為蛋白質相關研究和應用提供了便捷的數據獲取途徑。

🚀 快速開始

1. 確保您的系統安裝了 Python 3.10 或更高版本。
2. 克隆此倉庫：

   git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

3. 安裝依賴項：

   # 使用uv（推薦）
   uv pip install -r requirements.txt
   
   # 或使用pip
   pip install -r requirements.txt
   

✨ 主要特性

• 單蛋白信息獲取：可通過 UniProt 訪問ion號獲取單個蛋白質的詳細信息。
• 批量檢索功能：支持批量檢索多個蛋白質的信息，提高數據獲取效率。
• 緩存機制：帶有 24 小時過期時間的緩存，有效提高性能。
• 錯誤處理與日誌記錄：具備完善的錯誤處理和日誌記錄功能，保障系統穩定運行。
• 豐富信息提供：提供蛋白質名稱、功能描述、完整序列、序列長度和生物物種等信息。

📦 安裝指南

克隆倉庫

git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
cd uniprot-mcp-server

安裝依賴項

pip install -r requirements.txt

啟動服務器

python server.py

💻 使用示例

基礎用法

在配置服務器於 Claude Desktop 後，您可以提出以下問題：

能否獲取UniProt訪問ion號P98160的蛋白質信息？

高級用法

對於批量查詢，您可以這樣提問：

能否獲取並比較P04637和P02747兩個 UniProt 訪問ion號對應的蛋白質信息？

📚 詳細文檔

配置

添加到您的 Claude Desktop 配置文件中：

• Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Linux: ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
    }
  }
}

API 參考

工具

1. get_protein_info
   • 功能：獲取單個蛋白質的信息。
   • 必要參數：accession（UniProt 訪問ion號）。
   • 示例響應：

     {
       "accession": "P12345",
       "name": "蛋白質名稱",
       "function": "蛋白質功能描述",
       "sequence": "MKTMDVLLMVLTALAVLYQRL...",
       "length": 1024,
       "species": "Homo sapiens"
     }
     

2. get_batch_proteins
   • 功能：批量獲取多個蛋白質的信息。
   • 必要參數：accessions（包含多個訪問ion號的列表）。
   • 可選參數：include_sequence（是否包含序列，默認為 true）。

🔧 技術細節

• HTTP 請求：使用 httpx 進行 HTTP 請求。
• 緩存實現：基於 OrderedDict 實現緩存機制。
• 併發處理：支持多線程處理併發請求。
• 錯誤處理：內置完善的錯誤處理機制。

❌ 錯誤處理

可能的錯誤

1. 無效訪問ion號
   • 返回 400 Bad Request。
   • 示例響應：

     {
       "error": "Invalid accession number"
     }
     

2. 網絡錯誤
   • 返回 503 Service Unavailable。
   • 示例響應：

     {
       "error": "Network error occurred while fetching data"
     }
     

🤝 貢獻指南

如何貢獻

1. 叉倉庫：git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
2. 創建功能分支：git checkout -b feature/your-feature-name
3. 提交更改：git commit -m "你的提交信息"
4. 推送到遠程倉庫：git push origin feature/your-feature-name
5. 提交拉取請求

代碼規範

• 遵循 PEP8 編碼規範。
• 使用有意義的變量名。
• 添加詳細的註釋。
• 確保代碼可讀性。

📄 許可證

本項目 licensed under the MIT License - 請查看 LICENSE 文件以獲取詳細信息。

🙏 致謝

• UniProt 提供蛋白質數據 API。
• Anthropic 提供模型上下文協議規範。
• 所有貢獻者幫助改進此項目。