MCP Nextflow

🚀 次世代フロー開発ツール MCP

Nextflowの開発とテストのために設計されたモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバーで、FastMCPを使用して構築されています。

⚠️ 重要提示

このMCPはNextflow自身の開発用に設計されており、Nextflowパイプラインの作成には使用されません。

🚀 クイックスタート

このMCPはNextflow開発用のツールセットを提供します。以下のような機能があります。

• ソースコードからNextflowを構築する
• テスト（統合テスト、特定のテスト、プラグインテスト）を実行する
• 開発版のNextflowを実行する
• Nextflow開発ディレクトリを管理する
• Nextflowのドキュメントにアクセスする

📦 インストール

前提条件

• Claudeデスクトップアプリケーション
• Python 3.8以上（pip付き）
• ローカルにクローンしたNextflowのコードリポジトリ

Claude DesktopでFastMCPを使用してインストールする

1. FastMCP CLIツールをインストールします。

pip install fastmcp

2. このリポジトリをクローンします。

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git
cd nextflow-dev-mcp

3. Claude DesktopでMCPをインストールします。

fastmcp install mcp-nextflow.py

これにより、MCPがClaudeデスクトップアプリケーションで使用可能になります。

CursorでFastMCPを使用してインストールする

1. FastMCP CLIツールを含む仮想環境のパスを取得します。uvを使用している場合は、.venvディレクトリにあります。
2. クローンしたNextflowのコードリポジトリがあるディレクトリを取得します。
3. 以下のJSONをCursorのMCPサーバー設定に追加します。

{
    "mcpServers": {
        "server-name": {
            "command": "/path/to/your/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py"
            ],
            "env": {
                "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow"
            }
        }
    }
}

これで、CursorでこのMCPを使用できるはずです。Agenticモードでは、エージェントにmake test module=plugins:nf-amazonを実行するように指示して、nf-amazonプラグインをテストできます。

環境変数の設定

インストール時にNextflowディレクトリを指定することができます。

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

💻 使用例

Claudeでの使用方法

インストールが完了すると、ClaudeデスクトップアプリケーションでMCPにアクセスできます。

1. Claude Desktopを開きます。
2. Claudeのインターフェースでツールメニューボタンをクリックします。
3. インストールされたMCPのリストからNextflow Developer Toolsを選択します。

Cursorでの使用方法

Cursor はClaudeと連携するAI強化コードエディターです。CursorでMCPを使用するには、以下の手順に従います。

1. 上記の手順でMCPをインストールしていることを確認します。
2. CursorでNextflowプロジェクトを開きます。
3. Claudeとのチャットで、次のようにMCPを参照できます。

Nextflow開発ツールを使用してnf-amazonプラグインの統合テストを実行する