MCP Nextflow

🚀 下一代流程開發工具 MCP

MCP（模型上下文協議）服務器專為Nextflow的開發與測試而設計，藉助FastMCP構建而成。它為Nextflow開發提供了一系列實用工具，能顯著提升開發效率。

⚠️ 重要提示

該MCP是專門為Nextflow自身開發量身定製的，並非用於編寫Nextflow管道。

🚀 快速開始

MCP提供了一套用於Nextflow開發的工具，涵蓋從源代碼構建Nextflow、運行各類測試、運行開發版本的Nextflow、管理開發目錄以及訪問文檔等功能。

✨ 主要特性

• 從源代碼構建Nextflow
• 運行測試（集成測試、特定測試、插件測試）
• 運行開發版本的Nextflow
• 管理Nextflow開發目錄
• 訪問Nextflow文檔

📦 安裝指南

先決條件

• Claude桌面應用程序
• Python 3.8+及更高版本，帶pip
• 本地克隆的Nextflow代碼倉庫

使用FastMCP在Claude Desktop中安裝

1. 安裝FastMCP CLI工具：

pip install fastmcp

2. 克隆此倉庫：

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git
cd nextflow-dev-mcp

3. 在Claude Desktop中安裝MCP：

fastmcp install mcp-nextflow.py

這將使MCP在Claude桌面應用程序中可用。

使用FastMCP在Cursor中安裝

1. 獲取包含FastMCP CLI工具的虛擬環境路徑。如果使用uv，則位於.venv目錄。
2. 獲取您克隆的Nextflow代碼倉庫所在目錄。
3. 將以下JSON添加到Cursor的MCP服務器配置中：

{
    "mcpServers": {
        "server-name": {
            "command": "/path/to/your/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py"
            ],
            "env": {
                "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow"
            }
        }
    }
}

然後，您應該能夠在Cursor中使用該MCP。在Agentic模式下，告訴代理運行make test module=plugins:nf-amazon以測試nf - amazon插件。

設置環境變量

您可以在安裝期間指定Nextflow目錄：

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

💻 使用示例

在Claude中使用

一旦安裝，您可以在Claude桌面應用程序中訪問MCP：

1. 打開Claude Desktop
2. 點擊Claude界面中的工具菜單按鈕
3. 從已安裝的MCP列表中選擇Nextflow Developer Tools

在Cursor中使用

Cursor 是一個與Claude配合使用的AI增強代碼編輯器。要在Cursor中使用MCP：

1. 確保您已經按照上述步驟安裝了MCP
2. 在Cursor中打開您的Nextflow項目
3. 在與Claude的聊天中，您可以引用MCP：

使用Nextflow開發工具運行nf-amazon插件的集成測試