Samtools

🚀 SAMtools MCP（モデル制御プロトコル）

SAM/BAM/CRAMファイルを処理するために、SAMtoolsに提供される標準化されたインターフェース実装です。

🚀 クイックスタート

SAMtools MCPは、SAM/BAM/CRAMファイルを処理するための標準化されたインターフェースです。様々な機能を提供し、ファイルの閲覧、変換、ソート、インデックス作成などを行うことができます。

✨ 主な機能

機能一覧

• SAM/BAM/CRAMファイルの閲覧と変換
• アラインメントファイルのソート
• BAM/CRAMファイルのインデックス作成
• 統計情報の生成
• 複数のBAMファイルのマージ
• リード深度の計算
• FASTAファイルのインデックス作成
• その他多数の機能...

核心能力

• ファイル形式のサポート：SAM（テキスト）、BAM（バイナリ）、およびCRAM（圧縮）アラインメントファイルを処理
• 形式変換：SAM、BAM、およびCRAM形式間でのシームレスな変換
• 特定領域の分析：特定のゲノム領域を抽出して分析
• フラグフィルタリング：SAMフラグに基づくフィルタリング
• パフォーマンス最適化：ソートとマージに多スレッド操作を使用
• 統計分析：包括的なアラインメント統計情報の生成

ツール概要

📦 インストール

Dockerを使用したインストール

# SAMtoolsイメージのダウンロードと実行
docker pull samtools/gatk4:latest
docker run -it samtools/gatk4:latest

ローカルインストール

1. SAMtoolsダウンロードページにアクセスします。
2. システムに合ったバージョンを選択し、コンパイルしてインストールします。

📚 ドキュメント

Docker設定

{
    "version": "0.1",
    "services": {
        "samtools": {
            "image": "samtools/gatk4:latest",
            "container_name": "samtools-service",
            "restart": "always"
        }
    }
}

ローカル設定（例）

# 環境変数の設定
export PATH=/path/to/samtools:$PATH

# 設定ファイルの作成
touch ~/.config/samtools/config.json

💻 使用例

基本的な使用法

# アラインメントファイルの閲覧
samtools view -h input.bam | less

# アラインメントファイルのソート
samtools sort input.bam output.sorted

# ソート後のファイルのインデックス作成
samtools index output.sorted.bam

高度な使用法

# 複数のBAMファイルのマージ
samtools merge -f output.bam sample1.bam sample2.bam

# 特定領域のリード深度の計算
samtools depth -r chr1:1-1000000 merged.bam > depth.txt

🔧 貢献ガイド

貢献を歓迎します！いつでもPull Requestを送信してください。

📄 ライセンス

このプロジェクトはMITライセンスの下で提供されています。詳細については、LICENSEファイルを参照してください。