Samtools

🚀 SAMtools MCP（模型控制協議）

SAMtools MCP 是為 SAMtools 提供的標準化接口實現，主要用於處理 SAM/BAM/CRAM 文件，能極大提升文件處理的效率與便捷性。

🚀 快速開始

SAMtools MCP 提供了豐富的功能，可用於查看、轉換、排序、索引等各類文件操作。你可以根據自身需求，選擇合適的工具和命令進行操作。

✨ 主要特性

• 查看並轉換 SAM/BAM/CRAM 文件
• 排序比對文件
• 索引 BAM/CRAM 文件
• 生成統計信息
• 合併多個 BAM 文件
• 計算讀取深度
• 索引 FASTA 文件
• 以及其他更多功能...

核心能力

• 文件格式支持：能夠處理 SAM（文本）、BAM（二進制）和 CRAM（壓縮）比對文件。
• 格式轉換：可在 SAM、BAM 和 CRAM 格式之間實現無縫轉換。
• 區域特定分析：支持提取並分析特定基因組區域。
• 標誌位過濾：可根據 SAM 標誌位進行過濾操作。
• 性能優化：採用多線程操作用於排序和合並，提升處理效率。
• 統計分析：能生成全面的比對統計信息。

工具概覽

📦 安裝指南

使用 Docker 安裝

# 下載並運行SAMtools鏡像
docker pull samtools/gatk4:latest
docker run -it samtools/gatk4:latest

本地安裝

1. 訪問 SAMtools 下載頁面
2. 根據系統選擇對應版本進行編譯和安裝。

📚 詳細文檔

配置指南

Docker 配置

{
    "version": "0.1",
    "services": {
        "samtools": {
            "image": "samtools/gatk4:latest",
            "container_name": "samtools-service",
            "restart": "always"
        }
    }
}

本地配置（示例）

# 配置環境變量
export PATH=/path/to/samtools:$PATH

# 創建配置文件
touch ~/.config/samtools/config.json

💻 使用示例

基礎用法

# 查看比對文件
samtools view -h input.bam | less

# 排序比對文件
samtools sort input.bam output.sorted

# 索引排序後的文件
samtools index output.sorted.bam

高級用法

# 合併多個BAM文件
samtools merge -f output.bam sample1.bam sample2.bam

# 計算特定區域的讀取深度
samtools depth -r chr1:1-1000000 merged.bam > depth.txt

🤝 貢獻指南

歡迎貢獻！請隨時提交 Pull Request。

📄 許可證

本項目採用 MIT 許可證，詳細信息請查看 LICENSE 文件。