Uniprot

🚀 UniProt MCP サーバー

UniProtのタンパク質情報を提供するモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバーです。このサーバーを使用すると、AIアシスタントが直接UniProtからタンパク質の機能や配列情報を取得できます。

✨ 主な機能

• UniProtアクセッション番号を使ってタンパク質情報を取得する
• 複数のタンパク質情報を一括で検索する
• 性能向上のため、24時間の有効期限付きのキャッシュを備えている
• エラー処理とログ記録
• 提供される情報は以下の通り：
  • タンパク質名
  • 機能説明
  • 完全配列
  • 配列長
  • 生物種

🚀 クイックスタート

1. Python 3.10以上がインストールされていることを確認します。
2. このリポジトリをクローンします：

   git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

3. 依存関係をインストールします：

   # uvを使用する場合（推奨）
   uv pip install -r requirements.txt
   
   # またはpipを使用する場合
   pip install -r requirements.txt
   

📚 ドキュメント

Claude Desktopの設定ファイルに以下の内容を追加します：

• Windows：%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Linux：~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
    }
  }
}

💻 使用例

基本的な使用法

設定済みのClaude Desktopで、以下のような質問をすることができます：

UniProtアクセッション番号P98160のタンパク質情報を取得できますか？

高度な使用法

一括クエリの場合：

P04637とP02747の2つのUniProtアクセッション番号のタンパク質情報を取得し、比較できますか？

📚 ドキュメント

API リファレンス

ツール

1. get_protein_info

   • 単一のタンパク質情報を取得します。
   • 必須パラメータ：accession（UniProtアクセッション番号）
   • 応答例：

     {
       "accession": "P12345",
       "name": "Test Protein",
       "function": "This is a test protein function.",
       "sequence": "MSRSLLLRFLLFLLLLPPLP",
       "length": 20,
       "organism": "Homo sapiens"
     }
     

2. get_proteins_info

   • 複数のタンパク質情報を一括で取得します。
   • 必須パラメータ：accessions（UniProtアクセッション番号のリスト）
   • 応答例：

     [
       {
         "accession": "P12345",
         "name": "Test Protein 1",
         "function": "This is the function of test protein 1.",
         "sequence": "MSRSLLLRFLLFLLLLPPLP",
         "length": 20,
         "organism": "Homo sapiens"
       },
       {
         "accession": "QWERTY",
         "name": "Test Protein 2",
         "function": "This is the function of test protein 2.",
         "sequence": "MSRSLLLRFLLFLLLLPPLP",
         "length": 20,
         "organism": "Homo sapiens"
       }
     ]
     

📚 ドキュメント

開発

依存関係のインストール

pip install -r requirements.txt

サーバーの実行

python server.py

テスト

提供されているテストケースを使用してテストを行います：

pytest tests/

🔧 技術詳細

• Flaskを使用してWebインターフェースを構築しています。
• requestsライブラリを使用してAPIリクエストを処理しています。
• jsonライブラリを使用してJSONデータの解析と生成を行っています。

📚 ドキュメント

エラー処理

一般的なエラー

1. 無効なアクセッション番号

   • 提供されたUniProtアクセッション番号が存在しない場合、サーバーは404エラーを返します。

2. 一括リクエストに無効なアクセッション番号が含まれている

   • サーバーは無効なアクセッション番号を無視し、有効なタンパク質情報を返します。

コントリビューションガイド

コードの貢献方法

1. リポジトリをフォークします。
2. 機能ブランチを作成します。
3. 変更をコミットします。
4. リモートリポジトリにpushします。
5. pull requestを提出します。

問題の報告方法

• GitHubリポジトリにIssuesを提出してください。

📄 ライセンス

このプロジェクトはMITライセンスに準拠しています。詳細はLICENSEファイルを参照してください。

謝辞

• UniProtはタンパク質データAPIを提供しています。
• Anthropicはモデルコンテキストプロトコルの仕様を提供しています。
• このプロジェクトを改善するために貢献してくれたすべての方に感謝します。