Uniprot

🚀 UniProt MCP 服務器

UniProt MCP 服務器是一個基於模型上下文協議（MCP）的服務器，主要用於提供 UniProt 蛋白質信息。藉助該服務器，AI 助手能夠直接從 UniProt 獲取蛋白質的功能和序列信息，極大地提升了信息獲取的便利性。

🚀 快速開始

1. 確保安裝了 Python 3.10 或更高版本。
2. 克隆此倉庫：

   git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

3. 安裝依賴項：

   # 使用uv（推薦）
   uv pip install -r requirements.txt
   
   # 或使用pip
   pip install -r requirements.txt
   

✨ 主要特性

• 精準查詢：可通過 UniProt 訪問號精準獲取單個蛋白質的詳細信息。
• 批量檢索：支持批量檢索多個蛋白質的信息，提高查詢效率。
• 緩存機制：帶有 24 小時過期時間的緩存，有效提高性能。
• 穩定可靠：具備完善的錯誤處理和日誌記錄功能，保障系統穩定運行。
• 信息全面：提供的信息豐富，涵蓋蛋白質名稱、功能描述、完整序列、序列長度以及生物體等。

📦 安裝指南

克隆倉庫

git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
cd uniprot-mcp-server

安裝依賴

# 使用uv（推薦）
uv pip install -r requirements.txt

# 或使用pip
pip install -r requirements.txt

💻 使用示例

基礎用法

在配置好服務器的 Claude Desktop 中，您可以提出以下問題：

你能獲取 UniProt 訪問號 P98160 的蛋白質信息嗎？

高級用法

對於批量查詢：

你能並比較 P04637 和 P02747 兩個 UniProt 訪問號的蛋白質信息嗎？

📚 詳細文檔

配置

將以下內容添加到 Claude Desktop 配置文件中：

• Windows：%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Linux：~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
    }
  }
}

API 參考

工具

1. get_protein_info
   • 功能：獲取單個蛋白質的信息。
   • 必需參數：accession（UniProt 訪問號）
   • 示例響應：

     {
       "accession": "P12345",
       "name": "Test Protein",
       "function": "This is a test protein function.",
       "sequence": "MSRSLLLRFLLFLLLLPPLP",
       "length": 20,
       "organism": "Homo sapiens"
     }
     

2. get_proteins_info
   • 功能：批量獲取多個蛋白質的信息。
   • 必需參數：accessions（UniProt 訪問號的列表）
   • 示例響應：

     [
       {
         "accession": "P12345",
         "name": "Test Protein 1",
         "function": "This is the function of test protein 1.",
         "sequence": "MSRSLLLRFLLFLLLLPPLP",
         "length": 20,
         "organism": "Homo sapiens"
       },
       {
         "accession": "QWERTY",
         "name": "Test Protein 2",
         "function": "This is the function of test protein 2.",
         "sequence": "MSRSLLLRFLLFLLLLPPLP",
         "length": 20,
         "organism": "Homo sapiens"
       }
     ]
     

🔧 技術細節

• Web 界面：使用 Flask 構建，確保良好的用戶交互體驗。
• API 請求處理：藉助 requests 庫處理 API 請求，高效穩定。
• 數據解析與生成：使用 json 庫解析和生成 JSON 數據，便於數據的處理和傳輸。

錯誤處理

常見錯誤

1. 無效訪問號：如果提供的 UniProt 訪問號不存在，服務器將返回 404 錯誤。
2. 批量請求中包含無效訪問號：服務器將忽略無效的訪問號並返回有效的蛋白質信息。

貢獻指南

如何貢獻代碼

1. fork 倉庫
2. 創建功能分支
3. 提交更改
4. push 到遠程倉庫
5. 提交 pull request

如何報告問題

• 提交 Issues 到 GitHub 倉庫

📄 許可證

本項目遵守 MIT 許可證 - 詳細信息請參閱LICENSE文件。

致謝

• UniProt 提供蛋白質數據 API
• Anthropic 提供模型上下文協議規範
• 所有貢獻者幫助改進此項目