AACT Clinical Trials

🚀 AACT 臨床試験 MCP サーバー

AACT 臨床試験 MCP サーバーは、FastMCP フレームワークに基づくモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバーの実装です。このサーバーを通じて、AI アシスタントが ClinicalTrials.gov の総合分析データベース（AACT）から臨床試験データを直接クエリできます。

🚀 クイックスタート

このサーバーを使用することで、AI アシスタントは ClinicalTrials.gov のデータベースから臨床試験データを直接取得できます。まずは必要な環境変数を設定し、Semantic Kernel と連携することで、様々なクエリを実行できます。

✨ 主な機能

ツール

• list_tables
  • 利用可能なすべてのテーブルの概要を取得します。
  • 分析を行う前にデータベースの構造を把握するのに役立ちます。
• describe_table
  • 特定の AACT テーブルの詳細な構造を確認します。
  • 列名とデータ型を表示します。
  • 例：{"table_name": "studies"}
• read_query
  • AACT 臨床試験データベース上で SELECT クエリを実行します。
  • SQL クエリを安全に処理し、検証します。
  • 例：{"query": "SELECT nct_id, brief_title FROM ctgov.studies LIMIT 5"}
• append_insight
  • 分析過程で見つかった重要な洞察を記録します。
  • 分析の叙述を構築するのに役立ちます。
  • 例：{"finding": "過去 5 年間で、3 期の腫瘍学試験が 15% 増加しました。"}

リソース

• schema://database
  • データベーススキーマの JSON リソースを返します。
• memo://insights
  • セッション中に収集された洞察のフォーマットされたメモを返します。

📦 インストール

必要な環境変数

• DB_USER：あなたの AACT データベースのユーザー名
• DB_PASSWORD：あなたの AACT データベースのパスワード

💻 使用例

基本的な使用法

from semantic_kernel import Kernel
from semantic_kernel.connectors.mcp import MCPStdioPlugin

# AACT 臨床試験 MCP プラグインを作成します
aact_mcp = MCPStdioPlugin(
    name="aact",
    description="臨床試験データベースプラグイン",
    command="uvx",
    args=["mcp-server-aact"],
    env={
        "DB_USER": "あなたの_aact_ユーザー名", 
        "DB_PASSWORD": "あなたの_aact_パスワード"
    }
)

# Semantic Kernel に追加します
kernel = Kernel()
kernel.add_plugin(aact_mcp)

サンプルのプロンプト

以下は、このプラグインと一緒に使用するサンプルのプロンプトです。

1. 「乳がんの臨床試験で最も一般的な介入タイプは何ですか？」
2. 「2023 年に完了した 3 期の臨床試験はいくつありますか？」
3. 「各国の糖尿病試験の参加者統計を表示してください。」
4. 「過去 5 年間で、腫瘍学試験のうち結果が報告されたものは何パーセントですか？」

🔧 技術詳細

このサーバーは以下の技術を使用して構築されています。

• FastMCP：モデルコンテキストプロトコルの実装に使用
• Python psycopg2：PostgreSQL データベースへの接続に使用
• AACT データベース：ClinicalTrials.gov の情報のデータソースとして使用

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスの下で公開されています。

貢献

皆様からの貢献を歓迎します！以下の方法で貢献できます。

• GitHub 上で問題を開く
• 議論を開始する
• メール：jonas.walheim@navis-bio.com

謝辞

このプロジェクトは以下のプロジェクトに触発され、最初はそれらのコードに基づいています。

• SQLite MCP サーバー
• DuckDB MCP サーバー
• OpenDataMCP

これらの素晴らしいプロジェクトに感謝いたします！👏