Fhir MCP Server Medagentbench

🚀 fhir-mcp-server-medagentbench

PythonベースのMCP（MedAgentBench通信プロトコル）サーバーで、MedAgentBench環境向けに設計されています。このサーバーは、FHIR（Fast Healthcare Interoperability Resources）APIとの擬似的なやり取りを行います。

実際にFHIRサーバーにHTTPリクエストを送信する代わりに、MCPリクエスト内のFHIR操作をインターセプトし、そのリクエストのテキスト表現（例：GET https://fhir.example.com/Patient/123 や POST https://fhir.example.com/Observation\n{...}）を返します。これにより、リアルタイムのFHIRエンドポイントがなくてもMedAgentBenchエージェントをテストできます。

🚀 クイックスタート

このセクションでは、fhir-mcp-server-medagentbench の基本的な使い方を説明します。

インストール

まずは、Python >= 3.10 と Poetry がインストールされていることを確認してください。

poetry install

設定

サーバーを起動する前に、環境変数 FHIR_BASE_URL を設定する必要があります。このURLは、擬似的なリクエスト文字列を構築するために使用されます。

export FHIR_BASE_URL="https://your-fhir-server-base.com/fhir"
# またはローカルテスト用:
# export FHIR_BASE_URL="http://localhost:8080/fhir"

実行

設定が完了したら、インストールされたスクリプトを使用してサーバーを起動します。

fhir-mcp-server-medagentbench

サーバーは、標準入力/出力のMCPリクエストを待ち受けるようになります。

✨ 主な機能

• MCPプロセッサの実装:
  • list_resources: 利用可能な擬似リソース（現在は CapabilityStatement）をリストします。
  • read_resource: URIを介してFHIRリソースを読み取る擬似動作を行います。
  • list_tools: 利用可能なFHIR擬似ツールをリストします。
  • call_tool: FHIR操作の実行を擬似します:
    • search_fhir: FHIRリソースの検索を擬似します。
    • read_fhir: URIを介して特定のFHIRリソースを読み取る擬似動作を行います。
    • create_fhir_resource: 新しいFHIRリソースの作成を擬似します。
• mcp-server ライブラリを使用したMCP通信。
• Poetryを使用した設定とパッケージング。
• pytest と pytest-asyncio を使用した非同期ユニットテストを含みます。

📦 インストール

Python >= 3.10 と Poetry がインストールされていることを確認してください。

poetry install

📚 ドキュメント

設定

サーバーを起動する前に、環境変数 FHIR_BASE_URL を設定する必要があります。このURLは、擬似的なリクエスト文字列を構築するために使用されます。

export FHIR_BASE_URL="https://your-fhir-server-base.com/fhir"
# またはローカルテスト用:
# export FHIR_BASE_URL="http://localhost:8080/fhir"

使用方法

設定が完了したら、インストールされたスクリプトを使用してサーバーを起動します。

fhir-mcp-server-medagentbench

サーバーは、標準入力/出力のMCPリクエストを待ち受けるようになります。

開発

セットアップ

リポジトリをクローンし、依存関係（開発ツールを含む）をインストールします。

git clone https://github.com/MikeHolcomb/mcp-fhir-python-medagentbench.git
cd mcp-fhir-python-medagentbench
poetry install --with dev

コードフォーマットとスタイルチェック

このプロジェクトでは、pre-commit を使用してコードスタイル（black, isort）と問題のチェック（flake8, mypy）を行います。

# コミット時にすべてのチェックを実行（通常は自動で実行されます）
poetry run pre-commit run

# すべてのファイルに対してチェックを実行
poetry run pre-commit run --all-files

# またはツールを個別に実行
poetry run black .
poetry run isort .
poetry run flake8 src tests
poetry run mypy src

テスト

テストは tests/ ディレクトリにあり、pytest を使用して実行されます。

poetry run pytest

# カバレッジレポート付きでテストを実行
poetry run pytest --cov=src

テストには、非同期機能をサポートするために pytest-asyncio が必要です。

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスの下で公開されています。

貢献

コミュニティからの貢献を歓迎します！貢献方法については、プロジェクトリポジトリの CONTRIBUTING.md ファイルを参照してください。

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