Pubtator MCP Server Rgj

🚀 PubTator MCP Server 使用説明

PubTator MCP Serverは、以下のような核心的な機能を提供します。これらの機能を使うことで、出版物のエクスポートや生物概念の検索、関連エンティティの探索などが可能です。

✨ 主な機能

1. 出版物エクスポート（export_publications）

指定したPMID文献のPubTator注釈結果をエクスポートします。

result = await export_publications(
    ids=["32133824", "34170578"],
    id_type="pmid",
    format="biocjson",  # サポート形式: pubtator、biocxml、biocjson
    full_text=False     # 全文を含むかどうか
)

2. エンティティID検索（find_entity_id）

自由テキストを使って生物概念の標準識別子を検索します。

result = await find_entity_id(
    query="COVID-19",
    concept="disease",  # 選択可能: gene、disease、chemical、species、mutation
    limit=5             # 結果の数を制限（オプション）
)

3. 関連エンティティ検索（find_related_entities）

指定したエンティティに関連する他のエンティティを検索します。

result = await find_related_entities(
    entity_id="@DISEASE_COVID_19",
    relation_type="treat",    # 選択可能: treat、cause、interact など
    target_entity_type="chemical",  # 選択可能: gene、disease、chemical
    max_results=5       # 結果の数を制限（オプション）
)

4. 文献検索（search_pubtator）

PubTatorデータベースを検索します。

results = await search_pubtator(
    query="COVID-19",
    max_pages=1     # 取得する最大ページ数（オプション）
)

5. バッチエクスポート（batch_export_from_search）

文献を検索し、バッチで注釈をエクスポートします。

results = await batch_export_from_search(
    query="COVID-19",
    format="biocjson",
    max_pages=1,
    full_text=False,
    batch_size=5
)

⚠️ 重要提示

実際の関数呼び出しは具体的な実装によって異なる場合があります。これらの例は最近のテストに基づいており、実際の状況に合わせて調整する必要があるかもしれません。

🚀 クイックスタート

このサーバーの機能を使うには、上記のコードサンプルを参考にして、必要なパラメータを設定して関数を呼び出します。

📦 インストール

READMEにインストール手順に関する記載がありませんでしたので、このセクションは省略します。

💻 使用例

基本的な使用法

上記の各機能のコードサンプルを参考に、必要なパラメータを設定して関数を呼び出すことで、PubTator MCP Serverの機能を利用できます。

高度な使用法

高度なシナリオでは、複数の関数を組み合わせて使用することができます。例えば、文献検索で得た結果を使って、出版物エクスポートや関連エンティティ検索を行うことができます。

📚 ドキュメント

使用制限に関する情報は以下の通りです。

⚠️ 重要提示

• APIリクエストのレート制限は、最大で1秒あたり3回のリクエストです。
• バッチエクスポートを行う際は、適切なbatch_sizeを使用してタイムアウトを避けてください。
• 関係検索では、エンティティIDは "@" で始まる必要があります。例: "@DISEASE_COVID-19"

📄 ライセンス

本プロジェクトはMITライセンスの下でライセンスされています。

🔧 技術詳細

READMEに技術的な詳細に関する記載がありませんでしたので、このセクションは省略します。

💡 使用建议

• APIリクエストのレート制限に注意して、適切な間隔でリクエストを行ってください。
• バッチエクスポートを行う際は、適切なbatch_sizeを選択して、タイムアウトを避けてください。
• 関係検索を行う際は、エンティティIDが "@" で始まることを確認してください。