Pubtator MCP Server Rgj

🚀 PubTator MCP Server 使用說明

PubTator MCP Server 是一個強大的工具，可提供文獻註釋導出、實體 ID 查詢、關係查詢等功能，幫助用戶高效地處理生物醫學文獻數據。

🚀 快速開始

功能調用示例

PubTator MCP Server 提供了多種實用功能，以下是各功能的調用示例：

出版物導出（export_publications）

為指定的 PMID 文獻導出 PubTator 註釋結果：

result = await export_publications(
    ids=["32133824", "34170578"],
    id_type="pmid",
    format="biocjson",  # 支持：pubtator、biocxml、biocjson
    full_text=False     # 是否包含全文
)

實體 ID 查詢（find_entity_id）

通過自由文本查詢生物概念的標準標識符：

result = await find_entity_id(
    query="COVID-19",
    concept="disease",  # 可選：gene、disease、chemical、species、mutation
    limit=5             # 可選：限制結果數量
)

關係查詢（find_related_entities）

查找與指定實體相關的其他實體：

result = await find_related_entities(
    entity_id="@DISEASE_COVID_19",
    relation_type="treat",    # 可選：treat、cause、interact 等
    target_entity_type="chemical",  # 可選：gene、disease、chemical
    max_results=5       # 可選：限制結果數量
)

文獻搜索（search_pubtator）

搜索 PubTator 數據庫：

results = await search_pubtator(
    query="COVID-19",
    max_pages=1     # 可選：要獲取的最大頁面數
)

批量導出（batch_export_from_search）

搜索並批量導出文獻註釋：

results = await batch_export_from_search(
    query="COVID-19",
    format="biocjson",
    max_pages=1,
    full_text=False,
    batch_size=5
)

⚠️ 重要提示

實際函數調用可能因具體實現而有所不同。這些示例基於我們最近的測試，可能需要根據您的實際情況進行調整。

✨ 主要特性

• 出版物導出：能為指定的 PMID 文獻導出 PubTator 註釋結果。
• 實體 ID 查詢：可通過自由文本查詢生物概念的標準標識符。
• 關係查詢：查找與指定實體相關的其他實體。
• 文獻搜索：搜索 PubTator 數據庫。
• 批量導出：搜索並批量導出文獻註釋。

📦 安裝指南

文檔中未提及安裝步驟，故跳過此章節。

💻 使用示例

基礎用法

上述各功能的示例代碼展示了基礎的使用方法，可直接參考使用。

高級用法

目前文檔未提供高級用法示例，若有更多複雜場景需求，可根據基礎用法進行拓展。

📚 詳細文檔

使用限制

• API 請求速率限制：最多每秒 3 次請求。
• 批量導出時，請使用合理的 batch_size 避免超時。
• 關係查詢中，實體 ID 必須以 "@" 開頭，例如 "@DISEASE_COVID-19"。

📄 許可證

本項目根據 MIT 許可證授權。