Osdr MCP Server

このプロジェクトは、MCPエージェントをNASAのオープンサイエンスデータリポジトリ（OSDR）ツールと統合して、生物学的データの取得、分析、要約生成を実現する方法を示しています。

研究とデータ開発者ツール #データエージェント #生物学的分析 #NASA統合 #インテリジェント要約 .Python

スコア : 2ポイント

ダウンロード数 : 13

更新時間 : 2025-04-29

OSDR MCPサーバーとは？

NASAのオープンサイエンスデータリポジトリ（OSDR）とやり取りするための特殊なツールを提供するカスタムモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバーです。これにより、AIエージェントは標準化されたインターフェースを介して生物学的研究データにアクセスし、処理することができます。

どのように動作しますか？

システムは、MCPを介して通信するAIエージェントを使用してデータ操作を実行します。エージェントは、複数のツールを連鎖させて、研究の取得、RNAデータの分析、レポートの生成などの複雑なワークフローを完了することができます。

ユースケース

以下のことが必要な研究者やデータサイエンティストに最適です。 - NASAの生物学的データセットを迅速に探索する - データ分析パイプラインを自動化する - 科学的な発見の要約を生成する

主要な機能

OSDRメタデータツール生物種別などによるNASA OSDR研究メタデータの取得とフィルタリングのための特殊なツール

可視化ツール組み込みのRNAデータ分析と可視化機能

マルチエージェントワークフローデータタスクで協力する事前構成されたエージェントチーム

利点と欠点

利点

NASAの生物学的研究データへのアクセスを簡素化する

事前構築された分析パイプラインにより開発時間を節約する

柔軟なアーキテクチャでカスタムツールの統合をサポートする

制限事項

カスタマイズには基本的なPythonの知識が必要です

現在は生物学的データセットに焦点を当てています

OSDRの利用可能なデータに限定されます

始めるには

依存関係をインストールする

Pythonがインストールされていることを確認し、必要なパッケージをインストールします。

MCPサーバーを実行する

OSDRアクセスツールを提供するコアサービスを起動します。

エージェントを実行する

システムの動作を確認するために、サンプルエージェントの1つを実行します。

サンプルワークフロー

迅速な研究要約エージェントが研究メタデータを取得し、ツイート程度の長さの要約を生成します。

RNAデータ分析RNAシーケンシングデータをダウンロードして可視化するマルチエージェントワークフロー。

よくある質問

サンプルエージェントにはどのような違いがありますか？

独自の分析ツールを追加できますか？

どのLLMがサポートされていますか？

追加リソース

モデルコンテキストプロトコルドキュメント

公式のMCP仕様とドキュメント

NASA OSDR API

NASAの生物学的データセットへの直接アクセス

サンプルリポジトリ

これらのサンプルのソースコード

🚀 🧠 OSDR MCP サーバーとプロキシ

このリポジトリは、NASAのオープンサイエンスデータリポジトリ（OSDR）とやり取りするために、MCPプロキシをカスタムツールに統合する方法を示しています。Model Context Protocol (MCP) ワークフローを使用して生物データを分析および要約するサンプルプロキシも含まれています。

📦 含まれる内容

`osdr_mcp/`

OSDRデータとのやり取りを可能にするカスタムMCPサーバーです。以下のようなツールを提供します。

osdr_fetch_metadata：指定されたOSDRデータセットのメタデータを取得します。
osdr_find_by_organism：生物種に基づいて研究をフィルタリングします。
他のツール（例：RNA分析）は osdr_viz_tools にあります。

`first_example/`

2つの公式MCPサーバーを使用するシンプルなプロキシです。

mcp-server-fetch（ヘッドレスブラウザ）
mcp-server-filesystem

このプロキシは情報を収集し、ツイートサイズの要約を生成します。

`second_example/`

first_example と似ていますが、osdr_mcp/main_simple.py で定義されたカスタムMCPサーバーに接続します。OSDRメタデータ検索ツールなどの特定分野のツールを統合する方法を示しています。

`third_example/`

完全なマルチプロキシワークフローです。

取得プロキシ - OSD研究のメタデータを収集します。
定量分析プロキシ - RNAカウントデータをダウンロードし、棒グラフを作成します。
要約作成プロキシ - 分析の要約を含むMarkdownレポートを生成します。

以下のカスタムMCPサーバーを使用します。

osdr_data_fetch
osdr_viz_tools

⚙️ 設定

cp_agent.config.yaml ファイルで以下を制御します。

LLMバックエンド（例：Ollama、OpenAI）
MCPサーバーへの接続
ツールの可用性
システムプロンプト / メタデータ

🚀 クイックスタート

このリポジトリをクローンします。
依存関係をインストールします。
```
pip install -r requirements.txt
```
サンプルを実行します。
```
python first_example/main.py
```

または、直接MCPサーバーを起動します。

python osdr_mcp/main_simple.py

🧩 統合の説明

このアーキテクチャは柔軟性を提供するように設計されています。ドキュメントの質問応答、RAG検索、またはカスタム分析ツールを必要に応じて切り替えることができます。ユーザーインターフェイスの統合には、モード切り替えまたはUI切り替えを使用するのが理想的です。MilvusベースのRAGサポートは開発中です。