Liftover MCP Server

このプロジェクトは、Broad研究所のLiftoverツールに基づくMCPサービスインターフェースで、ゲノム座標変換機能を提供し、単一点、区間、変異、およびHGVS形式の変換をサポートします。

研究とデータ開発者ツール #ゲノム変換 #座標変換 #バイオインフォマティクス .Python

スコア : 2ポイント

ダウンロード数 : 7.5K

更新時間 : 2025-04-29

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Liftover MCPサービスとは？

Liftover MCPサービスは、異なるゲノムバージョン間で座標位置を変換するためのプログラムインターフェースです。Broad InstituteのLiftoverツールに基づいており、単一の位置、区間、変異、およびHGVS記法の変換を処理できます。

Liftover MCPサービスの使い方は？

MCPクライアントを設定してこのサービスに接続し、ゲノム位置と変換方向を含むリクエストを送信することができます。サービスは変換後の座標位置を返します。

適用シナリオ

異なるゲノムバージョン（例：hg19からhg38）間で遺伝子座標を変換する必要がある場合、このサービスは特に有用です。ゲノムデータ分析、変異注釈、および臨床ゲノミクス研究に適しています。

主要機能

単一点位置変換

単一のゲノム座標位置の変換をサポートします。

区間変換

ゲノム座標区間（開始と終了位置）の変換をサポートします。

変異変換

参照および変異対立遺伝子を含むゲノム変異の変換をサポートします。

HGVS記法変換

転写産物IDとHGVS記法に基づく変換をサポートします。

利点

Broad Instituteの信頼できるLiftoverツールに基づいています。

複数の入力形式（単一点、区間、変異、HGVS）をサポートします。

プログラムインターフェースにより、分析フローに容易に統合できます。

制限

現在開発段階であり、APIが変更される可能性があります。

Broad Instituteのネットワークサービスに依存しています。

バッチ変換はサポートされていません。

使い方

MCPクライアントを設定する

MCPクライアントの設定にLiftoverサーバーを追加します。

依存関係をインストールする

すべての必要なPython依存関係がインストールされていることを確認します。

サーバーを起動する

サーバープログラムを実行します。

使用例

ゲノム座標を変換する

hg19バージョンの8番染色体の141310715位置をhg38バージョンに変換します。

HGVS記法を変換する

hg19に基づくHGVS変異記法をhg38バージョンに変換します。

よくある質問

このサービスはバッチ変換をサポートしていますか？

どのゲノムバージョン間の変換がサポートされていますか？

ローカルのLiftoverツールチェーンをインストールする必要がありますか？

🚀 寿命延长MCPサーバー

このMCPサーバーは、Broad研究所のLiftoverツールに対するプログラムインターフェースを提供します。このツールは、liftover.broadinstitute.org を通じてアクセスできます。

🚀 クイックスタート

状態

🚧 積極的に開発中 🚧

このプロジェクトは現在、積極的に開発されています。機能やAPIは予告なく変更される可能性があります。

依存関係

uv
mcp[cli]
fastmcp
beautifulsoup4
selenium

ディレクトリ構造

+.
├── server.py            # FastMCPサーバーの主要なエントリーファイル
├── liftover_api/        # ツールのロジックとパーサーを含むPythonパッケージ
├── pyproject.toml       # プロジェクトのメタデータと依存関係
└── README.md           # 使用方法とドキュメント

設定と実行

MCPサーバーをあなたのMCPサーバーリストに追加する（Cursor）

{
    "mcpServers": {
      "liftover": {
        "command": "uv",
        "args": ["--directory", "あなたがリポジトリをクローンした場所", "run", "server.py"],
        "env": {}
      }
    }
}

MCPインスペクターを実行する

# 依存関係をインストールする
uv sync

# MCPインスペクターを実行する
uv --directory ./ run mcp dev server.py

MCPサーバーを実行する

# 依存関係をインストールする
uv sync

# MCPサーバーを実行する
uv run server.py

✨ 主な機能

MCPツール仕様

ツール名

liftover

入力パラメータの例

パラメータ	タイプ	必須かどうか	説明
chr	str	オプション	染色体名（例: "8" または "chr8"）
position	int	オプション	単一の位置（例: 141310715）
start	int	オプション	範囲の開始位置（例: 141310715）
end	int	オプション	範囲の終了位置（例: 141310720）
ref	str	オプション	参照対立遺伝子（例: "T"）
alt	str	オプション	代替対立遺伝子（例: "G"）
染色体名（例: "8" または "chr8"）	str	オプション	染色体名（例: "8" または "chr8"）
position	int	オプション	単一の位置（例: 141310715）
start	int	オプション	範囲の開始位置（例: 141310715）
end	int	オプション	範囲の終了位置（例: 141310720）
ref	str	オプション	参照対立遺伝子（例: "T"）
alt	str	オプション	代替対立遺伝子（例: "G"）