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Liftover MCP Server

該項目是基於Broad研究所Liftover工具的MCP服務接口,提供基因組座標轉換功能,支持單點、區間、變異和HGVS格式的轉換。
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什麼是Liftover MCP服務?

Liftover MCP服務是一個程序化接口,允許用戶在不同基因組版本之間轉換座標位置。它基於Broad Institute的Liftover工具,可以處理單個位置、區間、變異以及HGVS符號的轉換。

如何使用Liftover MCP服務?

您可以通過配置MCP客戶端連接到此服務,然後發送包含基因組位置和轉換方向的請求。服務將返回轉換後的座標位置。

適用場景

當您需要在不同基因組版本(如hg19到hg38)之間轉換基因座標時,此服務特別有用。適用於基因組數據分析、變異註釋和臨床基因組學研究。

主要功能

單點位置轉換支持轉換單個基因組座標位置
區間轉換支持轉換基因組座標區間(起始和結束位置)
變異轉換支持轉換包含參考和變異等位基因的基因組變異
HGVS符號轉換支持基於轉錄本ID和HGVS符號的轉換

優勢與侷限性

優勢
基於Broad Institute權威的Liftover工具
支持多種輸入格式(單點、區間、變異、HGVS)
程序化接口便於集成到分析流程中
侷限性
目前處於開發階段,API可能變更
依賴Broad Institute的網絡服務
不支持批量轉換

如何使用

配置MCP客戶端
在您的MCP客戶端配置中添加Liftover服務器
安裝依賴
確保已安裝所有必要的Python依賴
啟動服務器
運行服務器程序

使用案例

轉換基因組座標將hg19版本的8號染色體141310715位置轉換為hg38版本
轉換HGVS符號將基於hg19的HGVS變異符號轉換為hg38版本

常見問題

這個服務是否支持批量轉換?
支持哪些基因組版本之間的轉換?
是否需要安裝本地Liftover工具鏈?

相關資源

Broad Institute Liftover
原始Liftover工具網站
FastMCP GitHub倉庫
FastMCP項目主頁
Apache License 2.0
項目使用的許可證
安裝
複製以下命令到你的Client進行配置
{
    "mcpServers": {
      "liftover": {
        "command": "uv",
        "args": ["--directory", "where you cloned the repo", "run", "server.py"],
        "env": {}
      }
    }
}
注意:您的密鑰屬於敏感信息,請勿與任何人分享。
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