Uniprot MCP Server

🚀 UniProt MCP サーバー

UniProt MCP サーバーは、MCP（モデルコンテキストプロトコル）を利用して、言語モデルが UniProt データベースからタンパク質情報を取得できるようにするサーバーです。このサーバーは、Claude Desktop やその他の互換性のある AI アプリケーションと統合することができます。

✨ 主な機能

• UniProt 検索：名前、遺伝子、またはその他の基準でタンパク質を検索します。
• タンパク質詳細情報の取得：タンパク質に関する詳細情報を取得します。
• タンパク質配列の取得：アミノ酸配列を取得します。
• タンパク質機能の取得：機能注釈（GO 用語を含む）を取得します。
• タンパク質構造の取得：関連する PDB 構造を検索します。

📦 インストール

1. このリポジトリをクローンします：

   git clone https://github.com/yourusername/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

2. 仮想環境を作成します（オプションですが推奨）：

   python -m venv venv
   source venv/bin/activate  # Windowsの場合：venv\Scripts\activate
   

3. 依存関係をインストールします：

   pip install -r requirements.txt
   

Claude Desktop のローカル設定

1. サーバースクリプトを実行可能にします：

   chmod +x server.py
   

2. Claude Desktop がこの MCP サーバーを使用するように設定します：

   macOS/Linux の場合：

   code ~/Library/Application\ Support/Claude/claude_desktop_config.json
   

   Windows の場合：

   code $env:AppData\Claude\claude_desktop_config.json
   

3. 以下の設定を追加します（実際のファイル位置に合わせてパスを更新してください）：

   {
     "mcpServers": {
       "uniprot": {
         "command": "python",
         "args": [
           "/ABSOLUTE/PATH/TO/uniprot-mcp-server/server.py"
         ]
       }
     }
   }
   

4. Claude Desktop を再起動します。

💻 使用例

設定が完了したら、Claude に以下のような質問をすることができます：

• “アルツハイマー病に関連するタンパク質を探して”
• “タンパク質 P05067（アミロイド前駆体タンパク質）の配列を取得して”
• “TP53 タンパク質の機能は何ですか？”
• “BRCA1 タンパク質に既知の 3D 構造はありますか？”

📚 ドキュメント

開発

サーバーを直接実行してテストするには：

python server.py

テストツール

このプロジェクトには、機能を検証するための 2 つのテストツールが含まれています：

1. サーバーヘルスチェック

MCP サーバーが正常に起動し、エラーがないことを検証します：

python server_health_check.py

2. UniProt API テスト

UniProt API との接続性をテストし、すべての API 呼び出しが予期通りに動作することを検証します：

python test_server.py

サーバーを使用する前にこれらのテストを実行し、すべてが正しく設定されていることを確認してください。

📄 ライセンス

MIT

🔧 貢献

貢献を歓迎します！自由に Pull Request を送信してください！

1. リポジトリをフォークします。
2. 機能ブランチを作成します（git checkout -b feature/amazing-feature）。
3. 変更をコミットします（git commit -m 'Add some amazing feature'）。
4. ブランチにプッシュします（git push origin feature/amazing-feature）。
5. Pull Request を開きます。