Takumiy235 Uniprot MCP Server

🚀 UniProt MCP サーバー

このサーバーは、UniProtのタンパク質情報にアクセスするためのモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバーです。AIアシスタントがUniProtから直接タンパク質の機能や配列情報を取得できるようにします。

✨ 主な機能

• UniProtアクセッション番号を通じてタンパク質情報を取得する
• 複数のタンパク質情報を一括で検索する
• パフォーマンス向上のため、24時間の有効期限（24時間TTL）付きのキャッシュを備える
• エラー処理とログ記録を行う
• 提供される情報は以下の通り：
  • タンパク質名
  • 機能説明
  • 完全配列
  • 配列長
  • 生物種

🚀 クイックスタート

1. Python 3.10以上がインストールされていることを確認する
2. このリポジトリをクローンする：

   git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

3. 依存関係をインストールする：

   # uvを使用する場合（推奨）
   uv pip install -r requirements.txt
   
   # またはpipを使用する場合
   pip install -r requirements.txt
   

📚 ドキュメント

設定

以下のClaude Desktop設定ファイルに追加します：

• Windows：%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Linux：~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
    }
  }
}

💻 使用例

基本的な使用法

Claude Desktopにサーバーを設定した後、以下のような質問をすることができます：

UniProtアクセッション番号P98160のタンパク質情報を取得できますか？

高度な使用法

複数のタンパク質を一括で照会する場合は、以下のように質問します：

P04637とP02747の2つのタンパク質の情報を取得して比較できますか？

📚 ドキュメント

API リファレンス

ツール

1. get_protein_info

   • 単一のタンパク質情報を取得する
   • 必須パラメータ：accession（UniProtアクセッション番号）
   • 応答例：

     {
       "accession": "P12345",
       "protein_name": "示例蛋白名称",
       "function": ["機能説明"],
       "sequence": "MLTVX...",
       "length": 123,
       "organism": "Homo sapiens"
     }
     

2. get_batch_protein_info

   • 複数のタンパク質情報を取得する
   • 必須パラメータ：accessions（UniProtアクセッション番号の配列）
   • タンパク質情報オブジェクトの配列を返す

開発

開発環境の設定

1. リポジトリをクローンする
2. 仮想環境を作成する：

   python -m venv .venv
   ./.venv/bin/activate  # Windowsの場合は`.venv\Scripts\activate`を使用
   

3. 依存関係をインストールする：

   pip install -r requirements.txt
   

サーバーの起動

python server.py

🔧 技術詳細

• Flaskフレームワークを使用してWebインターフェースを構築する
• データキャッシュには簡易ファイルストレージを使用する
• RESTful APIインターフェースをサポートする

📚 ドキュメント

問題とフィードバック

問題が発生した場合や改善提案がある場合は、プロジェクトのメンテナに連絡してください。

以上の手順に従えば、UniProt MCPサーバーを簡単にデプロイしてタンパク質情報を取得することができます。