Takumiy235 Uniprot MCP Server

🚀 UniProt MCP 服務器

UniProt MCP 服務器是一個基於模型上下文協議（MCP）的工具，它為 AI 助手提供了直接從 UniProt 獲取蛋白質功能和序列信息的便捷途徑，極大地提升了獲取蛋白質信息的效率。

🚀 快速開始

1. 確保您的系統安裝了 Python 3.10 或更高版本。
2. 克隆此倉庫到本地：

   git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

3. 安裝項目所需的依賴項，您可以選擇以下任意一種方式：

   # 使用uv（推薦）
   uv pip install -r requirements.txt
   
   # 或使用pip
   pip install -r requirements.txt
   

✨ 主要特性

• 靈活的信息獲取：可通過 UniProt 訪問ion 號精準獲取單個蛋白質信息，也能批量檢索多個蛋白質的相關內容。
• 高效的緩存機制：採用帶有 24 小時過期時間（24 小時 TTL）的緩存，顯著提高服務器性能。
• 完善的錯誤處理：具備錯誤處理與日誌記錄功能，方便問題排查與系統維護。
• 豐富的信息提供：提供的信息涵蓋蛋白質名稱、功能描述、完整序列、序列長度以及生物物種等。

📦 安裝指南

配置文件添加

將以下配置添加到您的 Claude Desktop 配置文件中：

• Windows：%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Linux：~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "uv",
      "args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
    }
  }
}

💻 使用示例

基礎用法

在將服務器配置到 Claude Desktop 後，您可以提出如下問題來獲取單個蛋白質信息：

能否獲取 UniProt 訪問ion 號 P98160 的蛋白質信息？

高級用法

若您需要進行批量查詢，可提出類似問題：

能否獲取並比較 P04637 和 P02747 兩個蛋白質的信息？

📚 詳細文檔

API 參考

工具

1. get_protein_info

   • 功能：獲取單個蛋白質信息。
   • 必要參數：accession（UniProt 訪問ion 號）。
   • 示例響應：

     {
       "accession": "P12345",
       "protein_name": "示例蛋白名稱",
       "function": ["功能描述"],
       "sequence": "MLTVX...",
       "length": 123,
       "organism": "Homo sapiens"
     }
     

2. get_batch_protein_info

   • 功能：獲取多個蛋白質信息。
   • 必要參數：accessions（UniProt 訪問ion 號數組）。
   • 返回值：一個蛋白質信息對象數組。

🔧 技術細節

• Web 界面構建：使用 Flask 框架搭建服務器的 Web 界面，確保系統的穩定性和可擴展性。
• 數據緩存方式：數據緩存採用簡單文件存儲，有效提升數據讀取速度。
• API 接口類型：支持 RESTful API 接口，方便與其他系統進行集成。

問題與反饋

如您在使用過程中遇到任何問題或有改進建議，請及時聯繫項目維護人員。

通過以上步驟，您可以輕鬆部署並使用 UniProt MCP 服務器來獲取蛋白質信息。