Fhir MCP Server

🚀 FHIR MCP Server

FHIR MCP Server 實現了一個完整的模型上下文協議（MCP）服務器，旨在促進基於大語言模型（LLM）的代理與符合 FHIR 標準的後端之間的無縫交互。它提供了一個標準化接口，通過一套全面的工具實現對 FHIR 資源的完整 CRUD 操作，兼容 MCP 的客戶端（如 Claude Desktop）可通過自然語言提示查詢和操作臨床數據。

🚀 快速開始

前提條件

• Docker（推薦）或 uv：用於依賴管理。 👉 uv 安裝指南
• FHIR 服務器賬戶：具備訪問 FHIR API 的權限（例如 Medplum）。
• Pinecone API 密鑰（文檔搜索必需）：支持對處理後的文檔進行基於向量的搜索。若無此密鑰，語義檢索功能將無法使用。 👉 創建 Pinecone 賬戶
• LOINC 賬戶（可選）：可從官方 API 獲取最新的 LOINC 代碼。若無此賬戶，系統將依賴靜態或語言模型推斷的代碼，這些代碼可能過時或不準確。 👉 創建 LOINC 賬戶

安裝與設置

1. 克隆倉庫：

git clone https://github.com/the-momentum/fhir-mcp-server
cd fhir-mcp-server

2. 設置環境變量：

cp config/.env.example config/.env

編輯 config/.env 文件，填入你的憑證和配置。詳情見環境變量。 3. 安裝依賴

• 基於 Docker 執行：

make build

• 基於 uv 執行：

make uv

4. 更新 MCP 客戶端配置
   • Docker

{
    "mcpServers": {
        "docker-mcp-server": {
            "command": "docker",
            "args": [
                "run",
                "-i",
                "--rm",
                "--init",
                "--mount", // 可選 - 用於重新加載的卷
                "type=bind,source=<your-project-path>/app,target=/root_project/app", // 可選 - 用於重新加載的卷
                "--mount",
                "type=bind,source=<your-project-path>/config/.env,target=/root_project/config/.env",
                "mcp-server:latest"
            ]
        }
    }
}

確保將 <your-project-path> 替換為你實際的安裝路徑。

• uv 首先，從終端獲取 uv 路徑：
  • Windows：

(Get-Command uv).Path

   - MacOS/Linux：

which uv

 然後，更新配置文件：

{
    "mcpServers": {
        "uv-mcp-server": {
            "command": "uv",
            "args": [
                "run",
                "--frozen",
                "--directory",
                "<your-project-path>",
                "start"
            ],
            "env": {
                "PATH": "<uv-bin-folder-path>"
            }
        }
    }
}

確保將 <uv-bin-folder-path> 替換為實際的 uv 路徑（到 bin 文件夾）。 5. 重啟 MCP 客戶端 完成上述所有步驟後，重啟 MCP 客戶端以應用更改。在某些情況下，你可能需要使用任務管理器或系統的進程管理器終止所有相關進程。這可確保：

• 正確加載更新後的配置。
• 正確應用環境變量。
• FHIR MCP 客戶端以正確的設置初始化。

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✨ 主要特性

• 🚀 FastMCP 框架：基於 FastMCP 構建，具備高性能 MCP 服務器能力。
• 🏥 FHIR 資源管理：對所有主要 FHIR 資源進行完整的 CRUD 操作。
• 📄 智能文檔處理：由人工智能驅動，支持 TXT、CSV、JSON 和 PDF 等多種格式的文檔攝取和分塊。
• 🔍 語義搜索：使用向量嵌入（通過 Pinecone）進行高級文檔搜索。
• 🧠 支持 RAG：具備檢索增強生成（RAG）管道，支持上下文感知的文檔查詢。
• 🔐 安全認證：通過 OAuth2 令牌管理實現 FHIR API 集成。
• 📊 LOINC 集成：支持標準化醫學術語查找和驗證。
• 🐳 支持容器化：支持 Docker，便於部署和擴展。
• 🔧 可配置：基於 .env 文件提供廣泛的配置選項。

🏗️ 架構

服務器採用模塊化架構構建：

• MCP 工具：為選定的 FHIR 資源類型提供專用工具，其他資源由通用工具處理。
• Fhir 服務器客戶端：處理 FHIR API 通信和認證（OAuth2 等，更多認證方式計劃中）。
• RAG 服務：基於嵌入的文檔處理和語義檢索。
• 向量存儲：集成 Pinecone 實現基於相似度的搜索。
• LOINC 客戶端：與 LOINC API 集成，實現術語解析和驗證。

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💡 演示

此演示展示了 Claude 如何使用 fhir-mcp-server 與 FHIR 服務器（此處為 Medplum）通信以回答問題。你將看到：

• 使用 request_patient_resource 工具檢索患者基本信息。
• 使用 request_condition_resource 工具回答先前診斷的疾病是否會導致患者當前抱怨的症狀。
• 使用 request_medication_resource、request_encounter_resource 和 request_generic_resource 工具回答患者是否已接受高血壓治療。

你可以觀察到 Claude 如何根據用戶查詢自動選擇合適的工具來回答問題。

演示視頻鏈接

🔧 配置

環境變量

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🛠️ MCP 工具

FHIR MCP 服務器提供了一套全面的工具，用於與 FHIR 資源進行交互和文檔管理：

FHIR 資源工具

文檔管理工具

LOINC 術語工具

工具特性

• 全面的資源管理：所有 FHIR 資源工具支持創建、讀取、更新和刪除操作。
• 數據驗證：工具強制執行 FHIR 資源驗證，防止數據損壞。
• 錯誤處理：提供全面的錯誤響應，包含詳細的失敗信息。
• 安全保障：所有操作均支持 OAuth2 認證和適當的訪問控制。
• 語義搜索：使用向量嵌入實現人工智能驅動的文檔搜索。
• 多格式支持：文檔攝取支持 TXT、PDF、CSV 和 JSON 格式。

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🗺️ 路線圖

我們正在不斷為 FHIR MCP 服務器添加新功能。以下是即將推出的功能：

• [ ] 擴展認證選項：除了已支持的 OAuth2 之外，計劃添加對其他連接 FHIR 服務器的認證方法的支持。
• [ ] 擴展 RAG 文件格式支持：擴展文檔攝取功能，支持更多格式。
• [ ] 支持表格感知的文檔分塊：改進文檔分塊流程，檢測文檔中的表格並將其作為獨立的原子塊處理。
• [ ] 支持掃描文檔的 OCR：實現光學字符識別（OCR）功能，以便在分塊和索引之前從掃描的 PDF 和圖像文件中提取文本。

如果你有建議，歡迎與我們聯繫或直接貢獻代碼！

👥 貢獻者

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📄 許可證

本項目採用 MIT 許可證進行分發。詳情請參閱 MIT 許可證。