Surechembl MCP Server

🚀 非官方 SureChEMBL MCP 服務器

SureChEMBL MCP 服務器是一個全面的模型上下文協議（MCP）服務器，用於訪問 SureChEMBL 化學專利數據庫。該服務器提供了專利搜索、化學發現、結構分析和專利情報研究等工具，幫助用戶高效處理化學專利相關信息。

開發者：Augmented Nature

🚀 快速開始

SureChEMBL 是一個大規模的化學專利數據庫，可提供化學結構及其相關專利文檔的訪問服務。此 MCP 服務器能夠與 SureChEMBL 的 API 實現無縫集成，提供以下強大功能：

• 專利情報：搜索和分析化學專利。
• 化學發現：查找化合物及其專利覆蓋範圍。
• 現有技術研究：識別現有的化學披露信息。
• 競爭分析：跟蹤各公司的化學發展動態。
• 構效分析：將化學結構與專利權利要求進行關聯。

✨ 主要特性

🔍 文檔與專利搜索（4 種工具）

• search_patents：通過文本、關鍵詞或標識符搜索專利。
• get_document_content：獲取帶有化學註釋的完整專利文檔內容。
• get_patent_family：獲取專利家族成員及其關係。
• search_by_patent_number：通過特定的專利號搜索專利。

🧪 化學物質搜索與檢索（4 種工具）

• search_chemicals_by_name：通過名稱或同義詞搜索化學物質。
• get_chemical_by_id：通過 SureChEMBL ID 獲取詳細的化學物質信息。
• search_by_smiles：通過 SMILES 結構表示法搜索化學物質。
• search_by_inchi：通過 InChI/InChI 鍵搜索化學物質。

🖼️ 結構與可視化（2 種工具）

• get_chemical_image：生成化學結構圖像。
• get_chemical_properties：獲取分子性質和描述符。

📊 數據導出與分析（2 種工具）

• export_chemicals：批量導出化學數據（CSV/XML 格式）。
• analyze_patent_chemistry：分析專利中的化學內容。

🔬 高級分析工具（3 種工具）

• get_chemical_frequency：獲取化學物質在整個專利數據庫中的頻率統計信息。
• search_similar_structures：使用相似度搜索查找結構相似的化學物質。
• get_patent_statistics：獲取專利中化學內容的統計概述。

📚 資源模板

• surechembl://document/{doc_id}：專利文檔內容。
• surechembl://chemical/{chem_id}：化合物數據。
• surechembl://family/{patent_id}：專利家族信息。
• surechembl://search/{query}：搜索結果。

📦 安裝指南

前提條件

• Node.js 18+
• npm 或 yarn

安裝依賴

npm install

構建服務器

npm run build

開發模式

npm run watch

💻 使用示例

啟動服務器

npm start

在 Claude Desktop 中使用

將以下內容添加到你的 Claude Desktop 配置文件中： macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json Windows：%APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "surechembl-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/surechembl-server/build/index.js"]
    }
  }
}

在 MCP Inspector 中使用

npm run inspector

基礎用法

// 搜索與阿司匹林相關的化合物
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "search_chemicals_by_name",
  arguments: {
    name: "aspirin",
    limit: 10,
  },
});

高級用法

// 獲取帶有化學註釋的完整專利文檔
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "get_document_content",
  arguments: {
    document_id: "WO-2020096695-A1",
  },
});

// 從 SMILES 生成化學結構圖像
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "get_chemical_image",
  arguments: {
    structure: "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
    width: 300,
    height: 200,
  },
});

// 分析專利中的化學註釋
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "analyze_patent_chemistry",
  arguments: {
    document_id: "US-2021123456-A1",
  },
});

📚 詳細文檔

工具參考

文檔與專利搜索

search_patents

通過文本、關鍵詞或標識符搜索專利。 參數：

• query（字符串，必填）：搜索查詢內容。
• limit（數字，可選）：結果限制（1 - 1000，默認值：25）。
• offset（數字，可選）：結果偏移量（默認值：0）。

get_document_content

獲取帶有化學註釋的完整專利文檔內容。 參數：

• document_id（字符串，必填）：專利文檔 ID（例如，WO - 2020096695 - A1）。

get_patent_family

獲取專利家族成員及其關係。 參數：

• patent_id（字符串，必填）：用於查找家族成員的專利 ID。

search_by_patent_number

通過特定的專利號搜索專利。 參數：

• patent_number（字符串，必填）：專利號或公開號。

化學物質搜索與檢索

search_chemicals_by_name

通過名稱、同義詞或通用名搜索化學物質。 參數：

• name（字符串，必填）：化學物質名稱或同義詞。
• limit（數字，可選）：結果限制（1 - 1000，默認值：25）。

get_chemical_by_id

通過 SureChEMBL 化學物質 ID 獲取詳細的化學物質信息。 參數：

• chemical_id（字符串，必填）：SureChEMBL 化學物質 ID（數字）。

search_by_smiles

通過 SMILES 結構表示法搜索化學物質。 參數：

• smiles（字符串，必填）：SMILES 字符串。
• limit（數字，可選）：結果限制（1 - 1000，默認值：25）。

search_by_inchi

通過 InChI 或 InChI 鍵搜索化學物質。 參數：

• inchi（字符串，必填）：InChI 字符串或 InChI 鍵。
• limit（數字，可選）：結果限制（1 - 1000，默認值：25）。

結構與可視化

get_chemical_image

從 SMILES 或其他結構表示法生成化學結構圖像。 參數：

• structure（字符串，必填）：SMILES 字符串或結構表示法。
• height（數字，可選）：圖像高度（像素，默認值：200）。
• width（數字，可選）：圖像寬度（像素，默認值：200）。

get_chemical_properties

獲取化學物質的分子性質和描述符。 參數：

• chemical_id（字符串，必填）：SureChEMBL 化學物質 ID。

數據導出與分析

export_chemicals

以 CSV 或 XML 格式批量導出化學數據。 參數：

• chemical_ids（數組，必填）：SureChEMBL 化學物質 ID 數組（1 - 100）。
• output_type（字符串，可選）：導出格式 - 'csv' 或 'xml'（默認值：csv）。
• kind（字符串，可選）：ID 類型 - 'cid' 或 'smiles'（默認值：cid）。

analyze_patent_chemistry

分析專利文檔中的化學內容和註釋。 參數：

• document_id（字符串，必填）：要分析的專利文檔 ID。

高級分析工具

get_chemical_frequency

獲取化學物質在整個專利數據庫中的頻率統計信息。 參數：

• chemical_id（字符串，必填）：SureChEMBL 化學物質 ID。

search_similar_structures

使用相似度搜索查找結構相似的化學物質。 參數：

• reference_id（字符串，必填）：用於相似度搜索的參考化學物質 ID。
• threshold（數字，可選）：相似度閾值（0.0 - 1.0，默認值：0.7）。
• limit（數字，可選）：返回的結果數量（1 - 100，默認值：25）。

get_patent_statistics

獲取專利中化學內容的統計概述。 參數：

• document_id（字符串，必填）：用於統計的專利文檔 ID。
• include_annotations（布爾值，可選）：包括詳細的註釋統計信息（默認值：true）。

資源模板

文檔資源

surechembl://document/{doc_id}

訪問帶有化學註釋的完整專利文檔內容。

化學物質資源

surechembl://chemical/{chem_id}

訪問化合物信息和性質。

專利家族資源

surechembl://family/{patent_id}

訪問專利家族成員及其關係。

搜索資源

surechembl://search/{query}

訪問針對某個查詢的化學搜索結果。

🔧 技術細節

錯誤處理

服務器具備全面的錯誤處理機制，可處理以下情況：

• 無效的 API 參數。
• 網絡超時和連接問題。
• API 速率限制。
• 格式錯誤的化學結構。
• 缺失的文檔或化學物質。

所有錯誤都會返回描述性消息和適當的錯誤代碼。

速率限制

服務器遵循 SureChEMBL 的 API 速率限制：

• 複雜請求的 30 秒超時設置。
• 合理的請求間隔。
• 針對臨時故障的自動重試邏輯。

開發

項目結構

surechembl-server/
├── src/
│   └── index.ts          # 主服務器實現
├── build/                # 編譯後的 JavaScript
├── package.json          # 依賴項和腳本
├── tsconfig.json         # TypeScript 配置
└── README.md            # 本文件

可用腳本

• npm run build：將 TypeScript 編譯為 JavaScript。
• npm run watch：開發時的監聽模式。
• npm run inspector：運行 MCP 檢查器。
• npm start：啟動服務器。
• npm run dev：帶監聽功能的開發模式。

貢獻代碼

1. 分叉倉庫。
2. 創建功能分支。
3. 進行修改。
4. 如有必要，添加測試。
5. 提交拉取請求。

📄 許可證

本項目採用 MIT 許可證，詳情請參閱 LICENSE 文件。

支持

如有問題或疑問，請參考以下渠道：

• GitHub 問題：報告錯誤和提出功能請求
• 文檔：SureChEMBL API 文檔

相關項目

• ChEMBL MCP Server - ChEMBL 生物活性數據庫。
• PubChem MCP Server - PubChem 化學數據庫。
• UniProt MCP Server - UniProt 蛋白質數據庫。

引用

如果您在研究或出版物中使用了本項目，請按以下方式引用：

@misc{surechemblmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {SureChEMBL MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/SureChEMBL-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}

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SureChEMBL MCP 服務器 - 通過模型上下文協議助力化學專利情報工作。