ensembl-mcp-server - 非官方MCP工具，支持基因組數據多維度查詢與分析

探索

Ensembl MCP Server

非官方的Ensembl MCP服務器，提供基因組數據、比較基因組學和生物註釋的全面訪問接口，支持基因查詢、序列檢索、變異分析和跨物種比較等功能。

研究與數據開發者工具 #基因組數據 #基因查詢 #序列分析 #跨物種比較 .TypeScript

評分 : 2分

下載量 : 0

更新時間 : 2025-09-03

打開站點

🚀 非官方Ensembl MCP服務器

這是一個全面的模型上下文協議（MCP）服務器，可通過它訪問Ensembl REST API，獲取基因組數據、進行比較基因組學研究以及獲取生物註釋信息。

由增強自然開發

🚀 快速開始

本服務器通過標準化的MCP接口，讓用戶能夠無縫訪問Ensembl龐大的基因組數據庫。它支持在多個物種中進行基因查詢、序列檢索、變異分析、比較基因組學研究、調控特徵分析等諸多操作。

✨ 主要特性

基因與轉錄本信息

基因查詢：通過Ensembl ID或基因符號獲取詳細的基因信息。
轉錄本分析：檢索某個基因的所有轉錄本，並獲取其結構細節。
基因搜索：可按名稱、描述或標識符搜索基因，並支持過濾選項。

序列數據

基因組序列：提取任何基因組區域或特徵的DNA序列。
CDS序列：獲取特定轉錄本的編碼序列。
序列翻譯：將DNA序列翻譯成蛋白質序列。
重複序列屏蔽：支持硬屏蔽和軟屏蔽重複序列。

比較基因組學

同源基因檢測：查找不同物種間的直系同源和旁系同源基因。
系統發育樹：以多種格式生成基因家族樹。
跨物種分析：比較不同生物體的基因和基因組。

變異數據

變異檢索：獲取基因組區域內的遺傳變異。
後果預測：預測變異對基因和轉錄本的影響。
群體遺傳學：獲取等位基因頻率和群體數據。

調控特徵

調控元件：訪問增強子、啟動子和轉錄因子結合位點（TFBS）數據。
基序特徵：獲取轉錄因子結合基序。
細胞類型上下文：按細胞類型過濾調控特徵。

交叉引用與註釋

外部數據庫鏈接：獲取與PDB、EMBL、RefSeq等數據庫的交叉引用。
座標映射：在不同基因組組裝之間轉換座標。
本體術語：訪問GO術語和功能註釋。

物種與組裝信息

物種列表：瀏覽可用的物種和組裝。
組裝統計：獲取基因組組裝信息和統計數據。
核型數據：訪問染色體信息和帶型模式。

批量處理

批量基因查詢：同時處理多個基因。
批量序列獲取：高效檢索多個區域的序列。

📦 安裝指南

# 克隆或下載服務器文件
cd ensembl-server

# 安裝依賴
npm install

# 構建服務器
npm run build

💻 使用示例

與Claude Desktop配合使用

設置說明

構建服務器（如果尚未完成）：
```
npm run build
```
添加到Claude Desktop配置：
- 打開Claude Desktop。
- 轉到設置 → MCP服務器。
- 添加一個新服務器，設置如下：
  - 名稱：ensembl
  - 命令：node
  - 參數：/path/to/ensembl-server/build/index.js
重啟Claude Desktop 以加載服務器。

可用工具（共25個）

基因與轉錄本信息

lookup_gene - 通過穩定ID或符號獲取詳細的基因信息。
get_transcripts - 獲取某個基因的所有轉錄本，並獲取其詳細結構。
search_genes - 按名稱、描述或標識符搜索基因。

序列數據

get_sequence - 獲取基因組座標或基因/轉錄本ID對應的DNA序列。
get_cds_sequence - 獲取特定轉錄本的編碼序列（CDS）。
translate_sequence - 將DNA序列翻譯成蛋白質序列。

比較基因組學

get_homologs - 查找不同物種間的直系同源和旁系同源基因。
get_gene_tree - 獲取基因家族的系統發育樹。

變異數據

get_variants - 獲取基因組區域內的遺傳變異。
get_variant_consequences - 預測變異對基因和轉錄本的影響。

調控特徵

get_regulatory_features - 獲取基因組區域內的調控元件。
get_motif_features - 獲取基因組區域內的轉錄因子結合基序。

交叉引用與註釋

get_xrefs - 獲取基因的外部數據庫交叉引用。
map_coordinates - 在不同基因組組裝之間轉換座標。

物種與組裝信息

list_species - 獲取可用的物種和組裝列表。
get_assembly_info - 獲取基因組組裝信息和統計數據。
get_karyotype - 獲取染色體信息和核型。

批量處理

batch_gene_lookup - 同時查詢多個基因。
batch_sequence_fetch - 高效獲取多個區域或特徵的序列。

在Claude Desktop中的使用示例

連接成功後，您可以使用自然語言訪問基因組數據：

"查找BRCA2基因並獲取其序列"
"查找TP53在小鼠中的直系同源基因"
"獲取chr17:43044295 - 43125364區域內的變異"
"搜索與胰島素相關的基因"
"獲取人類基因組的組裝信息"
"將此DNA序列翻譯成蛋白質：ATGAAACGC..."

📚 詳細文檔

支持的物種

本服務器支持Ensembl中所有可用的物種，包括：

脊椎動物：人類、小鼠、大鼠、斑馬魚等。
植物：擬南芥、水稻、小麥等。
真菌：酵母等。
原生生物：各種原生生物物種。
後生動物：果蠅、秀麗隱杆線蟲等。若未指定，默認物種為 homo_sapiens。

輸入格式

基因組區域

chr1:1000000 - 2000000 - 標準格式
1:1000000 - 2000000 - 無 'chr' 前綴
ENSG00000139618 - 特徵ID

基因/轉錄本ID

Ensembl ID：ENSG00000139618，ENST00000380152
基因符號：BRCA2，TP53
RefSeq ID：NM_000059

輸出格式

主要格式

JSON：結構化數據（大多數工具的默認格式）
FASTA：序列數據
GFF：基因組特徵格式
VCF：變異調用格式

樹格式

JSON：結構化樹數據
Newick：標準系統發育格式
PhyloXML：豐富的系統發育格式

錯誤處理

本服務器提供全面的錯誤處理：

無效參數：清晰的驗證消息。
API錯誤：來自Ensembl的詳細錯誤信息。
網絡問題：處理超時和連接錯誤。
物種驗證：自動驗證物種名稱。

速率限制

本服務器遵守Ensembl的速率限制指南：

每秒最多15個請求。
批量操作之間有適當的延遲。
採用連接池以提高效率。

配置

環境變量

ENSEMBL_BASE_URL：覆蓋默認的API基礎URL。
REQUEST_TIMEOUT：設置自定義超時時間（默認：30000ms）。

物種配置

默認物種：homo_sapiens。
自動驗證物種。
支持所有Ensembl部門。

API覆蓋範圍

本服務器可訪問主要的Ensembl REST API端點：

查找與搜索

/lookup/id/{id} - 基因/轉錄本查找
/search - 基因搜索功能

序列

/sequence/id/{id} - 特徵序列
/sequence/region/{species}/{region} - 基因組序列

比較基因組學

/homology/id/{id} - 同源性數據
/genetree/id/{id} - 基因樹

變異

/variation/region/{species}/{region} - 變異數據
/vep/species/{species}/region - 變異效應預測

調控

/regulatory/species/{species}/region/{region} - 調控特徵
/regulatory/species/{species}/microarray/{region} - 基序特徵

交叉引用

/xrefs/id/{id} - 外部數據庫引用
/map/coords/{species}/{assembly}/{region} - 座標映射

信息

/info/species - 可用物種
/info/assembly/{species} - 組裝信息

支持

若遇到以下相關問題：

服務器功能：檢查服務器日誌和錯誤消息。
Ensembl數據：參考 Ensembl文檔。
API使用：查看 Ensembl REST API指南。

貢獻

歡迎貢獻代碼！請確保：

符合TypeScript規範。
提供全面的錯誤處理。
更新文檔。
為新功能提供測試覆蓋。

關於增強自然

此Ensembl MCP服務器由增強自然開發，該公司專注於構建用於科學研究和發現的人工智能工具。

引用

如果您在研究或出版物中使用了本項目，請按以下方式引用：

@misc{ensemblmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {Ensembl MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/Ensembl-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}