Surechembl MCP Server

🚀 非官方 SureChEMBL MCP 服務器

這是一個全面的模型上下文協議（MCP）服務器，用於訪問 SureChEMBL 化學專利數據庫。該服務器提供了專利搜索、化學發現、結構分析和專利情報研究等工具。

由 Augmented Nature 開發

🚀 快速開始

SureChEMBL 是一個大規模的化學專利數據庫，可提供化學結構及其相關專利文檔的訪問。此 MCP 服務器能夠與 SureChEMBL 的 API 實現無縫集成，提供強大的工具用於：

• 專利情報：搜索和分析化學專利
• 化學發現：查找化合物及其專利覆蓋範圍
• 現有技術研究：識別現有的化學公開信息
• 競爭分析：跟蹤各公司的化學發展情況
• 構效分析：將化學結構與專利權利要求相關聯

✨ 主要特性

🔍 文檔與專利搜索（4 種工具）

• search_patents - 按文本、關鍵詞或標識符搜索專利
• get_document_content - 獲取帶有化學註釋的完整專利文檔內容
• get_patent_family - 獲取專利族成員及其關係
• search_by_patent_number - 按特定專利號搜索

🧪 化學物質搜索與檢索（4 種工具）

• search_chemicals_by_name - 按名稱或同義詞搜索化學物質
• get_chemical_by_id - 按 SureChEMBL ID 獲取詳細的化學物質信息
• search_by_smiles - 按 SMILES 結構表示法搜索化學物質
• search_by_inchi - 按 InChI/InChI 鍵搜索化學物質

🖼️ 結構與可視化（2 種工具）

• get_chemical_image - 生成化學結構圖像
• get_chemical_properties - 獲取分子性質和描述符

📊 數據導出與分析（2 種工具）

• export_chemicals - 批量導出化學物質數據（CSV/XML 格式）
• analyze_patent_chemistry - 分析專利中的化學物質內容

🔬 高級分析工具（3 種工具）

• get_chemical_frequency - 獲取化學物質在整個專利數據庫中的頻率統計信息
• search_similar_structures - 使用相似性搜索查找結構相似的化學物質
• get_patent_statistics - 獲取專利中化學物質內容的統計概述

📚 資源模板

• surechembl://document/{doc_id} - 專利文檔內容
• surechembl://chemical/{chem_id} - 化合物數據
• surechembl://family/{patent_id} - 專利族信息
• surechembl://search/{query} - 搜索結果

📦 安裝指南

前提條件

• Node.js 18+
• npm 或 yarn

安裝依賴項

npm install

構建服務器

npm run build

開發模式

npm run watch

💻 使用示例

啟動服務器

npm start

在 Claude Desktop 中使用

將以下內容添加到你的 Claude Desktop 配置文件中： macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json Windows：%APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "surechembl-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/surechembl-server/build/index.js"]
    }
  }
}

在 MCP Inspector 中使用

npm run inspector

基礎用法

按名稱搜索化學物質

// 搜索與阿司匹林相關的化合物
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "search_chemicals_by_name",
  arguments: {
    name: "aspirin",
    limit: 10,
  },
});

獲取專利文檔內容

// 獲取帶有化學註釋的完整專利文檔
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "get_document_content",
  arguments: {
    document_id: "WO-2020096695-A1",
  },
});

生成化學結構圖像

// 根據 SMILES 生成結構圖像
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "get_chemical_image",
  arguments: {
    structure: "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
    width: 300,
    height: 200,
  },
});

分析專利中的化學物質

// 分析專利中的化學註釋
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "analyze_patent_chemistry",
  arguments: {
    document_id: "US-2021123456-A1",
  },
});

📚 詳細文檔

工具參考

文檔與專利搜索

search_patents

按文本、關鍵詞或標識符搜索專利。 參數：

• query（字符串，必需）：搜索查詢
• limit（數字，可選）：結果限制（1 - 1000，默認值：25）
• offset（數字，可選）：結果偏移量（默認值：0）

get_document_content

獲取帶有化學註釋的完整專利文檔內容。 參數：

• document_id（字符串，必需）：專利文檔 ID（例如，WO - 2020096695 - A1）

get_patent_family

獲取專利族成員及其關係。 參數：

• patent_id（字符串，必需）：用於查找族成員的專利 ID

search_by_patent_number

按特定專利號搜索專利。 參數：

• patent_number（字符串，必需）：專利號或公開號

化學物質搜索與檢索

search_chemicals_by_name

按名稱、同義詞或通用名搜索化學物質。 參數：

• name（字符串，必需）：化學物質名稱或同義詞
• limit（數字，可選）：結果限制（1 - 1000，默認值：25）

get_chemical_by_id

按 SureChEMBL 化學物質 ID 獲取詳細的化學物質信息。 參數：

• chemical_id（字符串，必需）：SureChEMBL 化學物質 ID（數字）

search_by_smiles

按 SMILES 結構表示法搜索化學物質。 參數：

• smiles（字符串，必需）：SMILES 字符串
• limit（數字，可選）：結果限制（1 - 1000，默認值：25）

search_by_inchi

按 InChI 或 InChI 鍵搜索化學物質。 參數：

• inchi（字符串，必需）：InChI 字符串或 InChI 鍵
• limit（數字，可選）：結果限制（1 - 1000，默認值：25）

結構與可視化

get_chemical_image

根據 SMILES 或其他結構表示法生成化學結構圖像。 參數：

• structure（字符串，必需）：SMILES 字符串或結構表示法
• height（數字，可選）：圖像高度（像素）（默認值：200）
• width（數字，可選）：圖像寬度（像素）（默認值：200）

get_chemical_properties

獲取化學物質的分子性質和描述符。 參數：

• chemical_id（字符串，必需）：SureChEMBL 化學物質 ID

數據導出與分析

export_chemicals

以 CSV 或 XML 格式批量導出化學物質數據。 參數：

• chemical_ids（數組，必需）：SureChEMBL 化學物質 ID 數組（1 - 100）
• output_type（字符串，可選）：導出格式 - 'csv' 或 'xml'（默認值：csv）
• kind（字符串，可選）：ID 類型 - 'cid' 或 'smiles'（默認值：cid）

analyze_patent_chemistry

分析專利文檔中的化學物質內容和註釋。 參數：

• document_id（字符串，必需）：要分析的專利文檔 ID

高級分析工具

get_chemical_frequency

獲取化學物質在整個專利數據庫中的頻率統計信息。 參數：

• chemical_id（字符串，必需）：SureChEMBL 化學物質 ID

search_similar_structures

使用相似性搜索查找結構相似的化學物質。 參數：

• reference_id（字符串，必需）：用於相似性搜索的參考化學物質 ID
• threshold（數字，可選）：相似性閾值（0.0 - 1.0，默認值：0.7）
• limit（數字，可選）：返回的結果數量（1 - 100，默認值：25）

get_patent_statistics

獲取專利中化學物質內容的統計概述。 參數：

• document_id（字符串，必需）：用於統計的專利文檔 ID
• include_annotations（布爾值，可選）：包括詳細的註釋統計信息（默認值：true）

資源模板

文檔資源

surechembl://document/{doc_id}

訪問帶有化學註釋的完整專利文檔內容。

化學物質資源

surechembl://chemical/{chem_id}

訪問化合物信息和性質。

專利族資源

surechembl://family/{patent_id}

訪問專利族成員及其關係。

搜索資源

surechembl://search/{query}

訪問查詢的化學搜索結果。

🔧 技術細節

錯誤處理

服務器包含全面的錯誤處理機制，用於處理以下情況：

• 無效的 API 參數
• 網絡超時和連接問題
• API 速率限制
• 格式錯誤的化學結構
• 缺失的文檔或化學物質

所有錯誤都會返回描述性消息和適當的錯誤代碼。

速率限制

服務器遵守 SureChEMBL 的 API 速率限制：

• 複雜請求的 30 秒超時
• 合理的請求間隔
• 針對臨時故障的自動重試邏輯

開發

項目結構

surechembl-server/
├── src/
│   └── index.ts          # 主服務器實現
├── build/                # 編譯後的 JavaScript
├── package.json          # 依賴項和腳本
├── tsconfig.json         # TypeScript 配置
└── README.md            # 本文件

可用腳本

• npm run build - 將 TypeScript 編譯為 JavaScript
• npm run watch - 開發模式下的監聽模式
• npm run inspector - 運行 MCP 檢查器
• npm start - 啟動服務器
• npm run dev - 帶監聽的開發模式

貢獻

1. 分叉倉庫
2. 創建功能分支
3. 進行更改
4. 如有必要添加測試
5. 提交拉取請求

📄 許可證

本項目採用 MIT 許可證 - 詳情請參閱 LICENSE 文件。

支持

如有問題和疑問：

• GitHub 問題：報告錯誤和提出功能請求
• 文檔：SureChEMBL API 文檔

相關項目

• ChEMBL MCP Server - ChEMBL 生物活性數據庫
• PubChem MCP Server - PubChem 化學數據庫
• UniProt MCP Server - UniProt 蛋白質數據庫

引用

如果您在研究或出版物中使用了本項目，請按以下方式引用：

@misc{surechemblmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {SureChEMBL MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/SureChEMBL-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}

SureChEMBL MCP 服務器 - 通過模型上下文協議賦能化學專利情報。