Orthanc MCP

🚀 Orthanc DICOM查詢與PDF提取API

本項目提供了一個模塊化的FastMCP服務器，用於查詢Orthanc DICOM服務器並從封裝的PDF報告中提取文本。

它提供了一套簡潔、結構化的工具，用於遍歷DICOM層級結構：

患者 → 檢查 → 序列 → 實例 → PDF提取

✨ 主要特性

• 🔍 按姓名、ID或出生日期查詢患者
• 📂 查詢患者的檢查信息（CT、MRI、X光等）
• 🌀 查詢檢查內的序列（階段、序列、重建）
• 📑 查詢序列內的實例（單個DICOM對象）
• 📖 從封裝的DICOM報告中提取PDF文本

所有工具都通過FastMCP暴露，可以通過編程方式或交互式方式使用。

📦 安裝指南

1. 克隆倉庫

git clone https://github.com/yourusername/orthanc-mcp.git
cd orthanc-mcp

2. 安裝依賴

python -m venv venv
venv\Scripts\Activate
pip install -r requirements.txt

3. 配置環境變量 創建一個 .env 文件：

ORTHANC_URL=http://localhost:8042
MCP_HOST=localhost
MCP_PORT=5050

🚀 快速開始

運行服務器：

python main.py

FastMCP服務器將啟動並暴露以下工具：

• query_patients
• query_studies
• query_series
• query_instances
• extract_pdf_text_from_dicom

📚 詳細文檔

🔄 工作流程

這些工具必須按照自上而下的順序調用，遵循DICOM層級結構：

1. 患者 → query_patients
2. 檢查 → query_studies(patient_id=...)
3. 序列 → query_series(study_id=...)
4. 實例 → query_instances(series_id=...)
5. PDF提取 → extract_pdf_text_from_dicom(instance_id=...)

📊 序列流程圖

flowchart TD
    A[query_patients] --> B[query_studies]
    B --> C[query_series]
    C --> D[query_instances]
    D --> E[extract_pdf_text_from_dicom]

此圖展示了訪問和提取PDF報告所需的層級導航。

📖 使用示例

from mcp.client import MCPClient

client = MCPClient("http://localhost:5050")

# 步驟1: 查找患者
patients = client.call("query_patients", {"name": "Smith"})
patient_id = patients[0]["PatientID"]

# 步驟2: 查找檢查
studies = client.call("query_studies", {"patient_id": patient_id})
study_id = studies[0]["OrthancStudyID"]

# 步驟3: 查找序列
series = client.call("query_series", {"study_id": study_id})
series_id = series[0]["OrthancSeriesID"]

# 步驟4: 查找實例
instances = client.call("query_instances", {"series_id": series_id})
instance_id = instances[0]["OrthancInstanceID"]

# 步驟5: 提取PDF文本
pdf_text = client.call(
    "extract_pdf_text_from_dicom",
    {"instance_id": instance_id}
)

print(pdf_text)

🔧 技術細節

🛠️ 依賴項

• FastMCP
• requests
• pydicom
• PyPDF2
• python-dotenv

📌 注意事項

• Orthanc必須正在運行，並且可以通過配置的 ORTHANC_URL 訪問。
• PDF提取僅適用於封裝的PDF SOP類： 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.104.1
• 如果PDF沒有文本層（例如掃描圖像），提取將返回警告或空結果。

🤝 貢獻說明

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👥 貢獻者

感謝以下為該項目做出貢獻的人員：

• Lady Shruti Gawade
• Lord Pranav Mahadik