Chemcp

🚀 ChemCP - 分子查看器MCP應用程序

ChemCP是一款基於MCP應用程序的工具，它藉助RDKit.js，能夠將SMILES符號轉換為交互式的2D分子結構示意圖。你只需向AI助手提出查看分子的需求，ChemCP就能直接在聊天界面中展示分子結構及其相關計算屬性。

✨ 主要特性

• 2D結構示意圖：可根據任意有效的SMILES字符串渲染出對應的2D結構示意圖。
• 分子屬性：提供多種分子屬性信息，如分子量、LogP值、氫鍵供體/受體數量、拓撲極性表面積（TPSA）、可旋轉鍵數量、環數量等。
• 交互式用戶界面：用戶無需離開對話界面，即可自行輸入SMILES字符串或點擊示例分子進行查看。
• 強大的技術支持：由RDKit提供技術支持（製藥和生物技術領域常用的化學信息學工具包）。

若你需要更多功能，可嘗試使用 ChemIllusion。

📦 安裝指南

前提條件

• Node.js 18+：可從此處下載。
• Claude Desktop（推薦）或 Claude.ai 付費計劃（Pro/Max/Team）：交互式分子查看器需要支持 MCP應用程序 的宿主環境。

⚠️ 重要提示

Claude Desktop 全面支持 MCP 應用程序。Claude.ai 的自定義連接器目前處於實驗階段，可能存在內容安全策略（CSP）限制，導致 RDKit.js 無法加載。若在 Claude.ai 中看到 “RDKit.js failed to load” 提示，請使用 Claude Desktop。

在Claude Desktop上的安裝步驟

Claude Desktop 支持本地 MCP 服務器，無需使用隧道或遠程託管。

步驟1：安裝ChemCP

npm install -g chemcp

驗證安裝是否成功：

chemcp --help

（安裝成功後，將在標準輸入輸出上啟動 MCP 服務器，你可以使用 Ctrl+C 停止它。）

步驟2：配置Claude Desktop

打開你的 Claude Desktop 配置文件：

在 mcpServers 部分添加 ChemCP：

{
  "mcpServers": {
    "chemcp": {
      "command": "npx",
      "args": ["chemcp"]
    }
  }
}

💡 使用建議

若你已配置其他 MCP 服務器，只需在現有的 "mcpServers" 對象中添加 "chemcp" 條目即可。

步驟3：重啟Claude Desktop

關閉並重新打開 Claude Desktop。你應該會在 MCP 工具列表中看到 ChemCP（點擊聊天輸入框底部的錘子圖標）。

步驟4：測試使用

在聊天框中輸入類似以下的消息：

• "Show me the molecule for aspirin"（顯示阿司匹林的分子結構）
• "Render the structure of caffeine"（渲染咖啡因的結構）
• "Display SMILES: CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"（顯示 SMILES 為 CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O 的分子結構）

Claude 將調用 render_molecule 工具，對話界面中將顯示交互式分子查看器，展示 2D 結構和分子屬性。

在Claude.ai（網頁版）上的安裝步驟（實驗性）

⚠️ 重要提示

Claude.ai 的自定義連接器對 MCP 應用程序的支持處於實驗階段，CSP 限制可能會導致 RDKit.js 無法加載。為獲得最佳體驗，請使用 Claude Desktop。

Claude.ai 通過 自定義連接器 支持遠程 MCP 服務器。這需要使用 Claude 的付費計劃（Pro、Max 或 Team）。

步驟1：安裝並啟動服務器

npm install -g chemcp

以 HTTP 模式啟動服務器：

chemcp --http

服務器將在 http://localhost:3001/mcp 上啟動。

步驟2：使用隧道公開服務器

在另一個終端中，為本地服務器創建一個公共隧道：

npx cloudflared tunnel --url http://localhost:3001

複製生成的 URL（例如，https://random-name.trycloudflare.com）。

步驟3：在Claude.ai中添加自定義連接器

1. 訪問 claude.ai
2. 點擊左下角的個人資料圖片
3. 進入 設置 > 連接器
4. 點擊 添加自定義連接器
5. 粘貼你的隧道 URL 並加上 /mcp（例如，https://random-name.trycloudflare.com/mcp）
6. 為連接器命名，如 "ChemCP"
7. 保存設置

步驟4：測試使用

開始一個新的聊天會話，向 Claude 詢問分子結構：

• "Show me the structure of ibuprofen"（顯示布洛芬的結構）
• "What does benzene look like? Render it for me"（苯是什麼樣子的？為我渲染出來）
• "Render SMILES: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C"（渲染 SMILES 為 CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C 的分子結構）

交互式分子查看器將直接在聊天界面中渲染。

💻 使用示例

示例提示

連接成功後，你可以嘗試以下提示：

示例SMILES

📚 詳細文檔

故障排除

"I don't see the molecule viewer, just text"（只看到文本，未看到分子查看器）

交互式用戶界面僅在支持 MCP 應用程序 的宿主環境中可用：

• Claude Desktop（最新版本）
• Claude.ai（網頁版，使用自定義連接器）

若你使用的是 Claude Code（命令行界面）或其他不支持 MCP 應用程序的 MCP 客戶端，該工具仍會以文本形式返回 SMILES 數據，但不會顯示可視化渲染結果。

"Tool not found" 或 ChemCP 未列出

• Claude Desktop：確保在編輯配置文件後重啟了應用程序，並檢查 npx chemcp 是否能在終端中正常運行。
• Claude.ai：確保隧道仍在運行，並且連接器 URL 以 /mcp 結尾。

"RDKit.js failed to load from CDN"（無法從 CDN 加載 RDKit.js）

• Claude.ai 自定義連接器：CSP 限制可能會導致在使用自定義連接器時無法加載 RDKit.js。解決方案：使用 Claude Desktop，它全面支持 MCP 應用程序。
• Claude Desktop：若 RDKit.js 加載失敗，通常是由以下原因導致的：
  • 無網絡連接（RDKit.js 從 unpkg.com 加載，約 8 MB）
  • 網絡防火牆阻止了 CDN 訪問
  • 首次加載超時 — 重新加載聊天會話並再次嘗試

Node.js 版本

ChemCP 需要 Node.js 18 或更高版本。你可以使用以下命令檢查版本：

node --version

開發者相關

本地開發

git clone https://github.com/scottmreed/ChemCP.git
cd ChemCP
npm install
npm run build
npm run serve:http    # HTTP 模式用於測試

項目結構

工作原理

1. Claude 調用 render_molecule 工具並傳入 SMILES 字符串。
2. 服務器將 SMILES 字符串返回給 MCP 應用程序 UI。
3. UI 在瀏覽器中加載 RDKit.js（WebAssembly）。
4. RDKit 解析 SMILES 字符串並渲染 2D SVG 結構示意圖。
5. 在客戶端計算分子描述符（分子量、LogP 值、TPSA 等）。
6. 所有內容將顯示在聊天界面的沙盒 iframe 中。

使用基本宿主進行測試

ext-apps 倉庫中包含一個用於 MCP 應用程序開發的測試宿主：

# 終端 1 — 以 HTTP 模式運行 ChemCP
npm run serve:http

# 終端 2 — 運行測試宿主
git clone https://github.com/modelcontextprotocol/ext-apps.git
cd ext-apps/examples/basic-host
npm install
SERVERS='["http://localhost:3001/mcp"]' npm start
# 打開 http://localhost:8080

📄 許可證

文檔中未提及相關許可證信息。

🔗 相關鏈接

• npm 包
• MCP 註冊表
• MCP 應用程序文檔
• RDKit.js
• ChemIllusion — 提供更復雜的分子交互功能