Geneontology MCP Server

🚀 非公式Gene Ontology MCPサーバー

このサーバーは、Gene Ontology (GO) データにアクセスするための包括的なモデルコンテキストプロトコルサーバーです。AIシステムがオントロジーベースの分析、遺伝子注釈研究、機能富化研究を行うことを可能にします。

✨ 主な機能

• 用語検索と参照：キーワード、名前、または定義でGO用語を検索します。
• オントロジーナビゲーション：用語間の階層関係を探索します。
• 遺伝子注釈：遺伝子やタンパク質のGO注釈にアクセスします。
• 検証：GO識別子を検証し、用語の存在を確認します。
• 統計情報：包括的なオントロジー統計とメタデータを取得します。

📦 インストール

npm install
npm run build

💻 使用例

基本的な使用法

{
  "mcpServers": {
    "go-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/go-server/build/index.js"]
    }
  }
}

高度な使用法

search_go_terms

キーワード、名前、または定義でGene Ontology用語を検索します。

{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 10
}

get_go_term

特定のGO用語の詳細情報を取得します。

{
  "id": "GO:0006915"
}

validate_go_id

GO識別子の形式を検証し、用語が存在するかどうかを確認します。

{
  "id": "GO:0008150"
}

get_ontology_stats

GOオントロジーに関する統計情報（用語数、最近の更新など）を取得します。

{
  "ontology": "all"
}

リソーステンプレート

• go://term/{id} - 完全なGO用語情報
• go://annotations/{gene} - 遺伝子注釈
• go://search/{query} - 検索結果
• go://hierarchy/{id} - 用語の階層関係

具体的な使用例

アポトーシス関連用語の検索

# search_go_termsツールを使用
{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 5,
  "include_obsolete": false
}

GO用語の詳細情報の取得

# get_go_termツールを使用
{
  "id": "GO:0006915"
}

GO識別子の検証

# validate_go_idツールを使用
{
  "id": "GO:0008150"
}

📚 詳細ドキュメント

データソース

このサーバーは以下のソースと統合されています。

• QuickGO API (https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/) - 主要なデータソース
• GO Consortium (https://geneontology.org/) - 公式Gene Ontology
• AmiGO (http://amigo.geneontology.org/) - 追加の閲覧インターフェース

エラーハンドリング

サーバーは以下のエラーに対する包括的なハンドリングを備えています。

• 無効なGO識別子
• 存在しない用語
• APIタイムアウト
• ネットワークエラー
• 不正なリクエスト

コントリビューション

1. リポジトリをフォークします。
2. 機能ブランチを作成します。
3. 変更を加えます。
4. 適用可能な場合はテストを追加します。
5. プルリクエストを送信します。

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、以下のように引用してください。

@misc{geneontologymcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {GeneOntology MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/GeneOntology-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}