Geneontology MCP Server

🚀 非官方基因本體論MCP服務器

這是一個全面的模型上下文協議（MCP）服務器，用於訪問基因本體論（GO）數據，能讓人工智能系統進行基於本體的分析、基因註釋研究和功能富集研究。

🚀 快速開始

本服務器可助力AI系統進行基於基因本體論的各類研究，使用前請完成安裝步驟，然後根據需求配置客戶端並調用相應工具。

✨ 主要特性

• 術語搜索與查詢：可通過關鍵詞、名稱或定義搜索基因本體論術語。
• 本體導航：探索術語之間的層次關係。
• 基因註釋：獲取基因和蛋白質的基因本體論註釋。
• 驗證功能：驗證基因本體論標識符，並檢查術語是否存在。
• 統計信息：獲取全面的本體統計數據和元數據。

📦 安裝指南

npm install
npm run build

💻 使用示例

作為MCP服務器使用

將以下內容添加到你的MCP客戶端配置中：

{
  "mcpServers": {
    "go-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/go-server/build/index.js"]
    }
  }
}

可用工具

search_go_terms

通過關鍵詞、名稱或定義搜索基因本體論術語。

{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 10
}

get_go_term

獲取特定基因本體論術語的詳細信息。

{
  "id": "GO:0006915"
}

validate_go_id

驗證基因本體論標識符的格式，並檢查術語是否存在。

{
  "id": "GO:0008150"
}

get_ontology_stats

獲取有關基因本體論的統計信息（術語數量、最近更新情況）。

{
  "ontology": "all"
}

資源模板

• go://term/{id} - 完整的基因本體論術語信息
• go://annotations/{gene} - 基因註釋
• go://search/{query} - 搜索結果
• go://hierarchy/{id} - 術語層次關係

基礎用法

搜索與凋亡相關的術語

# 使用search_go_terms工具
{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 5,
  "include_obsolete": false
}

獲取基因本體論術語的詳細信息

# 使用get_go_term工具
{
  "id": "GO:0006915"
}

驗證基因本體論標識符

# 使用validate_go_id工具
{
  "id": "GO:0008150"
}

📚 詳細文檔

數據源

本服務器集成了以下數據源：

• QuickGO API (https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/) - 主要數據源
• GO Consortium (https://geneontology.org/) - 官方基因本體論
• AmiGO (http://amigo.geneontology.org/) - 額外的瀏覽界面

錯誤處理

服務器包含全面的錯誤處理機制，可處理以下情況：

• 無效的基因本體論標識符
• 缺失的術語
• API超時
• 網絡錯誤
• 格式錯誤的請求

貢獻代碼

1. Fork此倉庫。
2. 創建一個功能分支。
3. 進行修改。
4. 如有必要，添加測試。
5. 提交拉取請求。

引用方式

如果您在研究或出版物中使用了本項目，請按以下方式引用：

@misc{geneontologymcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {GeneOntology MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/GeneOntology-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}