Geneontology MCP Server

🚀 非官方基因本体论MCP服务器

这是一个全面的模型上下文协议（MCP）服务器，用于访问基因本体论（GO）数据，能让人工智能系统进行基于本体的分析、基因注释研究和功能富集研究。

🚀 快速开始

本服务器可助力AI系统进行基于基因本体论的各类研究，使用前请完成安装步骤，然后根据需求配置客户端并调用相应工具。

✨ 主要特性

• 术语搜索与查询：可通过关键词、名称或定义搜索基因本体论术语。
• 本体导航：探索术语之间的层次关系。
• 基因注释：获取基因和蛋白质的基因本体论注释。
• 验证功能：验证基因本体论标识符，并检查术语是否存在。
• 统计信息：获取全面的本体统计数据和元数据。

📦 安装指南

npm install
npm run build

💻 使用示例

作为MCP服务器使用

将以下内容添加到你的MCP客户端配置中：

{
  "mcpServers": {
    "go-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/go-server/build/index.js"]
    }
  }
}

可用工具

search_go_terms

通过关键词、名称或定义搜索基因本体论术语。

{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 10
}

get_go_term

获取特定基因本体论术语的详细信息。

{
  "id": "GO:0006915"
}

validate_go_id

验证基因本体论标识符的格式，并检查术语是否存在。

{
  "id": "GO:0008150"
}

get_ontology_stats

获取有关基因本体论的统计信息（术语数量、最近更新情况）。

{
  "ontology": "all"
}

资源模板

• go://term/{id} - 完整的基因本体论术语信息
• go://annotations/{gene} - 基因注释
• go://search/{query} - 搜索结果
• go://hierarchy/{id} - 术语层次关系

基础用法

搜索与凋亡相关的术语

# 使用search_go_terms工具
{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 5,
  "include_obsolete": false
}

获取基因本体论术语的详细信息

# 使用get_go_term工具
{
  "id": "GO:0006915"
}

验证基因本体论标识符

# 使用validate_go_id工具
{
  "id": "GO:0008150"
}

📚 详细文档

数据源

本服务器集成了以下数据源：

• QuickGO API (https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/) - 主要数据源
• GO Consortium (https://geneontology.org/) - 官方基因本体论
• AmiGO (http://amigo.geneontology.org/) - 额外的浏览界面

错误处理

服务器包含全面的错误处理机制，可处理以下情况：

• 无效的基因本体论标识符
• 缺失的术语
• API超时
• 网络错误
• 格式错误的请求

贡献代码

1. Fork此仓库。
2. 创建一个功能分支。
3. 进行修改。
4. 如有必要，添加测试。
5. 提交拉取请求。

引用方式

如果您在研究或出版物中使用了本项目，请按以下方式引用：

@misc{geneontologymcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {GeneOntology MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/GeneOntology-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}