String Db MCP Server

🚀 非公式STRING MCPサーバー

STRINGタンパク質相互作用データベースにアクセスするための包括的なモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバーです。このサーバーは、STRING APIを通じて、タンパク質ネットワーク分析、機能エンリッチメント、比較ゲノミクスのための強力なツールを提供します。

✨ 主な機能

ツール（6つの包括的なツール）

• get_protein_interactions：特定のタンパク質の直接的な相互作用パートナーを、信頼度スコアと証拠の種類とともに取得します。
• get_interaction_network：複数のタンパク質のタンパク質相互作用ネットワークを構築し、分析します。
• get_functional_enrichment：GO用語、KEGG経路、その他の注釈を使用して機能エンリッチメント分析を実行します。
• get_protein_annotations：詳細なタンパク質注釈と機能情報を取得します。
• find_homologs：比較分析のために、異なる種をまたいで相同タンパク質を検索します。
• search_proteins：複数の種にわたって、名前または識別子でタンパク質を検索します。

リソース（6つのリソーステンプレート）

• string://network/{protein_ids}：指定されたタンパク質のタンパク質相互作用ネットワークデータ。
• string://enrichment/{protein_ids}：タンパク質セットの機能エンリッチメント分析結果。
• string://interactions/{protein_id}：特定のタンパク質の直接的な相互作用パートナー。
• string://homologs/{protein_id}：異なる種をまたいだ相同タンパク質。
• string://annotations/{protein_id}：詳細なタンパク質注釈と機能情報。
• string://species/{taxon_id}：種特異的なデータとタンパク質数。

📦 インストール

npm install
npm run build

💻 使用例

Claude Desktopでの使用

claude_desktop_config.jsonに以下を追加します。

{
  "mcpServers": {
    "string-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/string-server/build/index.js"]
    }
  }
}

クエリ例

1. タンパク質相互作用の検索

   Get interaction partners for insulin (INS) using get_protein_interactions
   

2. タンパク質ネットワークの構築

   Build an interaction network for insulin signaling proteins: INS, INSR, IRS1, AKT1 using get_interaction_network
   

3. 機能エンリッチメント分析

   Perform functional enrichment analysis on these diabetes-related proteins: INS, INSR, IRS1, GLUT4, AKT1
   

4. タンパク質相同体の検索

   Find homologs of human insulin (INS) in mouse and rat using find_homologs
   

5. タンパク質の検索

   Search for insulin-related proteins using search_proteins with query "insulin"
   

6. タンパク質注釈の取得

   Get detailed annotations for insulin receptor pathway proteins using get_protein_annotations
   

7. リソースへの直接アクセス

   Show me the resource string://network/INS,INSR,IRS1
   

📚 ドキュメント

API統合

このサーバーは、STRING Database API (https://string-db.org/) と統合されています。

• STRING REST API：タンパク質相互作用データ、注釈、相同性情報。
• 複数種のサポート：5000以上の生物がサポートされています。
• 証拠の種類：近接性、融合、共発生、共発現、実験、データベース、テキストマイニング。
• 信頼度スコア：各相互作用には0 - 1000の信頼度スコアが関連付けられています。

主要機能の詳細

タンパク質相互作用分析

• 直接的な相互作用：直接的な相互作用パートナーを見つけます。
• ネットワーク構築：包括的な相互作用ネットワークを構築します。
• 証拠の分類：7種類の相互作用証拠。
• 信頼度スコア：定量的な相互作用信頼度。

機能分析

• GOエンリッチメント：遺伝子オントロジー用語のエンリッチメント。
• KEGG経路：代謝およびシグナル伝達経路の分析。
• カスタムバックグラウンド：カスタムタンパク質セットをバックグラウンドとして使用します。
• 統計的有意性：P値とFDR補正。

比較ゲノミクス

• 種間分析：生物間で相同体を見つけます。
• 進化的関係：タンパク質の進化を分析します。
• 種フィルタリング：特定の分類群に焦点を当てます。
• 直向相同体の識別：直向相同体と並列相同体を区別します。

ネットワーク特性

• トポロジー分析：ネットワークの密度、クラスタリング、接続性。
• ハブの識別：高度に接続されたタンパク質を見つけます。
• モジュール検出：タンパク質複合体とモジュールを識別します。
• 経路分析：タンパク質間の最短経路を見つけます。

補完的なサーバー

このSTRINGサーバーは、以下のサーバーと良好に連携します。

• UniProt MCPサーバー：タンパク質配列と詳細な機能注釈。
• PDB MCPサーバー：タンパク質構造と構造分析。
• AlphaFold MCPサーバー：予測されたタンパク質構造。

これらを合わせることで、包括的なタンパク質分析が可能になります：配列 → 構造 → 相互作用 → 機能

データ品質と検証

• 精選されたデータ：STRINGは精選されたデータベースと計算予測を組み合わせています。
• 証拠の統合：確率的フレームワークを使用して複数の証拠の種類を統合します。
• 定期的な更新：データベースは新しい実験データで定期的に更新されます。
• 品質スコア：各相互作用には関連する信頼度スコアがあります。

エラーハンドリング

サーバーには、以下のエラーに対する堅牢なエラーハンドリングが含まれています。

• 無効なタンパク質識別子
• ネットワーク接続の問題
• APIのレート制限
• 種の検証
• パラメータの検証
• 不正なリクエスト

開発

# 依存関係のインストール
npm install

# サーバーのビルド
npm run build

# 開発モードで実行
npm run dev

著作権表示

このプロジェクトは Augmented Nature によって開発されています。 🌐 ウェブサイト: augmentednature.ai

STRINGデータベースについて：STRINGは、既知のおよび予測されたタンパク質 - タンパク質相互作用のデータベースです。相互作用には、直接的（物理的）および間接的（機能的）な関連性が含まれます。これらは、計算予測、生物間の知識転送、および他の（一次）データベースから集約された相互作用に由来します。

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、以下のように引用してください。

@misc{stringdbmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {STRING DB MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/STRING-db-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}