🚀 非官方STRING MCP服務器
這是一個用於訪問STRING蛋白質相互作用數據庫的綜合模型上下文協議(MCP)服務器。該服務器通過STRING API為蛋白質網絡分析、功能富集和比較基因組學提供了強大的工具。
✨ 主要特性
工具(6個綜合工具)
- get_protein_interactions:獲取特定蛋白質的直接相互作用夥伴,同時提供置信度分數和證據類型。
- get_interaction_network:為多個蛋白質構建並分析蛋白質相互作用網絡。
- get_functional_enrichment:使用GO術語、KEGG通路和其他註釋進行功能富集分析。
- get_protein_annotations:獲取詳細的蛋白質註釋和功能信息。
- find_homologs:跨不同物種查找同源蛋白質,以進行比較分析。
- search_proteins:按名稱或標識符跨多個物種搜索蛋白質。
資源(6個資源模板)
- string://network/{protein_ids}:指定蛋白質的蛋白質相互作用網絡數據。
- string://enrichment/{protein_ids}:蛋白質集的功能富集分析結果。
- string://interactions/{protein_id}:特定蛋白質的直接相互作用夥伴。
- string://homologs/{protein_id}:跨不同物種的同源蛋白質。
- string://annotations/{protein_id}:詳細的蛋白質註釋和功能信息。
- string://species/{taxon_id}:特定物種的數據和蛋白質計數。
📦 安裝指南
npm install
npm run build
💻 使用示例
搭配Claude Desktop使用
將以下內容添加到你的 claude_desktop_config.json 文件中:
{
"mcpServers": {
"string-server": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/string-server/build/index.js"]
}
}
}
示例查詢
- 查找蛋白質相互作用:
使用get_protein_interactions獲取胰島素(INS)的相互作用夥伴
- 構建蛋白質網絡:
使用get_interaction_network為胰島素信號蛋白(INS、INSR、IRS1、AKT1)構建相互作用網絡
- 功能富集分析:
對這些糖尿病相關蛋白質(INS、INSR、IRS1、GLUT4、AKT1)進行功能富集分析
- 查找蛋白質同源物:
使用find_homologs查找人類胰島素(INS)在小鼠和大鼠中的同源物
- 搜索蛋白質:
使用search_proteins以查詢詞 "insulin" 搜索與胰島素相關的蛋白質
- 獲取蛋白質註釋:
使用get_protein_annotations獲取胰島素受體通路蛋白質的詳細註釋
- 直接訪問資源:
顯示資源 string://network/INS,INSR,IRS1
🔧 技術細節
API集成
本服務器與 STRING數據庫API(https://string-db.org/)集成:
- STRING REST API:用於獲取蛋白質相互作用數據、註釋和同源信息。
- 多物種支持:支持超過5000種生物。
- 證據類型:包括鄰域、融合、共現、共表達、實驗、數據庫和文本挖掘。
- 置信度評分:相互作用的置信度分數範圍為0 - 1000。
關鍵特性
蛋白質相互作用分析
- 直接相互作用:查找直接的相互作用夥伴。
- 網絡構建:構建全面的相互作用網絡。
- 證據分類:7種相互作用證據類型。
- 置信度評分:定量的相互作用置信度。
功能分析
- GO富集:基因本體論術語富集。
- KEGG通路:代謝和信號通路分析。
- 自定義背景:使用自定義蛋白質集作為背景。
- 統計顯著性:P值和FDR校正。
比較基因組學
- 跨物種分析:跨生物查找同源物。
- 進化關係:分析蛋白質進化。
- 物種過濾:專注於特定的分類群。
- 直系同源物鑑定:區分直系同源物和旁系同源物。
網絡屬性
- 拓撲分析:網絡密度、聚類和連通性。
- 樞紐鑑定:查找高度連接的蛋白質。
- 模塊檢測:識別蛋白質複合物和模塊。
- 路徑分析:查找蛋白質之間的最短路徑。
互補服務器
此STRING服務器與以下服務器配合使用效果極佳:
- UniProt MCP服務器:用於獲取蛋白質序列和詳細的功能註釋。
- PDB MCP服務器:用於獲取蛋白質結構和結構分析。
- AlphaFold MCP服務器:用於獲取預測的蛋白質結構。
這些服務器共同提供了全面的蛋白質分析:序列 → 結構 → 相互作用 → 功能。
數據質量與驗證
- 精選數據:STRING將精選數據庫與計算預測相結合。
- 證據整合:使用概率框架整合多種證據類型。
- 定期更新:數據庫定期使用新的實驗數據進行更新。
- 質量評分:每個相互作用都有相關的置信度分數。
錯誤處理
服務器包含強大的錯誤處理機制,可處理以下情況:
- 無效的蛋白質標識符
- 網絡連接問題
- API速率限制
- 物種驗證
- 參數驗證
- 格式錯誤的請求
開發
npm install
npm run build
npm run dev
📄 許可證
歸屬
本項目由 Augmented Nature 開發。
🌐 網站:augmentednature.ai
關於STRING數據庫:STRING是一個已知和預測的蛋白質 - 蛋白質相互作用數據庫。這些相互作用包括直接(物理)和間接(功能)關聯;它們來自計算預測、生物之間的知識轉移以及從其他(主要)數據庫彙總的相互作用。
引用
如果您在研究或出版物中使用了本項目,請按以下方式引用:
@misc{stringdbmcp2025,
author = {Moudather Chelbi},
title = {STRING DB MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/STRING-db-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}