String Db MCP Server

🚀 非官方STRING MCP服務器

這是一個用於訪問STRING蛋白質相互作用數據庫的綜合模型上下文協議（MCP）服務器。該服務器通過STRING API為蛋白質網絡分析、功能富集和比較基因組學提供了強大的工具。

✨ 主要特性

工具（6個綜合工具）

• get_protein_interactions：獲取特定蛋白質的直接相互作用夥伴，同時提供置信度分數和證據類型。
• get_interaction_network：為多個蛋白質構建並分析蛋白質相互作用網絡。
• get_functional_enrichment：使用GO術語、KEGG通路和其他註釋進行功能富集分析。
• get_protein_annotations：獲取詳細的蛋白質註釋和功能信息。
• find_homologs：跨不同物種查找同源蛋白質，以進行比較分析。
• search_proteins：按名稱或標識符跨多個物種搜索蛋白質。

資源（6個資源模板）

• string://network/{protein_ids}：指定蛋白質的蛋白質相互作用網絡數據。
• string://enrichment/{protein_ids}：蛋白質集的功能富集分析結果。
• string://interactions/{protein_id}：特定蛋白質的直接相互作用夥伴。
• string://homologs/{protein_id}：跨不同物種的同源蛋白質。
• string://annotations/{protein_id}：詳細的蛋白質註釋和功能信息。
• string://species/{taxon_id}：特定物種的數據和蛋白質計數。

📦 安裝指南

npm install
npm run build

💻 使用示例

搭配Claude Desktop使用

將以下內容添加到你的 claude_desktop_config.json 文件中：

{
  "mcpServers": {
    "string-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/string-server/build/index.js"]
    }
  }
}

示例查詢

1. 查找蛋白質相互作用：

使用get_protein_interactions獲取胰島素（INS）的相互作用夥伴

2. 構建蛋白質網絡：

使用get_interaction_network為胰島素信號蛋白（INS、INSR、IRS1、AKT1）構建相互作用網絡

3. 功能富集分析：

對這些糖尿病相關蛋白質（INS、INSR、IRS1、GLUT4、AKT1）進行功能富集分析

4. 查找蛋白質同源物：

使用find_homologs查找人類胰島素（INS）在小鼠和大鼠中的同源物

5. 搜索蛋白質：

使用search_proteins以查詢詞 "insulin" 搜索與胰島素相關的蛋白質

6. 獲取蛋白質註釋：

使用get_protein_annotations獲取胰島素受體通路蛋白質的詳細註釋

7. 直接訪問資源：

顯示資源 string://network/INS,INSR,IRS1

🔧 技術細節

API集成

本服務器與 STRING數據庫API（https://string-db.org/）集成：

• STRING REST API：用於獲取蛋白質相互作用數據、註釋和同源信息。
• 多物種支持：支持超過5000種生物。
• 證據類型：包括鄰域、融合、共現、共表達、實驗、數據庫和文本挖掘。
• 置信度評分：相互作用的置信度分數範圍為0 - 1000。

關鍵特性

蛋白質相互作用分析

• 直接相互作用：查找直接的相互作用夥伴。
• 網絡構建：構建全面的相互作用網絡。
• 證據分類：7種相互作用證據類型。
• 置信度評分：定量的相互作用置信度。

功能分析

• GO富集：基因本體論術語富集。
• KEGG通路：代謝和信號通路分析。
• 自定義背景：使用自定義蛋白質集作為背景。
• 統計顯著性：P值和FDR校正。

比較基因組學

• 跨物種分析：跨生物查找同源物。
• 進化關係：分析蛋白質進化。
• 物種過濾：專注於特定的分類群。
• 直系同源物鑑定：區分直系同源物和旁系同源物。

網絡屬性

• 拓撲分析：網絡密度、聚類和連通性。
• 樞紐鑑定：查找高度連接的蛋白質。
• 模塊檢測：識別蛋白質複合物和模塊。
• 路徑分析：查找蛋白質之間的最短路徑。

互補服務器

此STRING服務器與以下服務器配合使用效果極佳：

• UniProt MCP服務器：用於獲取蛋白質序列和詳細的功能註釋。
• PDB MCP服務器：用於獲取蛋白質結構和結構分析。
• AlphaFold MCP服務器：用於獲取預測的蛋白質結構。 這些服務器共同提供了全面的蛋白質分析：序列 → 結構 → 相互作用 → 功能。

數據質量與驗證

• 精選數據：STRING將精選數據庫與計算預測相結合。
• 證據整合：使用概率框架整合多種證據類型。
• 定期更新：數據庫定期使用新的實驗數據進行更新。
• 質量評分：每個相互作用都有相關的置信度分數。

錯誤處理

服務器包含強大的錯誤處理機制，可處理以下情況：

• 無效的蛋白質標識符
• 網絡連接問題
• API速率限制
• 物種驗證
• 參數驗證
• 格式錯誤的請求

開發

# 安裝依賴
npm install

# 構建服務器
npm run build

# 在開發模式下運行
npm run dev

📄 許可證

歸屬

本項目由 Augmented Nature 開發。 🌐 網站：augmentednature.ai

關於STRING數據庫：STRING是一個已知和預測的蛋白質 - 蛋白質相互作用數據庫。這些相互作用包括直接（物理）和間接（功能）關聯；它們來自計算預測、生物之間的知識轉移以及從其他（主要）數據庫彙總的相互作用。

引用

如果您在研究或出版物中使用了本項目，請按以下方式引用：

@misc{stringdbmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {STRING DB MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/STRING-db-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}