Proteinatlas MCP Server

🚀 非公式ヒトタンパク質アトラスMCPサーバー

ヒトタンパク質アトラスのデータにアクセスするための包括的なモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバーです。タンパク質の発現、細胞内局在、病理学などの情報を提供します。

🚀 クイックスタート

非公式ヒトタンパク質アトラスMCPサーバーを使用すると、ヒトタンパク質アトラス（https://www.proteinatlas.org）の膨大なタンパク質データリポジトリにシームレスにアクセスできます。このサーバーは、以下のようなツールとリソースを提供します。

インストール

前提条件

• Node.js 18以上
• npmまたはyarnパッケージマネージャー

セットアップ

1. サーバーコードをクローンまたはダウンロードします。
2. 依存関係をインストールします。

cd proteinatlas-server
npm install

3. サーバーをビルドします。

npm run build

4. サーバーが使用可能になりました！

使い方

コマンドライン

サーバーを直接実行します。

npm start
# または
node build/index.js

MCPクライアント統合

MCPクライアント構成に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "proteinatlas": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/proteinatlas-server/build/index.js"]
    }
  }
}

✨ 主な機能

コア機能

• 🔍 包括的な検索：様々な識別子とキーワードを使用してタンパク質を検索できます。
• 🧬 マルチモーダルデータ：発現、局在、病理学の情報にアクセスできます。
• 🩸 専用アトラス：血液アトラスと脳アトラスのデータが統合されています。
• 📊 バッチ処理：複数のタンパク質クエリを効率的に処理できます。
• 🔬 研究レベルのデータ：高品質で査読済みのタンパク質情報が提供されます。
• ⚡ 高速応答：データの迅速な取得のために最適化されています。

利用可能なデータタイプ

1. 基本的なタンパク質情報
   • 遺伝子シンボルとEnsembl ID
   • タンパク質の説明と分類
   • UniProtの相互参照
2. 発現データ
   • 組織特異的なRNA発現
   • 血液細胞の発現プロファイル
   • 脳領域の発現データ
   • 単一細胞の発現情報
3. 細胞内局在
   • タンパク質の局在パターン
   • 信頼性スコア
   • 免疫蛍光データ
4. 病理学情報
   • 癌予後マーカー
   • 疾患関連性
   • 治療標的
5. 抗体データ
   • 抗体の検証情報
   • 染色パターン
   • 信頼性評価

📦 インストール

前提条件

• Node.js 18以上
• npmまたはyarnパッケージマネージャー

セットアップ

1. サーバーコードをクローンまたはダウンロードします。
2. 依存関係をインストールします。

cd proteinatlas-server
npm install

3. サーバーをビルドします。

npm run build

4. サーバーが使用可能になりました！

💻 使用例

基本的な使用法

// BRCA1タンパク質を検索する
const result = await callTool("search_proteins", {
  query: "BRCA1",
  format: "json",
});

高度な使用法

// 複数の遺伝子の組織発現を比較する
const comparison = await callTool("compare_expression_profiles", {
  genes: ["BRCA1", "BRCA2", "TP53"],
  expressionType: "tissue",
});

📚 ドキュメント

利用可能なツール

基本的な検索と取得

• search_proteins：名前、遺伝子シンボル、または説明でタンパク質を検索します。
• get_protein_info：遺伝子シンボルで特定のタンパク質の詳細情報を取得します。
• get_protein_by_ensembl：Ensembl遺伝子IDを使用してタンパク質情報を取得します。

発現分析

• get_tissue_expression：タンパク質の組織特異的な発現データを取得します。
• search_by_tissue：特定の組織で高発現しているタンパク質を検索します。
• get_blood_expression：タンパク質の血液細胞発現データを取得します。
• get_brain_expression：タンパク質の脳領域発現データを取得します。

細胞内局在

• get_subcellular_location：タンパク質の細胞内局在データを取得します。
• search_by_subcellular_location：特定の細胞内区画に局在するタンパク質を検索します。

病理学と癌

• get_pathology_data：タンパク質の癌および病理学データを取得します。
• search_cancer_markers：特定の癌に関連するまたは予後価値のあるタンパク質を検索します。

高度な機能

• advanced_search：複数のフィルターと条件を使用して高度な検索を実行します。
• batch_protein_lookup：複数のタンパク質を同時に検索します。
• compare_expression_profiles：複数のタンパク質の発現プロファイルを比較します。

利用可能なリソース

サーバーは、直接データにアクセスするためのいくつかのリソーステンプレートを提供します。

• hpa://protein/{gene}：遺伝子シンボルの完全なタンパク質アトラスデータ
• hpa://ensembl/{ensemblId}：Ensembl遺伝子IDの完全なタンパク質アトラスデータ
• hpa://tissue/{gene}：遺伝子の組織特異的な発現データ
• hpa://subcellular/{gene}：遺伝子の細胞内局在情報
• hpa://pathology/{gene}：遺伝子の癌および病理学データ
• hpa://blood/{gene}：遺伝子の血液細胞発現データ
• hpa://brain/{gene}：遺伝子の脳領域発現データ
• hpa://antibody/{gene}：遺伝子の抗体検証および染色情報
• hpa://search/{query}：クエリに一致するタンパク質の検索結果

リソースアクセスの例

// BRCA1の組織発現データにアクセスする
const resource = await client.readResource("hpa://tissue/BRCA1");

// インスリン関連のタンパク質を検索する
const searchResults = await client.readResource("hpa://search/insulin");

データソース

このサーバーは、以下のデータソースからデータにアクセスします。

• ヒトタンパク質アトラス：主要なタンパク質アトラスデータベース
• 組織アトラス：正常組織の発現データ
• 血液アトラス：血液細胞の発現プロファイル
• 脳アトラス：脳領域の発現データ
• 病理学アトラス：癌関連のタンパク質データ
• 細胞アトラス：単一細胞の発現情報

レート制限とベストプラクティス

• サーバーは、ヒトタンパク質アトラスAPIを尊重するために適切なレート制限を実装しています。
• バッチ操作の場合は、大きなリクエストを小さなチャンクに分割することを検討してください。
• 可能な場合は、特定の列選択を使用してレスポンスサイズを削減してください。
• 適切な場合は、頻繁にアクセスするデータをキャッシュしてください。

エラーハンドリング

サーバーは包括的なエラーハンドリングを提供します。

• 無効なパラメーター：不正な入力に対する明確なエラーメッセージ
• ネットワーク問題：一時的な障害に対するリトライロジック
• データ形式エラー：予期しないレスポンス形式に対する適切なハンドリング
• レート制限：適切なバックオフ戦略

🔧 技術詳細

ソースからのビルド

# 依存関係をインストールする
npm install

# プロジェクトをビルドする
npm run build

# 開発モードで実行する
npm run dev

テスト

# サーバーを実行する
npm start

# MCPクライアントまたは直接のstdio通信でテストする

🤝 コントリビューション

コントリビューションを歓迎します！以下のことを確認してください。

1. コードはTypeScriptのベストプラクティスに従っている。
2. エラーハンドリングは包括的である。
3. 新機能についてはドキュメントを更新する。
4. 新機能に対してテストを含める。

📄 ライセンス

MITライセンス - 詳細についてはLICENSEファイルを参照してください。

🛠️ サポート

問題や質問については、以下を参照してください。

1. ヒトタンパク質アトラスのドキュメントを確認する：https://www.proteinatlas.org/about/help
2. MCP仕様を確認する：https://modelcontextprotocol.io/
3. プロジェクトリポジトリを通じて問題を提出する

🙏 謝辞

• 包括的なタンパク質データベースを提供してくれたヒトタンパク質アトラスチーム
• 標準化された通信フレームワークを提供してくれたモデルコンテキストプロトコルコミュニティ
• 開発ツールを提供してくれたTypeScriptとNode.jsのコミュニティ

このサーバーは、研究および教育目的でヒトタンパク質アトラスのデータにプログラムでアクセスするためのものです。出版物でこのデータを使用する場合は、適切な出典を引用してください。

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、以下のように引用してください。

@misc{proteinatlasmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {Human Protein Atlas MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/ProteinAtlas-MCP-Server/},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}