Proteinatlas MCP Server

🚀 非官方人类蛋白质图谱MCP服务器

这是一个全面的模型上下文协议（MCP）服务器，用于访问人类蛋白质图谱（Human Protein Atlas）的数据，可提供蛋白质表达、亚细胞定位、病理学等多方面的信息。

🚀 快速开始

本人类蛋白质图谱MCP服务器可让你无缝访问人类蛋白质图谱（https://www.proteinatlas.org）中丰富的蛋白质数据。该服务器提供以下工具和资源：

• 蛋白质搜索与信息查询：可通过蛋白质名称、基因符号或描述来搜索蛋白质。
• 组织表达：获取特定组织的表达谱。
• 亚细胞定位：检索蛋白质的定位数据。
• 病理学数据：访问与癌症相关的蛋白质信息。
• 血液和大脑表达：提供血细胞和大脑区域的特定表达数据。
• 抗体信息：获取抗体的验证和染色数据。
• 批量处理：可高效查询多个蛋白质。
• 高级搜索：支持使用多个过滤器进行复杂查询。

✨ 主要特性

核心功能

• 🔍 全面搜索：使用各种标识符和关键词查找蛋白质。
• 🧬 多模态数据：可访问表达、定位和病理学信息。
• 🩸 专业图谱：集成了血液图谱和大脑图谱的数据。
• 📊 批量处理：能高效处理多个蛋白质查询。
• 🔬 研究级数据：提供高质量、经过同行评审的蛋白质信息。
• ⚡ 快速响应：经过优化，可快速检索数据。

可用数据类型

1. 基本蛋白质信息
   • 基因符号和Ensembl ID。
   • 蛋白质描述和分类。
   • UniProt交叉引用。
2. 表达数据
   • 特定组织的RNA表达。
   • 血细胞表达谱。
   • 大脑区域表达数据。
   • 单细胞表达信息。
3. 亚细胞定位
   • 蛋白质定位模式。
   • 可靠性评分。
   • 免疫荧光数据。
4. 病理学信息
   • 癌症预后标志物。
   • 疾病关联信息。
   • 治疗靶点。
5. 抗体数据
   • 抗体验证信息。
   • 染色模式。
   • 可靠性评估。

📦 安装指南

前提条件

• Node.js 18 或更高版本。
• npm 或 yarn 包管理器。

安装步骤

1. 克隆或下载服务器代码。
2. 安装依赖项：

cd proteinatlas-server
npm install

3. 构建服务器：

npm run build

4. 服务器现已可以使用！

💻 使用示例

命令行方式

直接运行服务器：

npm start
# 或者
node build/index.js

MCP客户端集成

将以下内容添加到你的MCP客户端配置中：

{
  "mcpServers": {
    "proteinatlas": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/proteinatlas-server/build/index.js"]
    }
  }
}

基础用法

search_proteins

通过蛋白质名称、基因符号或描述在人类蛋白质图谱中搜索蛋白质。 参数：

• query（必需）：搜索查询词（基因名称、蛋白质名称或关键词）。
• format：输出格式（json、tsv），默认为json。
• columns：结果中要包含的特定列。
• maxResults：最大结果数（1 - 10000），默认为100。
• compress：是否压缩响应，默认为false。 示例：

{
  "query": "BRCA1",
  "format": "json",
  "maxResults": 10
}

get_protein_info

通过基因符号获取特定蛋白质的详细信息。 参数：

• gene（必需）：基因符号（例如，BRCA1、TP53）。
• format：输出格式（json、tsv、xml、trig），默认为json。

get_protein_by_ensembl

使用Ensembl基因ID获取蛋白质信息。 参数：

• ensemblId（必需）：Ensembl基因ID（例如，ENSG00000139618）。
• format：输出格式（json、tsv、xml、trig），默认为json。

高级用法

advanced_search

使用多个过滤器和条件进行高级搜索。 参数：

• query：基本搜索查询词。
• tissueSpecific：特定组织表达过滤器。
• subcellularLocation：亚细胞定位过滤器。
• cancerPrognostic：癌症预后过滤器。
• proteinClass：蛋白质类别过滤器。
• chromosome：染色体过滤器。
• antibodyReliability：抗体可靠性过滤器。
• format：输出格式（json、tsv），默认为json。
• columns：结果中要包含的特定列。
• maxResults：最大结果数（1 - 10000），默认为100。

batch_protein_lookup

同时查询多个蛋白质。 参数：

• genes（必需）：基因符号数组（最多100个）。
• format：输出格式（json、tsv），默认为json。
• columns：结果中要包含的特定列。

compare_expression_profiles

比较多个蛋白质的表达谱。 参数：

• genes（必需）：要比较的基因符号数组（2 - 10个）。
• expressionType：表达数据类型（tissue、brain、blood、single_cell），默认为tissue。
• format：输出格式（json、tsv），默认为json。

📚 详细文档

可用资源

服务器提供了几个资源模板，用于直接访问数据：

资源模板

• hpa://protein/{gene}：基因符号对应的完整蛋白质图谱数据。
• hpa://ensembl/{ensemblId}：Ensembl基因ID对应的完整蛋白质图谱数据。
• hpa://tissue/{gene}：基因的特定组织表达数据。
• hpa://subcellular/{gene}：基因的亚细胞定位信息。
• hpa://pathology/{gene}：基因的癌症和病理学数据。
• hpa://blood/{gene}：基因的血细胞表达数据。
• hpa://brain/{gene}：基因的大脑区域表达数据。
• hpa://antibody/{gene}：基因的抗体验证和染色信息。
• hpa://search/{query}：与查询匹配的蛋白质搜索结果。

示例资源访问

// 访问BRCA1的组织表达数据
const resource = await client.readResource("hpa://tissue/BRCA1");

// 搜索与胰岛素相关的蛋白质
const searchResults = await client.readResource("hpa://search/insulin");

数据来源

本服务器访问以下数据源：

• 人类蛋白质图谱：主要的蛋白质图谱数据库。
• 组织图谱：正常组织表达数据。
• 血液图谱：血细胞表达谱。
• 大脑图谱：大脑区域表达数据。
• 病理学图谱：与癌症相关的蛋白质数据。
• 细胞图谱：单细胞表达信息。

速率限制和最佳实践

• 服务器实施了适当的速率限制，以遵守人类蛋白质图谱API的规定。
• 对于批量操作，考虑将大请求拆分为较小的块。
• 尽可能使用特定的列选择来减少响应大小。
• 在适当的情况下缓存频繁访问的数据。

错误处理

服务器提供全面的错误处理：

• 参数无效：对于不正确的输入提供清晰的错误消息。
• 网络问题：对临时故障提供重试逻辑。
• 数据格式错误：优雅处理意外的响应格式。
• 速率限制：采用适当的退避策略。

🔧 技术细节

从源代码构建

# 安装依赖项
npm install

# 构建项目
npm run build

# 在开发模式下运行
npm run dev

测试

# 运行服务器
npm start

# 使用MCP客户端或直接的stdio通信进行测试

🤝 贡献说明

欢迎贡献代码！请确保：

1. 代码遵循TypeScript最佳实践。
2. 错误处理全面。
3. 为新功能更新文档。
4. 为新功能包含测试。

📄 许可证

本项目采用MIT许可证，详情请参阅LICENSE文件。

🛠️ 支持与反馈

若有问题和疑问：

1. 查看人类蛋白质图谱文档：https://www.proteinatlas.org/about/help
2. 查看MCP规范：https://modelcontextprotocol.io/
3. 通过项目仓库提交问题。

🙏 致谢

• 感谢人类蛋白质图谱团队提供全面的蛋白质数据库。
• 感谢模型上下文协议社区提供标准化的通信框架。
• 感谢TypeScript和Node.js社区提供的开发工具。

本服务器为研究和教育目的提供对人类蛋白质图谱数据的编程访问。在出版物中使用此数据时，请引用适当的来源。

引用说明

如果您在研究或出版物中使用此项目，请按以下方式引用：

@misc{proteinatlasmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {Human Protein Atlas MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/ProteinAtlas-MCP-Server/},
note = {Accessed: 2025-06-29}