Proteinatlas MCP Server

🚀 非官方人類蛋白質圖譜MCP服務器

這是一個全面的模型上下文協議（MCP）服務器，用於訪問人類蛋白質圖譜（Human Protein Atlas）的數據，可提供蛋白質表達、亞細胞定位、病理學等多方面的信息。

🚀 快速開始

本人類蛋白質圖譜MCP服務器可讓你無縫訪問人類蛋白質圖譜（https://www.proteinatlas.org）中豐富的蛋白質數據。該服務器提供以下工具和資源：

• 蛋白質搜索與信息查詢：可通過蛋白質名稱、基因符號或描述來搜索蛋白質。
• 組織表達：獲取特定組織的表達譜。
• 亞細胞定位：檢索蛋白質的定位數據。
• 病理學數據：訪問與癌症相關的蛋白質信息。
• 血液和大腦表達：提供血細胞和大腦區域的特定表達數據。
• 抗體信息：獲取抗體的驗證和染色數據。
• 批量處理：可高效查詢多個蛋白質。
• 高級搜索：支持使用多個過濾器進行復雜查詢。

✨ 主要特性

核心功能

• 🔍 全面搜索：使用各種標識符和關鍵詞查找蛋白質。
• 🧬 多模態數據：可訪問表達、定位和病理學信息。
• 🩸 專業圖譜：集成了血液圖譜和大腦圖譜的數據。
• 📊 批量處理：能高效處理多個蛋白質查詢。
• 🔬 研究級數據：提供高質量、經過同行評審的蛋白質信息。
• ⚡ 快速響應：經過優化，可快速檢索數據。

可用數據類型

1. 基本蛋白質信息
   • 基因符號和Ensembl ID。
   • 蛋白質描述和分類。
   • UniProt交叉引用。
2. 表達數據
   • 特定組織的RNA表達。
   • 血細胞表達譜。
   • 大腦區域表達數據。
   • 單細胞表達信息。
3. 亞細胞定位
   • 蛋白質定位模式。
   • 可靠性評分。
   • 免疫熒光數據。
4. 病理學信息
   • 癌症預後標誌物。
   • 疾病關聯信息。
   • 治療靶點。
5. 抗體數據
   • 抗體驗證信息。
   • 染色模式。
   • 可靠性評估。

📦 安裝指南

前提條件

• Node.js 18 或更高版本。
• npm 或 yarn 包管理器。

安裝步驟

1. 克隆或下載服務器代碼。
2. 安裝依賴項：

cd proteinatlas-server
npm install

3. 構建服務器：

npm run build

4. 服務器現已可以使用！

💻 使用示例

命令行方式

直接運行服務器：

npm start
# 或者
node build/index.js

MCP客戶端集成

將以下內容添加到你的MCP客戶端配置中：

{
  "mcpServers": {
    "proteinatlas": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/proteinatlas-server/build/index.js"]
    }
  }
}

基礎用法

search_proteins

通過蛋白質名稱、基因符號或描述在人類蛋白質圖譜中搜索蛋白質。 參數：

• query（必需）：搜索查詢詞（基因名稱、蛋白質名稱或關鍵詞）。
• format：輸出格式（json、tsv），默認為json。
• columns：結果中要包含的特定列。
• maxResults：最大結果數（1 - 10000），默認為100。
• compress：是否壓縮響應，默認為false。 示例：

{
  "query": "BRCA1",
  "format": "json",
  "maxResults": 10
}

get_protein_info

通過基因符號獲取特定蛋白質的詳細信息。 參數：

• gene（必需）：基因符號（例如，BRCA1、TP53）。
• format：輸出格式（json、tsv、xml、trig），默認為json。

get_protein_by_ensembl

使用Ensembl基因ID獲取蛋白質信息。 參數：

• ensemblId（必需）：Ensembl基因ID（例如，ENSG00000139618）。
• format：輸出格式（json、tsv、xml、trig），默認為json。

高級用法

advanced_search

使用多個過濾器和條件進行高級搜索。 參數：

• query：基本搜索查詢詞。
• tissueSpecific：特定組織表達過濾器。
• subcellularLocation：亞細胞定位過濾器。
• cancerPrognostic：癌症預後過濾器。
• proteinClass：蛋白質類別過濾器。
• chromosome：染色體過濾器。
• antibodyReliability：抗體可靠性過濾器。
• format：輸出格式（json、tsv），默認為json。
• columns：結果中要包含的特定列。
• maxResults：最大結果數（1 - 10000），默認為100。

batch_protein_lookup

同時查詢多個蛋白質。 參數：

• genes（必需）：基因符號數組（最多100個）。
• format：輸出格式（json、tsv），默認為json。
• columns：結果中要包含的特定列。

compare_expression_profiles

比較多個蛋白質的表達譜。 參數：

• genes（必需）：要比較的基因符號數組（2 - 10個）。
• expressionType：表達數據類型（tissue、brain、blood、single_cell），默認為tissue。
• format：輸出格式（json、tsv），默認為json。

📚 詳細文檔

可用資源

服務器提供了幾個資源模板，用於直接訪問數據：

資源模板

• hpa://protein/{gene}：基因符號對應的完整蛋白質圖譜數據。
• hpa://ensembl/{ensemblId}：Ensembl基因ID對應的完整蛋白質圖譜數據。
• hpa://tissue/{gene}：基因的特定組織表達數據。
• hpa://subcellular/{gene}：基因的亞細胞定位信息。
• hpa://pathology/{gene}：基因的癌症和病理學數據。
• hpa://blood/{gene}：基因的血細胞表達數據。
• hpa://brain/{gene}：基因的大腦區域表達數據。
• hpa://antibody/{gene}：基因的抗體驗證和染色信息。
• hpa://search/{query}：與查詢匹配的蛋白質搜索結果。

示例資源訪問

// 訪問BRCA1的組織表達數據
const resource = await client.readResource("hpa://tissue/BRCA1");

// 搜索與胰島素相關的蛋白質
const searchResults = await client.readResource("hpa://search/insulin");

數據來源

本服務器訪問以下數據源：

• 人類蛋白質圖譜：主要的蛋白質圖譜數據庫。
• 組織圖譜：正常組織表達數據。
• 血液圖譜：血細胞表達譜。
• 大腦圖譜：大腦區域表達數據。
• 病理學圖譜：與癌症相關的蛋白質數據。
• 細胞圖譜：單細胞表達信息。

速率限制和最佳實踐

• 服務器實施了適當的速率限制，以遵守人類蛋白質圖譜API的規定。
• 對於批量操作，考慮將大請求拆分為較小的塊。
• 儘可能使用特定的列選擇來減少響應大小。
• 在適當的情況下緩存頻繁訪問的數據。

錯誤處理

服務器提供全面的錯誤處理：

• 參數無效：對於不正確的輸入提供清晰的錯誤消息。
• 網絡問題：對臨時故障提供重試邏輯。
• 數據格式錯誤：優雅處理意外的響應格式。
• 速率限制：採用適當的退避策略。

🔧 技術細節

從源代碼構建

# 安裝依賴項
npm install

# 構建項目
npm run build

# 在開發模式下運行
npm run dev

測試

# 運行服務器
npm start

# 使用MCP客戶端或直接的stdio通信進行測試

🤝 貢獻說明

歡迎貢獻代碼！請確保：

1. 代碼遵循TypeScript最佳實踐。
2. 錯誤處理全面。
3. 為新功能更新文檔。
4. 為新功能包含測試。

📄 許可證

本項目採用MIT許可證，詳情請參閱LICENSE文件。

🛠️ 支持與反饋

若有問題和疑問：

1. 查看人類蛋白質圖譜文檔：https://www.proteinatlas.org/about/help
2. 查看MCP規範：https://modelcontextprotocol.io/
3. 通過項目倉庫提交問題。

🙏 致謝

• 感謝人類蛋白質圖譜團隊提供全面的蛋白質數據庫。
• 感謝模型上下文協議社區提供標準化的通信框架。
• 感謝TypeScript和Node.js社區提供的開發工具。

本服務器為研究和教育目的提供對人類蛋白質圖譜數據的編程訪問。在出版物中使用此數據時，請引用適當的來源。

引用說明

如果您在研究或出版物中使用此項目，請按以下方式引用：

@misc{proteinatlasmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {Human Protein Atlas MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/ProteinAtlas-MCP-Server/},
note = {Accessed: 2025-06-29}