Bioontology MCP Server

🚀 非公式BioOntology MCPサーバー

本番環境で使用可能なModel Context Protocol (MCP)サーバーです。1200以上の生物学的オントロジーを検索、注釈付け、探索するためのBioOntology APIへの包括的なアクセスを提供します。

✨ 主な機能

検索と発見

• search_terms - 高度なフィルタリングオプションを使用して、オントロジー用語全体を検索します。
• search_properties - ラベルとIDでオントロジーのプロパティを検索します。
• search_ontologies - 名前、説明、またはドメインでオントロジーを検索します。
• get_ontology_info - 特定のオントロジーに関する詳細情報を取得します。

テキスト分析

• annotate_text - テキストを分析し、関連するオントロジー用語を特定します。
• recommend_ontologies - テキストまたはキーワードに対するオントロジーの推薦を取得します。
• batch_annotate - 複数のテキストを効率的に注釈付け処理します。

オントロジーナビゲーション

• get_class_info - オントロジークラスに関する詳細情報を取得します。

分析とメタデータ

• get_ontology_metrics - 使用統計と品質メトリクスを取得します。
• get_analytics_data - 訪問者統計と人気トレンドを取得します。

📦 インストール

1. このサーバーをクローンまたはダウンロードします。
2. 依存関係をインストールします。

   npm install
   

3. サーバーをビルドします。

   npm run build
   

設定

このサーバーを使用するには、BioOntology APIキーが必要です。BioPortalから取得してください。

1. https://bioportal.bioontology.org/ でアカウントを作成します。
2. アカウント設定からAPIキーを生成します。
3. 環境変数を設定します。

   export BIOONTOLOGY_API_KEY=your_api_key_here
   

💻 使用例

サーバーの起動

node build/index.js

サーバーは標準入出力で動作し、MCP互換クライアントとの通信にMCPプロトコルを実装しています。

リソーステンプレート

サーバーは、直接データにアクセスするためのいくつかのリソーステンプレートを提供します。

• bioontology://ontology/{acronym} - 完全なオントロジー情報
• bioontology://class/{ontology}/{class_id} - オントロジークラスの詳細
• bioontology://search/{query} - 用語検索結果
• bioontology://annotations/{text} - テキスト注釈結果
• bioontology://recommendations/{input} - オントロジーの推薦
• bioontology://analytics/{ontology} - 分析データ

ツール呼び出しの例

用語を検索する：

{
  "tool": "search_terms",
  "arguments": {
    "query": "diabetes",
    "ontologies": "NCIT,DOID",
    "require_definitions": true,
    "pagesize": 10
  }
}

テキストを注釈付けする：

{
  "tool": "annotate_text",
  "arguments": {
    "text": "The patient has diabetes mellitus and hypertension",
    "ontologies": "NCIT,DOID,HP",
    "longest_only": true
  }
}

オントロジーの推薦を取得する：

{
  "tool": "recommend_ontologies",
  "arguments": {
    "input": "cancer treatment protocols",
    "input_type": 1,
    "output_type": 1
  }
}

複数のテキストを一括注釈付けする：

{
  "tool": "batch_annotate",
  "arguments": {
    "texts": ["diabetes mellitus", "cardiac arrest", "lung cancer"],
    "ontologies": "NCIT",
    "longest_only": true
  }
}

サポートされるオントロジー

このサーバーは、BioPortalで利用可能なすべてのオントロジー（1200以上）で動作します。以下にいくつかの例を示します。

医学/臨床：

• NCIT - NCIシソーラス（癌用語）
• DOID - 疾患オントロジー
• HP - 人間表現型オントロジー
• MESH - 医学主題見出し

生物学/化学：

• GO - 遺伝子オントロジー
• UBERON - 解剖学オントロジー
• CHEBI - 生物学的に関心のある化学物質

その他1190以上の専門オントロジー

MCPクライアントとの統合

このサーバーは、MCP対応のクライアントと互換性があります。人気のあるオプションは以下の通りです。

• Claude Desktop - MCP設定に追加します。
• VSCode拡張機能 - MCP互換の拡張機能と一緒に使用します。
• カスタムアプリケーション - MCPプロトコルを介して統合します。

MCP設定の例

MCPクライアント設定に追加します。

{
  "servers": {
    "bioontology": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/bioontology-server/build/index.js"],
      "env": {
        "BIOONTOLOGY_API_KEY": "your_api_key_here"
      }
    }
  }
}

高度な機能

入力検証

• 適切なエラーメッセージを伴う包括的なパラメータ検証
• すべての入力の型チェック
• 数値パラメータの範囲検証
• 制限された値の列挙型検証

エラーハンドリング

• APIエラーの適切なハンドリング
• 構造化されたエラー応答
• ネットワークタイムアウト管理
• 認証エラー報告

パフォーマンス

• 効率的なAPIリクエスト処理
• 適切なタイムアウト管理
• メモリ使用の最適化
• 同時リクエストのサポート

📚 ドキュメント

詳細なBioOntology APIドキュメントについては、https://data.bioontology.org/documentation を参照してください。

本番環境での使用

このサーバーは十分にテストされており、本番環境での使用に適しています。以下の機能を提供します。

• 堅牢なエラーハンドリングを備えた信頼性の高いAPI統合
• すべてのツールに対する包括的な入力検証
• シームレスな統合のための完全なMCPプロトコル準拠
• すべての生物学的ドメインにわたる1200以上のオントロジーのサポート
• 最適化された応答時間を備えた高いパフォーマンス

📄 ライセンス

MITライセンス - 詳細についてはLICENSEファイルを参照してください。

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、以下のように引用してください。

@misc{yourproject2025,
  author       = {Moudather Chelbi},
  title        = {Augmented Nature BioOntology MCP Server},
  year         = {2025},
  howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/BioOntology-MCP-Server},
}