Bioontology MCP Server

🚀 非官方生物本體論MCP服務器

這是一個可用於生產環境的模型上下文協議（MCP）服務器，它提供了對生物本體論API的全面訪問，可用於搜索、註釋和探索超過1200種生物本體論。

🚀 快速開始

要使用此服務器，你需要獲取一個BioOntology API密鑰。你可以從 BioPortal 獲取：

1. 在 https://bioportal.bioontology.org/ 創建一個賬戶。
2. 從你的賬戶設置中生成一個API密鑰。
3. 設置環境變量：

export BIOONTOLOGY_API_KEY=your_api_key_here

✨ 主要特性

搜索與發現

• search_terms - 通過高級過濾選項在本體論術語中進行搜索。
• search_properties - 按標籤和ID搜索本體論屬性。
• search_ontologies - 按名稱、描述或領域查找本體論。
• get_ontology_info - 獲取特定本體論的詳細信息。

文本分析

• annotate_text - 分析文本並識別相關的本體論術語。
• recommend_ontologies - 獲取針對文本或關鍵詞的本體論推薦。
• batch_annotate - 高效處理多個文本的註釋。

本體論導航

• get_class_info - 獲取本體論類別的詳細信息。

分析與元數據

• get_ontology_metrics - 獲取使用統計和質量指標。
• get_analytics_data - 獲取訪問者統計和流行趨勢。

📦 安裝指南

1. 克隆或下載此服務器。
2. 安裝依賴項：

npm install

3. 構建服務器：

npm run build

💻 使用示例

運行服務器

node build/index.js

該服務器在標準輸入輸出上運行，並實現了MCP協議，用於與兼容MCP的客戶端進行通信。

資源模板

服務器提供了幾個用於直接數據訪問的資源模板：

• bioontology://ontology/{acronym} - 完整的本體論信息。
• bioontology://class/{ontology}/{class_id} - 本體論類別詳細信息。
• bioontology://search/{query} - 術語搜索結果。
• bioontology://annotations/{text} - 文本註釋結果。
• bioontology://recommendations/{input} - 本體論推薦。
• bioontology://analytics/{ontology} - 分析數據。

示例工具調用

搜索術語：

{
  "tool": "search_terms",
  "arguments": {
    "query": "diabetes",
    "ontologies": "NCIT,DOID",
    "require_definitions": true,
    "pagesize": 10
  }
}

註釋文本：

{
  "tool": "annotate_text",
  "arguments": {
    "text": "The patient has diabetes mellitus and hypertension",
    "ontologies": "NCIT,DOID,HP",
    "longest_only": true
  }
}

獲取本體論推薦：

{
  "tool": "recommend_ontologies",
  "arguments": {
    "input": "cancer treatment protocols",
    "input_type": 1,
    "output_type": 1
  }
}

批量註釋多個文本：

{
  "tool": "batch_annotate",
  "arguments": {
    "texts": ["diabetes mellitus", "cardiac arrest", "lung cancer"],
    "ontologies": "NCIT",
    "longest_only": true
  }
}

📚 詳細文檔

支持的本體論

該服務器可與BioPortal中可用的所有本體論（1200多種）配合使用，包括： 醫學/臨床：

• NCIT - NCI術語表（癌症術語）
• DOID - 疾病本體論
• HP - 人類表型本體論
• MESH - 醫學主題詞表

生物/化學：

• GO - 基因本體論
• UBERON - 解剖學本體論
• CHEBI - 具有生物學意義的化學實體

以及1190多種更專業的本體論

與MCP客戶端集成

此服務器與任何支持MCP的客戶端兼容。常見的選項包括：

• Claude Desktop - 添加到你的MCP配置中。
• VSCode擴展 - 與兼容MCP的擴展一起使用。
• 自定義應用程序 - 通過MCP協議進行集成。

MCP配置示例

添加到你的MCP客戶端配置中：

{
  "servers": {
    "bioontology": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/bioontology-server/build/index.js"],
      "env": {
        "BIOONTOLOGY_API_KEY": "your_api_key_here"
      }
    }
  }
}

高級特性

輸入驗證

• 全面的參數驗證，帶有適當的錯誤消息。
• 對所有輸入進行類型檢查。
• 對數字參數進行範圍驗證。
• 對受限值進行枚舉驗證。

錯誤處理

• 優雅地處理API錯誤。
• 結構化的錯誤響應。
• 網絡超時管理。
• 認證錯誤報告。

性能

• 高效的API請求處理。
• 適當的超時管理。
• 內存使用優化。
• 支持併發請求。

API文檔

有關詳細的BioOntology API文檔，請參閱：https://data.bioontology.org/documentation

生產使用

此服務器已經過全面測試，可用於生產環境。它提供：

• 可靠的API集成，具有強大的錯誤處理能力。
• 全面的輸入驗證，適用於所有工具。
• 完全符合MCP協議，實現無縫集成。
• 支持1200多種本體論，涵蓋所有生物領域。
• 高性能，優化了響應時間。

📄 許可證

本項目採用MIT許可證，詳情請參閱LICENSE文件。

📚 引用

如果您在研究或出版物中使用此項目，請按以下方式引用：

@misc{yourproject2025,
  author       = {Moudather Chelbi},
  title        = {Augmented Nature BioOntology MCP Server},
  year         = {2025},
  howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/BioOntology-MCP-Server},
}