Pdb MCP Server

🚀 PDB MCP Server

このサーバーは、Model Context Protocol (MCP) を用いて、Protein Data Bank (PDB) - タンパク質、核酸、複合体の3D構造に関する世界規模の情報リポジトリ - へのアクセスを提供します。

✨ 主な機能

ツール

• search_structures：キーワード、タンパク質名、またはPDB IDでPDBデータベース内のタンパク質構造を検索します。
• get_structure_info：特定のPDB構造の詳細情報を取得します。
• download_structure：さまざまな形式（PDB、mmCIF、mmTF、XML）で構造座標をダウンロードします。
• search_by_uniprot：UniProtアクセッション番号に関連するPDB構造を検索します。
• get_structure_quality：構造の品質指標と検証データを取得します。

リソース

• pdb://structure/{pdb_id}：PDB IDの完全な構造情報。
• pdb://coordinates/{pdb_id}：PDB形式の構造座標。
• pdb://mmcif/{pdb_id}：mmCIF形式の構造データ。
• pdb://validation/{pdb_id}：構造の検証データと品質指標。
• pdb://ligands/{pdb_id}：リガンドと結合部位の情報。
• pdb://search/{query}：クエリに一致する構造の検索結果。

📦 インストール

npm install
npm run build

💻 使用例

Claude Desktopでの使用

claude_desktop_config.jsonに以下を追加します：

{
  "mcpServers": {
    "pdb-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/pdb-server/build/index.js"]
    }
  }
}

クエリ例

1. インスリン構造の検索：

   search_structuresツールを使用して、インスリンタンパク質構造を検索します。
   

2. 特定の構造に関する情報の取得：

   get_structure_infoを使用して、PDB構造1ABCに関する詳細情報を取得します。
   

3. 構造座標のダウンロード：

   download_structureを使用して、構造1ABCのPDBファイルをダウンロードします。
   

4. UniProtタンパク質の構造の検索：

   search_by_uniprotを使用して、UniProtアクセッション番号P01308のPDB構造を検索します。
   

5. 構造品質の確認：

   get_structure_qualityを使用して、PDB構造1ABCの検証指標を取得します。
   

6. リソースへの直接アクセス：

   pdb://structure/1abcのリソースを表示します。
   

📚 ドキュメント

API統合

このサーバーは以下のAPIと統合されています：

• RCSB PDB REST API (https://data.rcsb.org/)：構造のメタデータと情報。
• RCSB PDB Search API (https://search.rcsb.org/)：高度な検索機能。
• RCSB PDB File Download (https://files.rcsb.org/)：構造ファイルのダウンロード。

構造データ形式

• PDB：元のProtein Data Bank形式。
• mmCIF：高分子結晶学情報ファイル（新しい標準）。
• mmTF：高分子伝送形式（バイナリ、圧縮）。
• XML：拡張可能マークアップ言語形式。

品質指標

サーバーはさまざまな構造品質指標を提供します：

• 分解能（X線結晶学の場合）
• R-workとR-freeの値
• Ramachandranプロット統計
• クラッシュスコア
• ロタマー異常値
• モデル検証スコア

補完サーバー

このPDBサーバーは以下のサーバーと良好に連携します：

• UniProt MCP Server：タンパク質配列と機能情報。
• AlphaFold MCP Server：予測されたタンパク質構造。

これらを合わせることで、タンパク質の構造と機能データへの包括的なアクセスが可能になります。

エラーハンドリング

サーバーは以下のエラーに対する堅牢なハンドリングを備えています：

• 無効なPDB ID
• ネットワーク接続問題
• APIのレート制限
• 欠落した構造ファイル
• 不正なリクエスト

開発

# 依存関係のインストール
npm install

# サーバーのビルド
npm run build

# 開発モードで実行
npm run dev

著作権表示

このプロジェクトは Augmented Nature によって開発されています。 🌐 ウェブサイト: augmentednature.ai

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、以下のように引用してください：

@misc{pdbmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {Protein Data Bank (PDB) MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/PDB-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}