Pdb MCP Server

🚀 PDB MCP服務器

PDB MCP服務器是一個模型上下文協議（MCP）服務器，它提供對蛋白質數據庫（PDB）的訪問。PDB是全球範圍內有關蛋白質、核酸和複雜複合物三維結構信息的存儲庫。

✨ 主要特性

工具

• search_structures：通過關鍵詞、蛋白質名稱或PDB ID在PDB數據庫中搜索蛋白質結構。
• get_structure_info：獲取特定PDB結構的詳細信息。
• download_structure：以各種格式（PDB、mmCIF、mmTF、XML）下載結構座標。
• search_by_uniprot：查找與UniProt編號相關的PDB結構。
• get_structure_quality：獲取結構質量指標和驗證數據。

資源

• pdb://structure/{pdb_id}：特定PDB ID的完整結構信息。
• pdb://coordinates/{pdb_id}：PDB格式的結構座標。
• pdb://mmcif/{pdb_id}：mmCIF格式的結構數據。
• pdb://validation/{pdb_id}：結構驗證數據和質量指標。
• pdb://ligands/{pdb_id}：配體和結合位點信息。
• pdb://search/{query}：與查詢匹配的結構搜索結果。

📦 安裝指南

npm install
npm run build

💻 使用示例

與Claude桌面應用配合使用

將以下內容添加到 claude_desktop_config.json 文件中：

{
  "mcpServers": {
    "pdb-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/pdb-server/build/index.js"]
    }
  }
}

示例查詢

1. 搜索胰島素結構：

使用 search_structures 工具查找胰島素蛋白質結構。

2. 獲取特定結構的信息：

使用 get_structure_info 獲取PDB結構1ABC的詳細信息。

3. 下載結構座標：

使用 download_structure 下載結構1ABC的PDB文件。

4. 查找UniProt蛋白質的結構：

使用 search_by_uniprot 查找UniProt編號為P01308的PDB結構。

5. 檢查結構質量：

使用 get_structure_quality 獲取PDB結構1ABC的驗證指標。

6. 直接訪問資源：

顯示資源 pdb://structure/1abc

📚 詳細文檔

API集成

該服務器與以下API集成：

• RCSB PDB REST API (https://data.rcsb.org/)：用於獲取結構元數據和信息。
• RCSB PDB Search API (https://search.rcsb.org/)：用於高級搜索功能。
• RCSB PDB File Download (https://files.rcsb.org/)：用於下載結構文件。

結構數據格式

• PDB：原始蛋白質數據庫格式。
• mmCIF：大分子晶體學信息文件（較新的標準）。
• mmTF：大分子傳輸格式（二進制、壓縮）。
• XML：可擴展標記語言格式。

質量指標

服務器提供各種結構質量指標：

• 分辨率（用於X射線晶體學）
• R工作值和R自由值
• Ramachandran圖統計數據
• 衝突分數
• 旋轉異構體異常值
• 模型驗證分數

互補服務器

此PDB服務器可與以下服務器很好地配合使用：

• UniProt MCP服務器：用於獲取蛋白質序列和功能信息。
• AlphaFold MCP服務器：用於獲取預測的蛋白質結構。

這些服務器共同提供對蛋白質結構和功能數據的全面訪問。

錯誤處理

服務器包含強大的錯誤處理機制，可處理以下情況：

• 無效的PDB ID
• 網絡連接問題
• API速率限制
• 缺失的結構文件
• 格式錯誤的請求

🔧 技術細節

開發

# 安裝依賴
npm install

# 構建服務器
npm run build

# 在開發模式下運行
npm run dev

📄 許可證

歸屬

本項目由 Augmented Nature 開發。 🌐 網站：augmentednature.ai

引用

如果您在研究或出版物中使用本項目，請按以下方式引用：

@misc{pdbmcp2025, 
author = {Moudather Chelbi},
title = {Protein Data Bank (PDB) MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/PDB-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}