🚀 Galaxy MCP Server

このプロジェクトは、Galaxyバイオインフォマティクスプラットフォームとのやり取りを可能にするModel Context Protocol (MCP)サーバーを提供します。AIアシスタントやその他のクライアントがGalaxyインスタンスに接続し、ツールの検索と実行、ワークフローの管理、Galaxyエコシステムの他の機能にアクセスできるようになります。

🚀 クイックスタート

galaxy-mcp CLIは、stdio（ローカル）とHTTPの両方のトランスポートを備えています。クライアントに合ったセットアップを選択してください。

# Stdioトランスポート（デフォルト） – ローカル開発ツールに最適
uvx galaxy-mcp

# OAuth付きのHTTPトランスポート（リモート/ブラウザクライアント用）
export GALAXY_URL="https://usegalaxy.org.au/"          # ターゲットのGalaxyインスタンス
export GALAXY_MCP_PUBLIC_URL="https://mcp.example.com" # OAuthリダイレクト用のパブリックベースURL
export GALAXY_MCP_SESSION_SECRET="$(openssl rand -hex 32)"
uvx galaxy-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8000

stdioで実行する場合、環境変数を介して長期間有効な資格情報を提供できます。

export GALAXY_URL="https://usegalaxy.org/"
export GALAXY_API_KEY="your-api-key"

OAuthフローでは、サーバーが必要に応じてユーザーの資格情報を短期間有効なGalaxy APIキーと交換するため、通常はGALAXY_API_KEYを設定しないでください。

代替インストール方法

# PyPIからインストール
pip install galaxy-mcp

# 実行（デフォルトでstdio）
galaxy-mcp

# またはソースからuvを使用して実行
cd mcp-server-galaxy-py
uv sync
uv run galaxy-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8000

✨ 主な機能

Galaxy接続：URLとAPIキーを使用して任意のGalaxyインスタンスに接続します。
OAuthログイン（オプション）：資格情報を一時的なGalaxy APIキーと交換するブラウザベースのサインインを提供します。
サーバー情報：バージョン、設定、機能を含む包括的なサーバー詳細を取得します。
ツール管理：Galaxyツールを検索、詳細を表示、実行します。
ワークフロー統合：Interactive Workflow Composer (IWC)からワークフローにアクセスし、インポートします。
履歴操作：Galaxyの履歴とデータセットを管理します。
ファイル管理：ローカルストレージからGalaxyにファイルをアップロードします。
包括的なテスト：信頼性を高めるためのモックベースのテストを含む完全なテストスイートがあります。

📦 インストール

コンテナの使用

公開されているイメージは、デフォルトでstdioトランスポート（HTTPリスナーなし）に設定されています。

docker run --rm -it \
  -e GALAXY_URL="https://usegalaxy.org/" \
  -e GALAXY_API_KEY="your-api-key" \
  galaxyproject/galaxy-mcp

OAuth + HTTPの場合：

docker run --rm -it -p 8000:8000 \
  -e GALAXY_URL="https://usegalaxy.org.au/" \
  -e GALAXY_MCP_TRANSPORT="streamable-http" \
  -e GALAXY_MCP_PUBLIC_URL="https://mcp.example.com" \
  -e GALAXY_MCP_SESSION_SECRET="$(openssl rand -hex 32)" \
  galaxyproject/galaxy-mcp

💻 使用例

Claude Desktopへの接続

GalaxyMCPがuvx galaxy-mcpで実行されていることを確認します。
.bashrc（または同等のファイル）にexport GALAXY_SERVER=https://usegalaxy.orgを追加します。
claude desktopをダウンロードしてインストールします。
設定 -> 開発者 -> 設定の編集に移動します。
claude_desktop_config.jsonに以下を追加します。

{
  "mcpServers": {
    "galaxy-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["galaxy-mcp"],
      "env": {
        "GALAXY_URL": "https://usegalaxy.org",
        "GALAXY_API_KEY": "SECRETS"
      }
    }
  }
}