Galaxy MCP

🚀 Galaxy MCP 服务器

本项目提供了一个模型上下文协议（MCP）服务器，用于与 Galaxy 生物信息学平台进行交互。它使 AI 助手和其他客户端能够连接到 Galaxy 实例，搜索和执行工具，管理工作流，并访问 Galaxy 生态系统的其他功能。

🚀 快速开始

galaxy-mcp 命令行工具同时支持标准输入输出（本地）和 HTTP 传输方式。你可以根据客户端的需求选择合适的设置：

# 标准输入输出传输（默认） - 非常适合本地开发工具
uvx galaxy-mcp

# 使用 OAuth 的 HTTP 传输（适用于远程/浏览器客户端）
export GALAXY_URL="https://usegalaxy.org.au/"          # 目标 Galaxy 实例
export GALAXY_MCP_PUBLIC_URL="https://mcp.example.com" # OAuth 重定向的公共基础 URL
export GALAXY_MCP_SESSION_SECRET="$(openssl rand -hex 32)"
uvx galaxy-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8000

当使用标准输入输出运行时，你可以通过环境变量提供长期有效的凭证：

export GALAXY_URL="https://usegalaxy.org/"
export GALAXY_API_KEY="your-api-key"

对于 OAuth 流程，服务器会根据需要将用户凭证交换为短期有效的 Galaxy API 密钥，因此通常不需要设置 GALAXY_API_KEY。

其他安装方式

# 从 PyPI 安装
pip install galaxy-mcp

# 运行（默认使用标准输入输出）
galaxy-mcp

# 或者从源代码使用 uv 运行
cd mcp-server-galaxy-py
uv sync
uv run galaxy-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8000

✨ 主要特性

• Galaxy 连接：使用 URL 和 API 密钥连接到任何 Galaxy 实例
• OAuth 登录（可选）：提供基于浏览器的登录方式，将凭证交换为临时的 Galaxy API 密钥
• 服务器信息：获取包括版本、配置和功能在内的全面服务器详细信息
• 工具管理：搜索、查看详情并执行 Galaxy 工具
• 工作流集成：从交互式工作流编辑器（IWC）访问和导入工作流
• 历史操作：管理 Galaxy 历史记录和数据集
• 文件管理：从本地存储将文件上传到 Galaxy
• 全面测试：拥有基于模拟的完整测试套件，确保可靠性

📦 安装指南

容器使用方法

发布的镜像默认使用标准输入输出传输（无 HTTP 监听器）：

docker run --rm -it \
  -e GALAXY_URL="https://usegalaxy.org/" \
  -e GALAXY_API_KEY="your-api-key" \
  galaxyproject/galaxy-mcp

若要使用 OAuth + HTTP：

docker run --rm -it -p 8000:8000 \
  -e GALAXY_URL="https://usegalaxy.org.au/" \
  -e GALAXY_MCP_TRANSPORT="streamable-http" \
  -e GALAXY_MCP_PUBLIC_URL="https://mcp.example.com" \
  -e GALAXY_MCP_SESSION_SECRET="$(openssl rand -hex 32)" \
  galaxyproject/galaxy-mcp

📚 详细文档

连接到 Claude 桌面端

• 确保 GalaxyMCP 使用 uvx galaxy-mcp 运行
• 在你的 .bashrc（或等效文件）中添加 export GALAXY_SERVER=https://usegalaxy.org
• 下载并安装 Claude 桌面端
• 转到设置 -> 开发者 -> 编辑配置
• 在 claude_desktop_config.json 中添加以下内容：

{
  "mcpServers": {
    "galaxy-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["galaxy-mcp"],
      "env": {
        "GALAXY_URL": "https://usegalaxy.org",
        "GALAXY_API_KEY": "SECRETS"
      }
    }
  }
}

• 在开发者菜单下，你应该会看到 galaxy-mcp 正在运行（可能需要重启 Claude 桌面端）
• 向 Claude 提问“你能连接到 Galaxy 吗”
• 如果你没有提供可选的环境配置，系统会要求你提供连接详细信息，你可以这样回答“使用我的 Galaxy API 密钥：XXXXXXX”
• 与 Claude 对话以使用你的 Galaxy 实例，例如“总结我的历史记录”

开发指南

具体说明和文档请参阅 Python 实现的 README。

📄 许可证

MIT