Galaxy MCP

🚀 Galaxy MCP 服務器

本項目提供了一個模型上下文協議（MCP）服務器，用於與 Galaxy 生物信息學平臺進行交互。它使 AI 助手和其他客戶端能夠連接到 Galaxy 實例，搜索和執行工具，管理工作流，並訪問 Galaxy 生態系統的其他功能。

🚀 快速開始

galaxy-mcp 命令行工具同時支持標準輸入輸出（本地）和 HTTP 傳輸方式。你可以根據客戶端的需求選擇合適的設置：

# 標準輸入輸出傳輸（默認） - 非常適合本地開發工具
uvx galaxy-mcp

# 使用 OAuth 的 HTTP 傳輸（適用於遠程/瀏覽器客戶端）
export GALAXY_URL="https://usegalaxy.org.au/"          # 目標 Galaxy 實例
export GALAXY_MCP_PUBLIC_URL="https://mcp.example.com" # OAuth 重定向的公共基礎 URL
export GALAXY_MCP_SESSION_SECRET="$(openssl rand -hex 32)"
uvx galaxy-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8000

當使用標準輸入輸出運行時，你可以通過環境變量提供長期有效的憑證：

export GALAXY_URL="https://usegalaxy.org/"
export GALAXY_API_KEY="your-api-key"

對於 OAuth 流程，服務器會根據需要將用戶憑證交換為短期有效的 Galaxy API 密鑰，因此通常不需要設置 GALAXY_API_KEY。

其他安裝方式

# 從 PyPI 安裝
pip install galaxy-mcp

# 運行（默認使用標準輸入輸出）
galaxy-mcp

# 或者從源代碼使用 uv 運行
cd mcp-server-galaxy-py
uv sync
uv run galaxy-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8000

✨ 主要特性

• Galaxy 連接：使用 URL 和 API 密鑰連接到任何 Galaxy 實例
• OAuth 登錄（可選）：提供基於瀏覽器的登錄方式，將憑證交換為臨時的 Galaxy API 密鑰
• 服務器信息：獲取包括版本、配置和功能在內的全面服務器詳細信息
• 工具管理：搜索、查看詳情並執行 Galaxy 工具
• 工作流集成：從交互式工作流編輯器（IWC）訪問和導入工作流
• 歷史操作：管理 Galaxy 歷史記錄和數據集
• 文件管理：從本地存儲將文件上傳到 Galaxy
• 全面測試：擁有基於模擬的完整測試套件，確保可靠性

📦 安裝指南

容器使用方法

發佈的鏡像默認使用標準輸入輸出傳輸（無 HTTP 監聽器）：

docker run --rm -it \
  -e GALAXY_URL="https://usegalaxy.org/" \
  -e GALAXY_API_KEY="your-api-key" \
  galaxyproject/galaxy-mcp

若要使用 OAuth + HTTP：

docker run --rm -it -p 8000:8000 \
  -e GALAXY_URL="https://usegalaxy.org.au/" \
  -e GALAXY_MCP_TRANSPORT="streamable-http" \
  -e GALAXY_MCP_PUBLIC_URL="https://mcp.example.com" \
  -e GALAXY_MCP_SESSION_SECRET="$(openssl rand -hex 32)" \
  galaxyproject/galaxy-mcp

📚 詳細文檔

連接到 Claude 桌面端

• 確保 GalaxyMCP 使用 uvx galaxy-mcp 運行
• 在你的 .bashrc（或等效文件）中添加 export GALAXY_SERVER=https://usegalaxy.org
• 下載並安裝 Claude 桌面端
• 轉到設置 -> 開發者 -> 編輯配置
• 在 claude_desktop_config.json 中添加以下內容：

{
  "mcpServers": {
    "galaxy-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["galaxy-mcp"],
      "env": {
        "GALAXY_URL": "https://usegalaxy.org",
        "GALAXY_API_KEY": "SECRETS"
      }
    }
  }
}

• 在開發者菜單下，你應該會看到 galaxy-mcp 正在運行（可能需要重啟 Claude 桌面端）
• 向 Claude 提問“你能連接到 Galaxy 嗎”
• 如果你沒有提供可選的環境配置，系統會要求你提供連接詳細信息，你可以這樣回答“使用我的 Galaxy API 密鑰：XXXXXXX”
• 與 Claude 對話以使用你的 Galaxy 實例，例如“總結我的歷史記錄”

開發指南

具體說明和文檔請參閱 Python 實現的 README。

📄 許可證

MIT